+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 3j2y | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Electron Cryo-microscopy of Chikungunya VLP in complex with neutralizing antibody Fab 9.8B | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM / Alpha virus / Chikungunya VLP / neutralizing antibody 9.8B | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 14.9 Å | ||||||
データ登録者 | Sun, S. / Xiang, Y. / Rossmann, M.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2013 タイトル: Structural analyses at pseudo atomic resolution of Chikungunya virus and antibodies show mechanisms of neutralization. 著者: Siyang Sun / Ye Xiang / Wataru Akahata / Heather Holdaway / Pankaj Pal / Xinzheng Zhang / Michael S Diamond / Gary J Nabel / Michael G Rossmann / 要旨: A 5.3 Å resolution, cryo-electron microscopy (cryoEM) map of Chikungunya virus-like particles (VLPs) has been interpreted using the previously published crystal structure of the Chikungunya E1-E2 ...A 5.3 Å resolution, cryo-electron microscopy (cryoEM) map of Chikungunya virus-like particles (VLPs) has been interpreted using the previously published crystal structure of the Chikungunya E1-E2 glycoprotein heterodimer. The heterodimer structure was divided into domains to obtain a good fit to the cryoEM density. Differences in the T = 4 quasi-equivalent heterodimer components show their adaptation to different environments. The spikes on the icosahedral 3-fold axes and those in general positions are significantly different, possibly representing different phases during initial generation of fusogenic E1 trimers. CryoEM maps of neutralizing Fab fragments complexed with VLPs have been interpreted using the crystal structures of the Fab fragments and the VLP structure. Based on these analyses the CHK-152 antibody was shown to stabilize the viral surface, hindering the exposure of the fusion-loop, likely neutralizing infection by blocking fusion. The CHK-9, m10 and m242 antibodies surround the receptor-attachment site, probably inhibiting infection by blocking cell attachment. DOI:http://dx.doi.org/10.7554/eLife.00435.001. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
---|---|
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 3j2y.cif.gz | 327.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb3j2y.ent.gz | 272.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 3j2y.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 3j2y_validation.pdf.gz | 877.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | 3j2y_full_validation.pdf.gz | 900 KB | 表示 | |
XML形式データ | 3j2y_validation.xml.gz | 48.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 3j2y_validation.cif.gz | 67.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/3j2y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/j2/3j2y | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5578MC 5576C 5577C 5579C 5580C 3j2wC 3j2xC 3j2zC 3j30C 4gq9C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
| x 60
2 |
|
3 |
| x 5
4 |
| x 6
5 |
|
対称性 | 点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称)) |
-要素
#1: 抗体 | 分子量: 23303.777 Da / 分子数: 4 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) #2: 抗体 | 分子量: 23441.291 Da / 分子数: 4 / 断片: Fab / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: YES / ホストのカテゴリ: INVERTEBRATES / 単離: STRAIN / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE | ||||||||||||||||
天然宿主 | 生物種: Aedes albopictus | ||||||||||||||||
緩衝液 | 名称: PBS / pH: 7.4 / 詳細: PBS | ||||||||||||||||
試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||
試料支持 | 詳細: 400 mesh C-flat grids | ||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: GATAN CRYOPLUNGE 3 / 凍結剤: ETHANE / Temp: 90 K / 湿度: 95 % 詳細: Blot for 2 seconds before plunging into liquid ethane (GATAN CRYOPLUNGE 3) 手法: Blot for 2 seconds before plunging |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: FEI/PHILIPS CM300FEG/HE / 日付: 2011年2月1日 |
---|---|
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 38000 X / 倍率(補正後): 39190 X / Cs: 2 mm 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 100000 times magnification カメラ長: 0 mm |
試料ホルダ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN 資料ホルダタイプ: Side entry liquid nitrogen-cooled cryo specimen holder 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 ° |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 |
画像スキャン | デジタル画像の数: 100 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | 詳細: Each Micrograph | ||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: projection matching / 解像度: 14.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 1820 / ピクセルサイズ(実測値): 2.22 Å 詳細: (Single particle details: The particles were selected using e2boxer) (Single particle--Applied symmetry: I) 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: Sumf / 詳細: REFINEMENT PROTOCOL--rigid body | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4GQ9 PDB chain-ID: B | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST
|