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- PDB-3j1o: Cryo-EM map of a yeast minimal preinitiation complex interacting ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j1o
タイトルCryo-EM map of a yeast minimal preinitiation complex interacting with the Mediator Head module
要素(Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ...) x 7
キーワードTRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / RNA polymerase II (RNAポリメラーゼII) / mediator head module / preinitiation complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIH-class transcription factor complex binding / core mediator complex / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / mediator complex / termination of RNA polymerase II transcription / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding ...RNA polymerase II complex recruiting activity / TFIIH-class transcription factor complex binding / core mediator complex / negative regulation of ribosomal protein gene transcription by RNA polymerase II / transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / mediator complex / termination of RNA polymerase II transcription / TFIID-class transcription factor complex binding / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / TBP-class protein binding / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / transcription corepressor activity / protein-macromolecule adaptor activity / DNA-binding transcription factor binding / transcription coactivator activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / protein domain specific binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / 細胞核
類似検索 - 分子機能
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22, Saccharomycetes / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Mediator complex, subunit Med6, fungi / Mediator complex, subunit Med20 / TATA-binding related factor (TRF) of subunit 20 of Mediator complex / Mediator complex, subunit Med6 / Mediator complex, subunit Med17 / Mediator complex, subunit Med6 superfamily / MED6 mediator sub complex component / Subunit 17 of Mediator complex ...Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22, Saccharomycetes / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Mediator complex, subunit Med6, fungi / Mediator complex, subunit Med20 / TATA-binding related factor (TRF) of subunit 20 of Mediator complex / Mediator complex, subunit Med6 / Mediator complex, subunit Med17 / Mediator complex, subunit Med6 superfamily / MED6 mediator sub complex component / Subunit 17 of Mediator complex / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator complex, subunit Med8, fungi/metazoa / Mediator complex, subunit Med11 / Surfeit locus protein 5 subunit 22 of Mediator complex / Mediator of RNA polymerase II transcription complex subunit 8 / Mediator complex protein / Mediator complex, subunit Med18 / Med18 protein
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 16 Å
データ登録者Asturias, F.J. / Imasaki, T.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2012
タイトル: Interaction of the mediator head module with RNA polymerase II.
著者: Gang Cai / Yuriy L Chaban / Tsuyoshi Imasaki / Julio A Kovacs / Guillermo Calero / Pawel A Penczek / Yuichiro Takagi / Francisco J Asturias /
要旨: Mediator, a large (21 polypeptides, MW ∼1 MDa) complex conserved throughout eukaryotes, plays an essential role in control of gene expression by conveying regulatory signals that influence the ...Mediator, a large (21 polypeptides, MW ∼1 MDa) complex conserved throughout eukaryotes, plays an essential role in control of gene expression by conveying regulatory signals that influence the activity of the preinitiation complex. However, the precise mode of interaction between Mediator and RNA polymerase II (RNAPII), and the mechanism of regulation by Mediator remain elusive. We used cryo-electron microscopy and reconstituted in vitro transcription assays to characterize a transcriptionally-active complex including the Mediator Head module and components of a minimum preinitiation complex (RNAPII, TFIIF, TFIIB, TBP, and promoter DNA). Our results reveal how the Head interacts with RNAPII, affecting its conformation and function.
履歴
登録2012年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年3月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月19日Group: Database references
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-5407
  • Jmolによる作画
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  • マップデータ: EMDB-5407
  • + PDB-3j1n
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11
I: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17
J: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8
K: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22
L: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18
M: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20
N: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,6947
ポリマ－165,6947
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

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要素

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Mediator of RNA polymerase II transcription subunit ... , 7種, 7分子 HIJKLMN

#1: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 11 / Mediator complex subunit 11


分子量: 15100.063 Da / 分子数: 1 / 変異: T16G, M17S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MED11, YMR112C, YM9718.11C / プラスミド: pBakPAC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A0A0D3YMY9, UniProt: Q99278*PLUS
#2: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 17 / Mediator complex subunit 17 / Suppressor of RNA polymerase B 4


分子量: 54893.527 Da / 分子数: 1 / Fragment: SEE REMARK 999 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SRB4, MED17, YER022W / プラスミド: pBakPAC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P32569
#3: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 8 / Mediator complex subunit 8


