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- PDB-3nr5: Crystal structure of human Maf1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3nr5
タイトルCrystal structure of human Maf1
要素Repressor of RNA polymerase III transcription MAF1 homolog
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RNA-Pol III transcriptional repressor / RNA-Pol III
機能・相同性
機能・相同性情報


intracellular anatomical structure / negative regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase III core binding / RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / inhibitory synapse / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / GABA receptor binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / Regulation of PTEN gene transcription ...intracellular anatomical structure / negative regulation of transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase III core binding / RNA polymerase III type 2 promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase III type 1 promoter sequence-specific DNA binding / inhibitory synapse / RNA polymerase III type 3 promoter sequence-specific DNA binding / GABA receptor binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / Regulation of PTEN gene transcription / 神経繊維 / intracellular membrane-bounded organelle / 樹状突起 / 核小体 / perinuclear region of cytoplasm / 核質 / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Repressor of RNA polymerase III transcription Maf1 / Repressor of RNA polymerase III transcription Maf1 / Repressor of RNA polymerase III transcription Maf1 superfamily / Maf1 regulator / Protein Transport Mog1p; Chain A / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Repressor of RNA polymerase III transcription MAF1 homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Ringel, R. / Vannini, A. / Kusser, A.G. / Berninghausen, O. / Kassavetis, G.A. / Cramer, P.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2010
タイトル: Molecular basis of RNA polymerase III transcription repression by Maf1.
著者: Alessandro Vannini / Rieke Ringel / Anselm G Kusser / Otto Berninghausen / George A Kassavetis / Patrick Cramer /
要旨: RNA polymerase III (Pol III) transcribes short RNAs required for cell growth. Under stress conditions, the conserved protein Maf1 rapidly represses Pol III transcription. We report the crystal ...RNA polymerase III (Pol III) transcribes short RNAs required for cell growth. Under stress conditions, the conserved protein Maf1 rapidly represses Pol III transcription. We report the crystal structure of Maf1 and cryo-electron microscopic structures of Pol III, an active Pol III-DNA-RNA complex, and a repressive Pol III-Maf1 complex. Binding of DNA and RNA causes ordering of the Pol III-specific subcomplex C82/34/31 that is required for transcription initiation. Maf1 binds the Pol III clamp and rearranges C82/34/31 at the rim of the active center cleft. This impairs recruitment of Pol III to a complex of promoter DNA with the initiation factors Brf1 and TBP and thus prevents closed complex formation. Maf1 does however not impair binding of a DNA-RNA scaffold and RNA synthesis. These results explain how Maf1 specifically represses transcription initiation from Pol III promoters and indicate that Maf1 also prevents reinitiation by binding Pol III during transcription elongation.
履歴
登録2010年6月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22023年12月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Repressor of RNA polymerase III transcription MAF1 homolog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1591
ポリマ－19,1591
非ポリマー00
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.398, 48.816, 79.323
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Repressor of RNA polymerase III transcription MAF1 homolog / Maf1


分子量: 19159.357 Da / 分子数: 1 / 断片: residues in UNP 1-35, 83-205 / 変異: Deletion / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAF1 / プラスミド: pET 28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H063
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.4549.7
2
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 50mM MES, 175mM sodium oxalate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21002
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンSLS X06DA10.9187
シンクロトロンSLS X06DA20.9196, 0.9211, 0.92
検出器
タイプID検出器日付
PSI PILATUS 6M1PIXEL2008年11月23日
PSI PILATUS 6M2PIXEL2008年11月23日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1graphiteSINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2graphiteMADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.91871
20.91961
30.92111
40.921
反射解像度: 1.55→26 Å / Num. all: 26137 / Num. obs: 26137 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SOLVE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.5_2)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.55→25.974 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8404 / SU ML: 0.25 / σ(F): 0 / 位相誤差: 22.68 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2115 1344 5.14 %RANDOM
Rwork0.1881 ---
all0.1895 ---
obs0.1895 26137 93.5 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 50.129 Å2 / ksol: 0.367 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 104.56 Å2 / Biso min: 14.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.4102 Å2-0 Å2-0 Å2
2---2.9435 Å2-0 Å2
3----3.4667 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→25.974 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1290 0 0 141 1431
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061352
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9591837
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074194
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004239
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.16495
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.55-1.60540.37771210.33532191231284
1.6054-1.66970.29541150.27352431254693
1.6697-1.74570.27271320.23622521265396
1.7457-1.83770.23391370.20252544268197
1.8377-1.95280.21581490.18422486263595
1.9528-2.10350.21921300.17082509263995
2.1035-2.3150.23671440.18432509265395
2.315-2.64970.21931400.19092523266395
2.6497-3.33730.20611450.17952525267094
3.3373-25.97760.17151310.16772554268590
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 6.4165 Å / Origin y: 13.7151 Å / Origin z: 12.0462 Å
111213212223313233
T0.1504 Å2-0.0041 Å2-0.0133 Å2-0.1401 Å20.0067 Å2--0.1695 Å2
L2.2588 °20.3293 °2-0.5321 °2-1.7282 °20.2143 °2--2.3036 °2
S0.0145 Å °-0.0029 Å °0.0653 Å °-0.0032 Å °-0.0085 Å °-0.0143 Å °-0.0889 Å °0.069 Å °-0.0001 Å °
精密化 TLSグループSelection details: chain A

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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