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万見
- PDB-1i84: CRYO-EM STRUCTURE OF THE HEAVY MEROMYOSIN SUBFRAGMENT OF CHICKEN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1i84
タイトルCRYO-EM STRUCTURE OF THE HEAVY MEROMYOSIN SUBFRAGMENT OF CHICKEN GIZZARD SMOOTH MUSCLE MYOSIN WITH REGULATORY LIGHT CHAIN IN THE DEPHOSPHORYLATED STATE. ONLY C ALPHAS PROVIDED FOR REGULATORY LIGHT CHAIN. ONLY BACKBONE ATOMS PROVIDED FOR S2 FRAGMENT.
要素
  • SMOOTH MUSCLE MYOSIN ESSENTIAL LIGHT CHAIN
  • SMOOTH MUSCLE MYOSIN HEAVY CHAIN
  • SMOOTH MUSCLE MYOSIN REGULATORY LIGHT CHAIN
キーワードCONTRACTILE PROTEIN / muscle protein (骨格筋) / smooth muscle (平滑筋) / myosin subfragment 2 / heavy meromyosin / essential light chain / regulatory light chain / motor protein (モータータンパク質) / coiled-coil (コイルドコイル)
機能・相同性
機能・相同性情報


myosin II filament / myofibril assembly / elastic fiber assembly / myosin light chain binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / muscle myosin complex / myosin II binding / ミオフィラメント / myosin filament / actomyosin structure organization ...myosin II filament / myofibril assembly / elastic fiber assembly / myosin light chain binding / skeletal muscle myosin thick filament assembly / muscle myosin complex / myosin II binding / ミオフィラメント / myosin filament / actomyosin structure organization / myosin II complex / cardiac muscle cell development / myosin complex / structural constituent of muscle / microfilament motor activity / myofibril / myosin heavy chain binding / smooth muscle contraction / skeletal muscle tissue development / muscle contraction / ADP binding / actin filament binding / actin binding / calmodulin binding / calcium ion binding / magnesium ion binding / ATP binding / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
EF-hand domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Myosin head, motor domain ...EF-hand domain / DNA repair protein XRCC4-like, C-terminal / Myosin tail / Myosin tail / Myosin N-terminal SH3-like domain / Myosin S1 fragment, N-terminal / Myosin, N-terminal, SH3-like / Myosin N-terminal SH3-like domain profile. / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / IQ motif, EF-hand binding site / Kinesin motor domain superfamily / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Myosin light polypeptide 6 / Myosin regulatory light chain 11 / Myosin-11
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法電子線結晶学 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20 Å
データ登録者Wendt, T. / Taylor, D. / Trybus, K.M. / Taylor, K.
引用
ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2001
タイトル: Three-dimensional image reconstruction of dephosphorylated smooth muscle heavy meromyosin reveals asymmetry in the interaction between myosin heads and placement of subfragment 2.
著者: T Wendt / D Taylor / K M Trybus / K Taylor /
要旨: Regulation of the actin-activated ATPase of smooth muscle myosin II is known to involve an interaction between the two heads that is controlled by phosphorylation of the regulatory light chain. ...Regulation of the actin-activated ATPase of smooth muscle myosin II is known to involve an interaction between the two heads that is controlled by phosphorylation of the regulatory light chain. However, the three-dimensional structure of this inactivated form has been unknown. We have used a lipid monolayer to obtain two-dimensional crystalline arrays of the unphosphorylated inactive form of smooth muscle heavy meromyosin suitable for structural studies by electron cryomicroscopy of unstained, frozen-hydrated specimens. The three-dimensional structure reveals an asymmetric interaction between the two myosin heads. The ATPase activity of one head is sterically "blocked" because part of its actin-binding interface is positioned onto the converter domain of the second head. ATPase activity of the second head, which can bind actin, appears to be inhibited through stabilization of converter domain movements needed to release phosphate and achieve strong actin binding. When the subfragment 2 domain of heavy meromyosin is oriented as it would be in an actomyosin filament lattice, the position of the heads is very different from that needed to bind actin, suggesting an additional contribution to ATPase inhibition in situ.
#1: ジャーナル: J.Cell Biol. / 年: 1999
タイトル: Visualization of Head-head Interactions in the Inhibited State of Smooth Muscle Myosin
著者: Wendt, T. / Taylor, D. / Messier, T. / Trybus, K.M. / Taylor, K.A.
#2: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 1998
タイトル: Crystal Structure of a Vertebrate Smooth Muscle Myosin Motor Domain and its Complex with the Essential Light Chain: Visualization of the Pre-power Stroke State
著者: Dominguez, R. / Freyzon, Y. / Trybus, K.M. / Cohen, C.
#3: ジャーナル: Science / 年: 1993
タイトル: Three-dimensional Structure of Myosin Subfragment-1: a Molecular Motor
著者: Rayment, I. / Rypniewsky, W.R. / Schmidt-Base, K. / Smith, R. / Tomchick, D.R. / Benning, M.M. / Winkelmann, D.A. / Wesenberg, G. / Holden, H.M.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1996
タイトル: The Structure of the Head-tail Junction of the Myosin Molecule
著者: Offer, G. / Knight, P.
履歴
登録2001年3月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年12月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / diffrn_radiation ...database_2 / diffrn_radiation / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_radiation.pdbx_scattering_type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
S: SMOOTH MUSCLE MYOSIN HEAVY CHAIN
T: SMOOTH MUSCLE MYOSIN ESSENTIAL LIGHT CHAIN
U: SMOOTH MUSCLE MYOSIN REGULATORY LIGHT CHAIN
V: SMOOTH MUSCLE MYOSIN HEAVY CHAIN
W: SMOOTH MUSCLE MYOSIN ESSENTIAL LIGHT CHAIN
Z: SMOOTH MUSCLE MYOSIN REGULATORY LIGHT CHAIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)344,5516
ポリマ－344,5516
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)133.0, 304.0, 200.0
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 91.5
Int Tables number3
Space group name H-MP112

