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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2rf4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the RNA Polymerase I subcomplex A14/43 | ||||||
要素 | (DNA-directed RNA polymerase I subunit RPA4ポリメラーゼ) x 2 | ||||||
キーワード | TRANSFERASE (転移酵素) / Transferase DNA/RNA / DNA-binding / Phosphorylation (リン酸化) / RNA Polymerase I (RNAポリメラーゼI) / Pol I / PolI / RPolI / Nuclear Protein / Nucleolar Protein (核小体) / Transcription (転写 (生物学)) / DDRP / Rpb4/7 / Ribosome biogenesis (リボソーム生合成) / DNA-directed RNA polymerase (ポリメラーゼ) / Nucleus (Nucleus) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA Polymerase I Transcription Initiation / regulation of cell size / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I ...RNA Polymerase I Transcription Initiation / regulation of cell size / RNA Polymerase I Promoter Escape / RNA polymerase I activity / termination of RNA polymerase I transcription / nucleolar large rRNA transcription by RNA polymerase I / transcription initiation at RNA polymerase I promoter / transcription elongation by RNA polymerase I / RNA polymerase I complex / transcription by RNA polymerase I / リボソーム生合成 / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.1 Å | ||||||
データ登録者 | Geiger, S.R. / Kuhn, C.D. / Cramer, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Cell / 年: 2007 タイトル: Functional architecture of RNA polymerase I. 著者: Claus-D Kuhn / Sebastian R Geiger / Sonja Baumli / Marco Gartmann / Jochen Gerber / Stefan Jennebach / Thorsten Mielke / Herbert Tschochner / Roland Beckmann / Patrick Cramer / 要旨: Synthesis of ribosomal RNA (rRNA) by RNA polymerase (Pol) I is the first step in ribosome biogenesis and a regulatory switch in eukaryotic cell growth. Here we report the 12 A cryo-electron ...Synthesis of ribosomal RNA (rRNA) by RNA polymerase (Pol) I is the first step in ribosome biogenesis and a regulatory switch in eukaryotic cell growth. Here we report the 12 A cryo-electron microscopic structure for the complete 14-subunit yeast Pol I, a homology model for the core enzyme, and the crystal structure of the subcomplex A14/43. In the resulting hybrid structure of Pol I, A14/43, the clamp, and the dock domain contribute to a unique surface interacting with promoter-specific initiation factors. The Pol I-specific subunits A49 and A34.5 form a heterodimer near the enzyme funnel that acts as a built-in elongation factor and is related to the Pol II-associated factor TFIIF. In contrast to Pol II, Pol I has a strong intrinsic 3'-RNA cleavage activity, which requires the C-terminal domain of subunit A12.2 and, apparently, enables ribosomal RNA proofreading and 3'-end trimming. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2rf4.cif.gz | 145.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2rf4.ent.gz | 120.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2rf4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/2rf4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/2rf4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24223.096 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPA43, RRN12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 RIL / 参照: UniProt: P46669, ポリメラーゼ #2: タンパク質 | 分子量: 9675.876 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: RPA43, RRN12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 RIL / 参照: UniProt: P50106, ポリメラーゼ |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.94 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 18 % (w/v) PEG 3350, 350 mM potassium acetate, pH 7.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97848 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2006年12月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97848 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.1→30 Å / Num. all: 33804 / Num. obs: 33670 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.5 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 16.14 |
反射 シェル | 解像度: 3.1→3.25 Å / 冗長度: 5.4 % / Mean I/σ(I) obs: 4.97 / Num. unique all: 4457 / Rsym value: 0.399 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.1→30 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.1→30 Å
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拘束条件 |
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