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- PDB-4ra5: Human Protein Kinase C THETA IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND 11a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ra5
タイトルHuman Protein Kinase C THETA IN COMPLEX WITH LIGAND COMPOUND 11a (6-[(1,3-Dimethyl-azetidin-3-yl)-methyl-amino]-4(R)-methyl-7-phenyl-2,10-dihydro-9-oxa-1,2,4a-triaza-phenanthren-3-one)
要素HUMAN PROTEIN KINASE C THETA
キーワードTransferase/transferase inhibitor / PKC THETA KINASE / kinase domain (キナーゼ) / PROTEROS BIOSTRUCTURES GMBH / Transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of T-helper 2 cell activation / protein kinase C / Netrin-1 signaling / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / Effects of PIP2 hydrolysis / regulation of platelet aggregation / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of T-helper 17 type immune response ...positive regulation of T-helper 2 cell activation / protein kinase C / Netrin-1 signaling / diacylglycerol-dependent serine/threonine kinase activity / Effects of PIP2 hydrolysis / regulation of platelet aggregation / CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / positive regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell proliferation / negative regulation of T cell apoptotic process / positive regulation of T-helper 17 type immune response / aggresome / Apoptotic cleavage of cellular proteins / positive regulation of interleukin-17 production / Fc-epsilon receptor signaling pathway / positive regulation of telomere capping / membrane protein ectodomain proteolysis / centriolar satellite / 免疫シナプス / positive regulation of interleukin-4 production / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / positive regulation of telomerase activity / positive regulation of telomere maintenance via telomerase / positive regulation of interleukin-2 production / cell chemotaxis / 軸索誘導 / regulation of cell growth / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / G alpha (z) signalling events / FCERI mediated NF-kB activation / RAS processing / Inactivation, recovery and regulation of the phototransduction cascade / positive regulation of T cell activation / Downstream TCR signaling / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / protein kinase activity / intracellular signal transduction / 炎症 / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / regulation of DNA-templated transcription / ATP binding / metal ion binding / 細胞膜 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Protein kinase C, theta / Novel protein kinase C theta, catalytic domain / Protein kinase C delta/epsilon/eta/theta, C2 domain / Protein kinase C, delta/epsilon/eta/theta types / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. ...Protein kinase C, theta / Novel protein kinase C theta, catalytic domain / Protein kinase C delta/epsilon/eta/theta, C2 domain / Protein kinase C, delta/epsilon/eta/theta types / Protein kinase, C-terminal / Protein kinase C terminal domain / Diacylglycerol/phorbol-ester binding / Phorbol esters/diacylglycerol binding domain (C1 domain) / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type signature. / Zinc finger phorbol-ester/DAG-type profile. / Protein kinase C conserved region 1 (C1) domains (Cysteine-rich domains) / Protein kinase C-like, phorbol ester/diacylglycerol-binding domain / C2ドメイン / C2 domain profile. / C1-like domain superfamily / Extension to Ser/Thr-type protein kinases / AGC-kinase, C-terminal / AGC-kinase C-terminal domain profile. / C2 domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3L0 / Protein kinase C theta type
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Argiriadi, M.A. / George, D.M.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Optimized Protein Kinase C theta (PKC theta ) Inhibitors Reveal Only Modest Anti-inflammatory Efficacy in a Rodent Model of Arthritis.
著者: George, D.M. / Breinlinger, E.C. / Argiriadi, M.A. / Zhang, Y. / Wang, J. / Bansal-Pakala, P. / Duignan, D.B. / Honore, P. / Lang, Q. / Mittelstadt, S. / Rundell, L. / Schwartz, A. / Sun, J. / Edmunds, J.J.
履歴
登録2014年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月4日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HUMAN PROTEIN KINASE C THETA
B: HUMAN PROTEIN KINASE C THETA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,1517
ポリマ－79,1932
非ポリマー9585
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area31210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.822, 77.026, 147.547
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 HUMAN PROTEIN KINASE C THETA / nPKC-theta


分子量: 39596.516 Da / 分子数: 2 / 断片: KINASE DOMAIN / 変異: E381I, E538T / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKCQ, PRKCT
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q04759, protein kinase C
#2: 化合物 ChemComp-3L0 / (1R)-9-[(1,3-dimethylazetidin-3-yl)(methyl)amino]-1-methyl-8-phenyl-3,5-dihydro[1,2,4]triazino[3,4-c][1,4]benzoxazin-2(1H)-one / (6-[(1,3-Dimethyl-azetidin-3-yl)-methyl-amino]-4(R)-methyl-7-phenyl-2,10-dihydro-9-oxa-1,2,4a-triaza-phenanthren-3-one)


分子量: 405.493 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H27N5O2
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.55 % / 解説: NONE
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.25
詳細: PEG 3350, MgCl2, sodium acetate and sodium malonate, pH 4.25, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.00001 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.000011
211
反射解像度: 2.61→73.77 Å / Num. obs: 26584 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.047
反射 シェル解像度: 2.61→2.86 Å / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.444 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化解像度: 2.61→73.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.901 / SU B: 28.3 / SU ML: 0.281 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.664 / ESU R Free: 0.334 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27681 912 3.5 %RANDOM
Rwork0.22817 ---
obs0.22982 25436 99.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 71.678 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-8.66 Å20 Å20 Å2
2---4.38 Å20 Å2
3----4.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→73.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5375 0 69 24 5468
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0215395
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024728
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1231.9627321
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.914310907
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0045652
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.01124.198262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.40615.07858
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4321522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0680.2761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.026063
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021178
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1580.2986
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1290.24457
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1610.22610
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0730.22726
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1190.2109
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.040.22
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.0410.24
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.0940.225
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0820.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.82223248
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.15721314
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.47635186
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.22842226
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.37562131
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.612→2.68 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.469 74 -
Rwork0.349 1853 -
obs--99.18 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.40440.5170.77832.2882-0.81154.74630.03790.0463-0.21190.01890.1089-0.57920.14070.6565-0.1469-0.07710.0871-0.0398-0.0615-0.0895-0.025-19.106-4.777-26.829
21.7371-0.2393-0.14752.23370.46992.65240.04330.0624-0.0018-0.0106-0.0172-0.11860.04330.0667-0.0261-0.13530.0298-0.008-0.2535-0.0236-0.214-37.795-0.638-31.25
34.6072-0.3033-1.81434.62220.08224.03460.297-0.7385-0.48290.4763-0.28080.45741.0198-0.1338-0.01610.4663-0.3092-0.13210.3362-0.0210.132-29.072-8.268.322
40.96960.85381.0044.42291.66944.11490.2489-0.16520.0960.4308-0.46160.75790.4589-0.65040.2126-0.1237-0.16520.01280.1887-0.10780.0929-29.26314.9387.512
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A374 - 460
2X-RAY DIFFRACTION2A461 - 707
3X-RAY DIFFRACTION3B375 - 460
4X-RAY DIFFRACTION4B461 - 701

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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