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要素

#1: 抗体 SMOOTH MUSCLE MYOSIN HEAVY CHAIN / MYOSIN HEAVY CHAIN / GIZZARD SMOOTH MUSCLE


分子量: 137072.938 Da / 分子数: 2 / 断片: MEROMYOSIN SUBFRAGMENT. S1 AND S2 FRAGMENTS. / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 解説: FLAG-TAG AT C-TERMINUS; / プラスミド: PVL1392
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P10587, EC: 3.6.1.32
#2: タンパク質 SMOOTH MUSCLE MYOSIN ESSENTIAL LIGHT CHAIN / ELC / MYOSIN ALKALI LIGHT CHAIN


分子量: 16873.025 Da / 分子数: 2 / 断片: S1 FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / プラスミド: PVL1392
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: GenBank: 212393, UniProt: P02607*PLUS
#3: タンパク質 SMOOTH MUSCLE MYOSIN REGULATORY LIGHT CHAIN / RLC / MYOSIN REGULATORY LIGHT CHAIN 2 / SMOOTH MUSCLE (MAJOR) / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 18329.598 Da / 分子数: 2 / 断片: S1 FRAGMENT / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / プラスミド: PVL1392
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
株 (発現宿主): SF9 / 参照: UniProt: P02609

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実験情報

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実験

実験手法: 電子線結晶学 / 使用した結晶の数: 101
EM実験試料の集合状態: 2D ARRAY / ３次元再構成法: 電子線結晶学
結晶の対称性∠γ: 91.5 ° / A: 133 Å / B: 304 Å / C: 90 Å / Space group name H-M: P2

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試料調製

構成要素名称: HEAVY MEROMYOSIN SUBFRAGMENT OF CHICKEN GIZZARD SMOOTH MUSCLE MYOSIN WITH REGULATORY LIGHT CHAIN IN THE DEPHOSPHORYLATED STATE
タイプ: COMPLEX
EM crystal formation詳細: 2-D arrays were grown on a positively charged lipid monolayer system consisting of didodecyldimethylammonium and dilauryl phosphatidyl choline (Taylor, K. A. & Taylor, D. W. (1992) J. Struct. ...詳細: 2-D arrays were grown on a positively charged lipid monolayer system consisting of didodecyldimethylammonium and dilauryl phosphatidyl choline (Taylor, K. A. & Taylor, D. W. (1992) J. Struct. Biol. 108, 140-147). Crystallization buffers consisted of 1 mM Mg2+, 20 mM phosphate, pH range 7-8, 1 mM ATP, 1 mM EGTA and PEG 6000 (7-10%) and NaCl (90-120 mM). Specimens were recovered on 200 mesh copper grids coated with a reticulated carbon film. The specimen was picked up from the grid bar side and blotted from that side.
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE
詳細: Specimens were frozen in liquid ethane using a drop freezing apparatus.
結晶化温度: 277 K / 手法: lipid monolayer / pH: 7.5
詳細: MgCl, sodium phosphate, ATP, EGTA, PEG 6000, pH 7.5, Lipid monolayer, temperature 277K
結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: data none