分子量: 25297.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MED8, YBR193C, YBR1403 / プラスミド: pBakPAC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P38304
#4: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 22 / Mediator complex subunit 22 / Suppressor of RNA polymerase B 6


分子量: 13875.731 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SRB6, MED22, YBR253W, YBR1721 / プラスミド: pBakPAC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P32570
#5: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 18 / Mediator complex subunit 18 / Suppressor of RNA polymerase B 5


分子量: 30659.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SRB5, MED18, YGR104C / プラスミド: pBakPAC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P32585
#6: タンパク質 Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 20 / Hyper-recombination suppressor protein 2 / Mediator complex subunit 20 / Suppressor of RNA polymerase B 2


分子量: 22918.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SRB2, HRS2, MED20, YHR041C / プラスミド: pBakPAC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P34162
#7: タンパク質・ペプチド Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 6 / Mediator complex subunit 6


分子量: 2949.360 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MED6, MTR32, YHR058C / プラスミド: pBakPAC / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: P38782

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詳細

配列の詳細THE ARRANGEMENT OF RESIDUES 617-668 OF CHAIN I IS UNCLEAR. THESE RESIDUES HAVE BEEN DEFINED AS UNK ...THE ARRANGEMENT OF RESIDUES 617-668 OF CHAIN I IS UNCLEAR. THESE RESIDUES HAVE BEEN DEFINED AS UNK (UNKNOWN RESIDUE) IN THE COORDINATES AND NUMBERED 1094-1101, 1028-1038, 1316-1323, 1619-1627, AND 1719-1727 IN ANALOGY TO PDB ENTRY 3RJ1.

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Parent-ID
1Cryo-EM map of a complex including RNA polymerase II, Mediator Head module, TFIIF, TFIIB, TBP, and promoter DNACOMPLEXAlthough biochemical and functional evidence indicates the presence of all 6 original components (RNA polymerase II, Mediator Head, TFIIF, TFIIB, TBP, DNA), only 3 components (RNA polymerase II, Mediator Head, TFIIF) can be clearly identified in the cryo-EM map.0
2mediator head module1
3Head module1
分子量値: 0.9 MDa / 実験値: NO
緩衝液名称: 25 mM KCl, 25 mM Tris-HCl, 10 mM DTT / pH: 8 / 詳細: 25 mM KCl, 25 mM Tris-HCl, 10 mM DTT
試料濃度: 0.3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: 25mM KCl, 25mM Tris-HCl, 10mM DTT
試料支持詳細: 400 mesh Cu/Rh grids, coated with a perforated carbon film and glow discharged in the presence of amylamine
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / Temp: 77 K / 湿度: 95 %
詳細: Blot for approximately 2 seconds before plunging into liquid ethane.
手法: Blot for ~2 sec before plunging

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2008年7月30日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 50000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3800 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2 mm
非点収差: Objective lens astigmatisma was corrected at 125,000X magnification
カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 温度: 115 K / 最高温度: 120 K / 最低温度: 77 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 10 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k)
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ詳細
1その他モデルフィッティングMonte Carlo Docking Analysis
2SPARX３次元再構成
3SPIDER３次元再構成
CTF補正詳細: Each CCD frame
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: projection matching / 解像度: 16 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 51000 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築
IDプロトコル空間詳細
1RIGID BODY FITREALREFINEMENT PROTOCOL--Rigid body fitting of individual RNA polymerase II structural modules DETAILS--Fitted individual structural modules previously identified by X-ray crystallographic studies of RNA polymerase II under different crystallization conditions
2RIGID BODY FITREALREFINEMENT PROTOCOL--Rigid body fitting of individual Mediator Head structural modules DETAILS--Fitted individual structural modules previously identified by EM and X-ray crystallographic studies of the Head module
原子モデル構築

3D fitting-ID: 1 / Accession code: 3RJ1 / Initial refinement model-ID: 1 / PDB-ID: 3RJ1

3rj1

/ Source name: PDB / タイプ: experimental model

IDPDB chain-ID
1A
2B
3C
4D
5E
6F
7G
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5560 0 0 0 5560

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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