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- PDB-1sva: SIMIAN VIRUS 40 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1sva
タイトルSIMIAN VIRUS 40
要素SIMIAN VIRUS 40SV40
キーワードVIRUS (ウイルス) / VIRUS COAT PROTEIN (カプシド) / Icosahedral virus
機能・相同性
機能・相同性情報


カプソメア / caveolin-mediated endocytosis of virus by host cell / viral capsid assembly / T=7 icosahedral viral capsid / host cell endoplasmic reticulum / molecular adaptor activity / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus Vp1; Chain A / Capsid protein VP1,Polyomavirus / Polyomavirus capsid protein VP1 superfamily / Polyomavirus coat protein / Double-stranded DNA virus, group I, capsid / サンドイッチ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Major capsid protein VP1
類似検索 - 構成要素
生物種Simian virus 40 (ウイルス)
手法X線回折 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Stehle, T. / Gamblin, S.J. / Harrison, S.C.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 1996
タイトル: The structure of simian virus 40 refined at 3.1 A resolution.
著者: Stehle, T. / Gamblin, S.J. / Yan, Y. / Harrison, S.C.
#1: ジャーナル: Nature / 年: 1991
タイトル: Structure of Simian Virus 40 at 3.8-A Resolution
著者: Liddington, R.C. / Yan, Y. / Moulai, J. / Sahli, R. / Benjamin, T.L. / Harrison, S.C.
履歴
登録1995年11月27日処理サイト: BNL
改定 1.01996年6月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: SIMIAN VIRUS 40
2: SIMIAN VIRUS 40
3: SIMIAN VIRUS 40
4: SIMIAN VIRUS 40
5: SIMIAN VIRUS 40
6: SIMIAN VIRUS 40


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)238,9146
ポリマ－238,9146
非ポリマー00
水0
1
1: SIMIAN VIRUS 40
2: SIMIAN VIRUS 40
3: SIMIAN VIRUS 40
4: SIMIAN VIRUS 40
5: SIMIAN VIRUS 40
6: SIMIAN VIRUS 40
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,334,829360
ポリマ－14,334,829360
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: SIMIAN VIRUS 40
2: SIMIAN VIRUS 40
3: SIMIAN VIRUS 40
4: SIMIAN VIRUS 40
5: SIMIAN VIRUS 40
6: SIMIAN VIRUS 40
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 1.19 MDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,194,56930
ポリマ－1,194,56930
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: SIMIAN VIRUS 40
2: SIMIAN VIRUS 40
3: SIMIAN VIRUS 40
4: SIMIAN VIRUS 40
5: SIMIAN VIRUS 40
6: SIMIAN VIRUS 40
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 1.43 MDa, 36 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,433,48336
ポリマ－1,433,48336
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
1: SIMIAN VIRUS 40
2: SIMIAN VIRUS 40
3: SIMIAN VIRUS 40
4: SIMIAN VIRUS 40
5: SIMIAN VIRUS 40
6: SIMIAN VIRUS 40
x 5


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 1.19 MDa, 30 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,194,56930
ポリマ－1,194,56930
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation4
単位格子
Length a, b, c (Å)558.000, 558.000, 558.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number197
Space group name H-MI23
対称性点対称性: (ヘルマン・モーガン記号: 532 / シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrix
1given(1), (1), (1)
2generate(0.30901699, -0.80901699, 0.5), (0.80901699, 0.5, 0.30901699), (-0.5, 0.30901699, 0.80901699)
3generate(-0.80901699, -0.5, 0.30901699), (0.5, -0.30901699, 0.80901699), (-0.30901699, 0.80901699, 0.5)
4generate(-0.80901699, 0.5, -0.30901699), (-0.5, -0.30901699, 0.80901699), (0.30901699, 0.80901699, 0.5)
5generate(0.30901699, 0.80901699, -0.5), (-0.80901699, 0.5, 0.30901699), (0.5, 0.30901699, 0.80901699)

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要素

#1: タンパク質
SIMIAN VIRUS 40 / SV40


分子量: 39818.969 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Simian virus 40 (ウイルス) / 属: Polyomavirusポリオーマウイルス科 / 参照: UniProt: P03087

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / PH range low: 7.5 / PH range high: 7
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15-10 mg/mlvirus1drop
250 %satammonium sulfate1reservoir
310 mM1reservoirMn2+
40.5 mM1reservoirCa2+

-
データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射解像度: 3.1→12 Å / Num. obs: 402347 / % possible obs: 80.2 % / Observed criterion σ(I): 0
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.097
反射 シェル
*PLUS
最高解像度: 3.1 Å / 最低解像度: 3.3 Å / % possible obs: 62.6 % / Num. unique obs: 54413 / Rmerge(I) obs: 0.441 / Mean I/σ(I) obs: 1.6

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 3.1→12 Å / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 --
Rwork0.257 --
obs0.257 402347 80.2 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15983 0 0 0 15983
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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