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データ収集

顕微鏡モデル: FEI/PHILIPS CM300FEG/T / 日付: 1999年7月1日
電子銃加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 24000 X
試料ホルダ温度: 93 K
撮影電子線照射量: 5 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 101 / Scanner model: PERKIN ELMER
放射散乱光タイプ: electron
放射波長相対比: 1

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解析

画像処理詳細: Micrographs were processed using the ICE processing software
結晶の対称性∠γ: 91.5 ° / A: 133 Å / B: 304 Å / C: 90 Å / Space group name H-M: P2
3次元再構成解像度: 20 Å / 解像度の算出法: DIFFRACTION PATTERN/LAYERLINES / 対称性のタイプ: 2D CRYSTAL
原子モデル構築プロトコル: OTHER / 空間: REAL / Target criteria: VISUAL AGREEMENT
詳細: REFINEMENT PROTOCOL--MANUAL DETAILS--The atomic model consists of two S1 heads and a segment of S2 containing 91 residues. Each S1 consists of a heavy chain and two light chains, the ELC and ...詳細: REFINEMENT PROTOCOL--MANUAL DETAILS--The atomic model consists of two S1 heads and a segment of S2 containing 91 residues. Each S1 consists of a heavy chain and two light chains, the ELC and the RLC. The atomic model of the S1 subfragment was constructed using two X-ray crystallography models. The heavy chain residues from ala2 to leu819 as well as the essential light chain were obtained from the chicken smooth muscle structure, PDB entry 1BR1, chains A and B. The remainder of S1 including heavy chain residues from glu820 to lys852 (smooth muscle numbering but skeletal myosin sequence) were obtained from residues glu811-lys843 of chicken skeletal muscle myosin, PDB entry 2MYS, since the structure of the entire smooth muscle S1 fragment is not available. Note that the residue numbers for the chain segment from 2MYS that were spliced onto 1BR1 have been renumbered to run consecutively from 819 but the residues themselves are the chicken skeletal muscle myosin heavy chain residues. The regulatory light chain coordinates were also obtained from 2MYS (skeletal) because a smooth muscle myosin model is not available. This regulatory light chain consisted only of C alphas. In fitting the model to the molecular envelope, the lever arm of the free head, i.e. ELC, RLC and heavy chain residues from ile796-lys852, were rotated as a rigid body about the Calpha of ile796. The amount of rotation was about 20 degrees. The blocked head was not modified. The alignment of 2MYS to 1BR1 was done using the conserved residues on the essential light chain. This alignment was carried out using O. The rms of the fit using 123 C alpha atoms of the conserved residues was 1.632 Angstroms. The C alpha distance between leu819 and glu811 (2MYS residue number) after the transformation was 4.23 Angstroms. This distance has not been altered in the model. The splice site at 819-820 is also slightly long and was left that way so the splice site would be easily visible. The other long bonds are at locations where the chain was bent to fit the structure. No minimization or refinement was done to fix them. The following residues have long peptide bond distances- chain S- LEU 819 and GLU 820 THR 854 and ARG 855 MET 860 and GLN 861 GLN 903 and ALA 904 chain V- LEU 819 and GLU 820 LYS 852 and VAL 853 MET 860 and GLN 861 GLN 903 and ALA 904 The 91 residues of the S2 fragment built into the model were calculated using a program written by Dr. Gerald Offer (reference 4). These coordinates consist only of backbone atoms. The S2 sequence begins at val853 which is the correct residue number for smooth muscle myosin. Peptide chain designations- Blocked myosin S1 head myosin heavy chain (with S2 segment) is chain V ELC is chain W RLC is chain Z Free myosin S1 head myosin heavy chain (with S2 fragment) is chain S ELC is chain T RLC is chain U The terms blocked and free refer to the conformations of the two S1 heads. SEQUENCE GAPS IN THE MOLECULAR MODEL- Myosin heavy chain- 205-210, 452-457, 635-655, 944-1185. ELC- 1-2. RLC (skeletal)- 1-18, 127, 142-147, 164-166.
精密化最高解像度: 20 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16580 0 0 0 16580

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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