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万見
- PDB-2vaz: Model of the S15-mRNA complex fitted into the cryo-EM map of the ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2vaz
タイトルModel of the S15-mRNA complex fitted into the cryo-EM map of the 70S entrapment complex.
要素
  • 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15
  • RPSO MRNA OPERATOR
キーワードTRANSLATION (翻訳 (生物学)) / PLATFORM-BINDING CENTER / GENE EXPRESSION REGULATION / RIBOSOMAL PROTEIN / RIBONUCLEOPROTEIN (核タンパク質) / PROTEIN SYNTHESIS (タンパク質生合成) / TRANSLATION INITIATION / RIBOSOME (リボソーム) / RIBOSWITCH (リボスイッチ) / RNA-BINDING / RRNA-BINDING / RNA PSEUDOKNOT / MRNA STRUCTURE / REPRESSOR PROTEIN (リプレッサー)
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA base-pairing translational repressor activity / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / rRNA binding / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal_S15 / Ribosomal protein S15 signature. / Ribosomal protein S15 / Ribosomal protein S15 / S15/NS1, RNA-binding
類似検索 - ドメイン・相同性
リボ核酸 / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Small ribosomal subunit protein uS15
類似検索 - 構成要素
生物種ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 10 Å
Model type detailsP ATOMS ONLY, CHAIN A ; CA ATOMS ONLY, CHAIN F
データ登録者Marzi, S. / Myasnikov, A.G. / Serganov, A. / Ehresmann, C. / Romby, P. / Yusupov, M. / Klaholz, B.P.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2007
タイトル: Structured mRNAs regulate translation initiation by binding to the platform of the ribosome.
著者: Stefano Marzi / Alexander G Myasnikov / Alexander Serganov / Chantal Ehresmann / Pascale Romby / Marat Yusupov / Bruno P Klaholz /
要旨: Gene expression can be regulated at the level of initiation of protein biosynthesis via structural elements present at the 5' untranslated region of mRNAs. These folded mRNA segments may bind to the ...Gene expression can be regulated at the level of initiation of protein biosynthesis via structural elements present at the 5' untranslated region of mRNAs. These folded mRNA segments may bind to the ribosome, thus blocking translation until the mRNA unfolds. Here, we report a series of cryo-electron microscopy snapshots of ribosomal complexes directly visualizing either the mRNA structure blocked by repressor protein S15 or the unfolded, active mRNA. In the stalled state, the folded mRNA prevents the start codon from reaching the peptidyl-tRNA (P) site inside the ribosome. Upon repressor release, the mRNA unfolds and moves into the mRNA channel allowing translation initiation. A comparative structure and sequence analysis suggests the existence of a universal stand-by site on the ribosome (the 30S platform) dedicated for binding regulatory 5' mRNA elements. Different types of mRNA structures may be accommodated during translation preinitiation and regulate gene expression by transiently stalling the ribosome.
履歴
登録2007年9月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02007年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12012年11月14日Group: Other / Version format compliance
改定 1.22017年8月2日Group: Data collection / カテゴリ: em_imaging / em_software
Item: _em_imaging.nominal_defocus_max / _em_imaging.nominal_defocus_min ..._em_imaging.nominal_defocus_max / _em_imaging.nominal_defocus_min / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1391
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1391
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RPSO MRNA OPERATOR
F: 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,7182
ポリマ－69,7182
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS

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要素

#1: RNA鎖 RPSO MRNA OPERATOR / 座標モデル: P原子のみ


分子量: 59427.113 Da / 分子数: 1 / 断片: HAIRPIN LOOP DOMAIN I AND PSEUDOKNOT / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ESCHERICHIA COLI (大腸菌)
#2: タンパク質 30S RIBOSOMAL PROTEIN S15 / / REPRESSOR S15 / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 10290.816 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / プラスミド: PET11C / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0ADZ4

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: 70S PRE-INITIATION COMPLEX ENTRAPPED BY S15- RPSOMRNA
タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: 20 MM TRIS-HCL PH 7.5, 60 MM KCL, 1MM DTT, 7.5 MM MGCL2
pH: 7.5
詳細: 20 MM TRIS-HCL PH 7.5, 60 MM KCL, 1MM DTT, 7.5 MM MGCL2
試料濃度: 0.5 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE
詳細: BLOT FOR 2 SECONDS BEFORE PLUNGING IN LIQUID ETHANE USING A HOME-MADE CRYO- PLUNGER

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Tecnai F20 / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI F20 / 日付: 2005年1月5日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 50000 X / 倍率（補正後）: 51484 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 77 K
撮影電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 67
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Oモデルフィッティング
2PyMOLモデルフィッティング
3IMAGIC5３次元再構成
CTF補正詳細: INDIVIDUAL PARTICLES
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: MANUAL FITTING / 解像度: 10 Å / 粒子像の数: 31415 / ピクセルサイズ（公称値）: 3 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 3 Å
詳細: THE COORDINATES IN THIS ENTRY WERE GENERATED FROM ELECTRON MICROSCOPY DATA. PROTEIN DATA BANK CONVENTIONS REQUIRE THAT CRYST1 AND SCALE RECORDS BE INCLUDED, BUT THE VALUES ON THESE RECORDS ...詳細: THE COORDINATES IN THIS ENTRY WERE GENERATED FROM ELECTRON MICROSCOPY DATA. PROTEIN DATA BANK CONVENTIONS REQUIRE THAT CRYST1 AND SCALE RECORDS BE INCLUDED, BUT THE VALUES ON THESE RECORDS ARE MEANINGLESS. THE MRNA HAS BEEN MODELED USING MANIP (MASSIRE AND WESTHOF).
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL
詳細: METHOD--MANUAL REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY AND HOMOLOGY MODELS
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
12AW7

2aw7
PDB 未公開エントリ

1
22AWB

2awb
PDB 未公開エントリ

1
精密化最高解像度: 10 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数86 82 0 0 168

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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