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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1y7v | |||||||||
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タイトル | X-ray structure of human acid-beta-glucosidase covalently bound to conduritol B epoxide | |||||||||
要素 | Glucosylceramidaseグルコシルセラミダーゼ | |||||||||
キーワード | HYDROLASE (加水分解酵素) / GAUCHER DISEASE (ゴーシェ病) / GLUCOSIDASE / GLUCOCEREBROSIDASE (グルコセレブロシダーゼ) / CEREZYME (イミグルセラーゼ) / GLYCOSIDASE / SPHINGOLIPID METABOLISM (スフィンゴ脂質) / GLYCOPROTEIN (糖タンパク質) / LYSOSOME (リソソーム) / MEMBRANE (生体膜) / DISEASE MUTATION / ALTERNATIVE INITIATION / Israel Structural Proteomics Center / ISPC / Structural Genomics (構造ゲノミクス) | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of protein lipidation / steryl-beta-glucosidase activity / beta-glucoside catabolic process / positive regulation of neuronal action potential / cerebellar Purkinje cell layer formation / ガラクトシルセラミダーゼ / termination of signal transduction / galactosylceramidase activity / positive regulation of autophagy of mitochondrion in response to mitochondrial depolarization / lymphocyte migration ...positive regulation of protein lipidation / steryl-beta-glucosidase activity / beta-glucoside catabolic process / positive regulation of neuronal action potential / cerebellar Purkinje cell layer formation / ガラクトシルセラミダーゼ / termination of signal transduction / galactosylceramidase activity / positive regulation of autophagy of mitochondrion in response to mitochondrial depolarization / lymphocyte migration / グルコシルセラミダーゼ / glucosylceramide catabolic process / scavenger receptor binding / regulation of lysosomal protein catabolic process / sphingosine biosynthetic process / autophagosome organization / glucosylceramidase activity / microglial cell proliferation / regulation of TOR signaling / glucosyltransferase activity / ceramide biosynthetic process / lipid storage / response to thyroid hormone / microglia differentiation / Glycosphingolipid catabolism / pyramidal neuron differentiation / lipid glycosylation / brain morphogenesis / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / response to pH / positive regulation of protein-containing complex disassembly / motor behavior / neuromuscular process / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / hematopoietic stem cell proliferation / lysosome organization / response to testosterone / response to dexamethasone / Association of TriC/CCT with target proteins during biosynthesis / negative regulation of interleukin-6 production / homeostasis of number of cells / antigen processing and presentation / regulation of macroautophagy / establishment of skin barrier / negative regulation of protein-containing complex assembly / positive regulation of protein dephosphorylation / cell maturation / respiratory electron transport chain / cellular response to starvation / cholesterol metabolic process / lysosomal lumen / negative regulation of MAP kinase activity / determination of adult lifespan / ゴルジ体 / オートファジー / negative regulation of inflammatory response / response to estrogen / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / T cell differentiation in thymus / cellular response to tumor necrosis factor / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / neuron apoptotic process / negative regulation of neuron apoptotic process / リソソーム / lysosomal membrane / signaling receptor binding / ゴルジ体 / 小胞体 / extracellular exosome 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / Difference Fourier technique / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Premkumar, L. / Sawkar, A.R. / Boldin-Adamsky, S. / Toker, L. / Silman, I. / Kelly, J.W. / Futerman, A.H. / Sussman, J.L. / Israel Structural Proteomics Center (ISPC) | |||||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005 タイトル: X-ray structure of human acid-beta-glucosidase covalently bound to conduritol-B-epoxide. Implications for Gaucher disease. 著者: Premkumar, L. / Sawkar, A.R. / Boldin-Adamsky, S. / Toker, L. / Silman, I. / Kelly, J.W. / Futerman, A.H. / Sussman, J.L. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1y7v.cif.gz | 213.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1y7v.ent.gz | 171.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1y7v.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/1y7v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y7/1y7v | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 1ogsS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55640.168 Da / 分子数: 2 / 変異: R495H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GBA, GC / 細胞株 (発現宿主): OVARY CELLS 発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ) 参照: UniProt: P04062, グルコシルセラミダーゼ #2: 多糖 | #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.071 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.41 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: Ammonium sulfate, guanidine HCl, KCl, acetate , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 Å |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2004年4月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→30 Å / Num. all: 55602 / Num. obs: 55401 / % possible obs: 96.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Net I/σ(I): 12.75 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / Mean I/σ(I) obs: 4.88 / % possible all: 95.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: Difference Fourier technique 開始モデル: PDB entry 1OGS 解像度: 2.4→28.82 Å / Isotropic thermal model: Restrained / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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原子変位パラメータ | Biso mean: 36.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→28.82 Å
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拘束条件 |
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