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- PDB-3iyk: Bluetongue virus structure reveals a sialic acid binding domain, ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3iyk
タイトルBluetongue virus structure reveals a sialic acid binding domain, amphipathic helices and a central coiled coil in the outer capsid proteins
要素
  • VP2
  • VP5
キーワードVIRUS (ウイルス) / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


virion component => GO:0044423 / カプシド / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Outer capsid protein VP2, Orbivirus / Orbivirus outer capsid protein VP2 / Outer capsid protein VP5, Orbivirus / Orbivirus outer capsid protein VP5
類似検索 - ドメイン・相同性
2-O-methyl-5-N-acetyl-alpha-D-neuraminic acid / Outer capsid protein VP2 / Outer capsid protein VP5
類似検索 - 構成要素
生物種Bluetongue virus (ブルータングウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7 Å
データ登録者Zhang, X. / Boyce, M. / Bhattacharya, B. / Zhang, X. / Schein, S. / Roy, P. / Zhou, Z.H.
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2010
タイトル: Bluetongue virus coat protein VP2 contains sialic acid-binding domains, and VP5 resembles enveloped virus fusion proteins.
著者: Xing Zhang / Mark Boyce / Bishnupriya Bhattacharya / Xiaokang Zhang / Stan Schein / Polly Roy / Z Hong Zhou /
要旨: Bluetongue virus (BTV) is transmitted by blood-feeding insects (Culicoides sp.) and causes hemorrhagic diseases in livestock. BTV is a nonenveloped, double-stranded RNA (dsRNA) virus with two capsids: ...Bluetongue virus (BTV) is transmitted by blood-feeding insects (Culicoides sp.) and causes hemorrhagic diseases in livestock. BTV is a nonenveloped, double-stranded RNA (dsRNA) virus with two capsids: a well-studied, stable core enclosing the dsRNA genome and a highly unstable, poorly studied coat responsible for host cell attachment and entry. Here, based on cryo-electron microscopy (cryoEM), we report a 7-A resolution structure of the infectious BTV virion, including the coat proteins. We show that unlike other dsRNA viruses, the VP2 attachment trimer has a triskelion shape composed of three tip domains branching from a central hub domain. We identify three putative sialic acid-binding pockets in the hub and present supporting biochemical data indicating sugar moiety binding is important for BTV infection. Despite being a nonenveloped virus, the putative VP5 membrane penetration trimer, located slightly inward of the VP2 attachment trimer, has a central coiled-coil alpha-helical bundle, similar to the fusion proteins of many enveloped viruses (e.g., HIV, herpesviruses, vesicular stomatitis virus, and influenza virus). Moreover, mapping of the amino acid sequence of VP5 to the secondary structural elements identified by cryoEM locates 15 amphipathic alpha-helical regions on the external surface of each VP5 trimer. The cryoEM density map also reveals few, weak interactions between the VP5 trimer and both the outer-coat VP2 trimer and the underlying core VP7 trimer, suggesting that the surface of VP5 could unfurl like an umbrella during penetration and shedding of the coat to release the transcriptionally active core particle.
履歴
登録2010年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年4月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_image_scans / em_software / Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年2月21日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-5147
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-5147
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VP5
B: VP5
C: VP5
D: VP5
E: VP5
F: VP5
G: VP2
I: VP2
K: VP2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)566,89112
ポリマ－565,9229
非ポリマー9703
水0
1
A: VP5
B: VP5
C: VP5
D: VP5
E: VP5
F: VP5
G: VP2
I: VP2
K: VP2
ヘテロ分子
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,013,485720
ポリマ－33,955,291540
非ポリマー58,193180
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
A: VP5
B: VP5
C: VP5
D: VP5
E: VP5
F: VP5
G: VP2
I: VP2
K: VP2
ヘテロ分子
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 2.83 MDa, 45 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,834,45760
ポリマ－2,829,60845
非ポリマー4,84915
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
A: VP5
B: VP5
C: VP5
D: VP5
E: VP5
F: VP5
G: VP2
I: VP2
K: VP2
ヘテロ分子
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 3.4 MDa, 54 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,401,34872
ポリマ－3,395,52954
非ポリマー5,81918
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

-
要素

#1: タンパク質
VP5 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 59070.371 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bluetongue virus (ブルータングウイルス)
参照: UniProt: C5IWW1
#2: タンパク質 VP2 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 70499.766 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Bluetongue virus (ブルータングウイルス)
参照: UniProt: C5IWV8
#3: 糖 ChemComp-MNA / 2-O-methyl-5-N-acetyl-alpha-D-neuraminic acid / 2-O-METHYL-5-N-ACETYL-ALPHA-D- NEURAMINIC ACID / 2-O-メチル-N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 323.296 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H21NO9
識別子タイププログラム
2-O-methyl-5-N-acetyl-a-D-neuraminic acidIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Bluetongue Virusブルータング / タイプ: VIRUS / 詳細: Icosahedron. The sample was monodisperse in ice
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / ホストのカテゴリ: VERTEBRATES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
天然宿主生物種: Bos taurus
緩衝液pH: 8 / 詳細: PBS
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES / 詳細: PBS
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE / Temp: 90 K

-
電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 80000 X / 倍率（補正後）: 79787 X / Cs: 2 mm / カメラ長: 0 mm
試料ホルダ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / 資料ホルダタイプ: Gatan 626 / 温度: 90 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 25 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GENERIC CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1FREALIGN３次元再構成
2IMIRS３次元再構成
CTF補正詳細: Each particle
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: projection matching / 解像度: 7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 3400 / 対称性のタイプ: POINT
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2265 0 66 0 2331

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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