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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3keh | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of N370S Glucocerebrosidase mutant at pH 7.4 | |||||||||
要素 | Glucocerebrosidaseグルコセレブロシダーゼ | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / Glucocerebrosidase (グルコセレブロシダーゼ) / Acid-beta-Glucosidase / N370S / Glucosyceremidase / TIM Barrel (TIMバレル) / Alternative initiation / Disease mutation / Disulfide bond (ジスルフィド) / Gaucher disease (ゴーシェ病) / Glycoprotein (糖タンパク質) / Glycosidase / Ichthyosis (魚鱗癬) / Lipid metabolism (脂質代謝) / Lysosome (リソソーム) / Membrane (生体膜) / Sphingolipid metabolism (スフィンゴ脂質) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of protein lipidation / steryl-beta-glucosidase activity / beta-glucoside catabolic process / positive regulation of neuronal action potential / cerebellar Purkinje cell layer formation / ガラクトシルセラミダーゼ / termination of signal transduction / galactosylceramidase activity / positive regulation of autophagy of mitochondrion in response to mitochondrial depolarization / lymphocyte migration ...positive regulation of protein lipidation / steryl-beta-glucosidase activity / beta-glucoside catabolic process / positive regulation of neuronal action potential / cerebellar Purkinje cell layer formation / ガラクトシルセラミダーゼ / termination of signal transduction / galactosylceramidase activity / positive regulation of autophagy of mitochondrion in response to mitochondrial depolarization / lymphocyte migration / グルコシルセラミダーゼ / glucosylceramide catabolic process / scavenger receptor binding / regulation of lysosomal protein catabolic process / sphingosine biosynthetic process / autophagosome organization / glucosylceramidase activity / microglial cell proliferation / regulation of TOR signaling / glucosyltransferase activity / ceramide biosynthetic process / lipid storage / response to thyroid hormone / microglia differentiation / Glycosphingolipid catabolism / pyramidal neuron differentiation / lipid glycosylation / brain morphogenesis / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / response to pH / positive regulation of protein-containing complex disassembly / motor behavior / neuromuscular process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / hematopoietic stem cell proliferation / lysosome organization / response to testosterone / response to dexamethasone / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / negative regulation of interleukin-6 production / homeostasis of number of cells / antigen processing and presentation / regulation of macroautophagy / establishment of skin barrier / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein dephosphorylation / cell maturation / respiratory electron transport chain / cellular response to starvation / cholesterol metabolic process / lysosomal lumen / negative regulation of MAP kinase activity / determination of adult lifespan / ゴルジ体 / オートファジー / negative regulation of inflammatory response / response to estrogen / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / T cell differentiation in thymus / cellular response to tumor necrosis factor / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / リソソーム / lysosomal membrane / signaling receptor binding / ゴルジ体 / 小胞体 / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | |||||||||
データ登録者 | Wei, R.R. / Boucher, S. / Pan, C.Q. / Edmunds, T. | |||||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Crystal Structure of Glucocerebrosidase Containing the N370S mutation: Implication on Chaperon Therapy 著者: Wei, R.R. / Boucher, S. / Hughes, H. / Guziewica, N. / Vanpatten, S. / Pan, C.Q. / Edmunds, T. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3keh.cif.gz | 204.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb3keh.ent.gz | 164.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3keh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/3keh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/3keh | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 55632.195 Da / 分子数: 2 / 変異: N370S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GBA, GC, GLUC 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P04062, グルコシルセラミダーゼ |
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-糖 , 3種, 4分子
#2: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose |
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#3: 糖 | ChemComp-NDG / |
#6: 糖 |
-非ポリマー , 3種, 52分子
#4: 化合物 | ChemComp-SO4 / #5: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.4 % |
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 0.7M Potassium Phosphate/0.7M Sodium Phosphate/0.1M HEPES, pH7.4, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.3 / 波長: 0.9765 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年2月28日 |
放射 | モノクロメーター: Single crystal, cylindrically bent, Si(220) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9765 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→85 Å / Num. all: 46396 / Num. obs: 31773 / % possible obs: 94.7 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 5.2 % / Biso Wilson estimate: 39.5 Å2 / Rsym value: 0.158 / Net I/σ(I): 8.4 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.88 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Rsym value: 0.355 / % possible all: 91.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: !OGS 解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.914 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.853 / SU B: 15.352 / SU ML: 0.303 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R Free: 0.399 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.113 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
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