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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1emi | ||||||
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タイトル | STRUCTURE OF 16S RRNA IN THE REGION AROUND RIBOSOMAL PROTEIN S8. | ||||||
要素 |
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キーワード | RIBOSOME (リボソーム) / RNA (リボ核酸) / rRNA (リボソームRNA) / ribosomal protein / 16S rRNA / S8 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 7.5 Å | ||||||
データ登録者 | Lancaster, L. / Culver, G.M. / Yusupova, G.Z. / Cate, J.H. / Yuspov, M.M. / Noller, H.F. | ||||||
引用 | ジャーナル: RNA / 年: 2000 タイトル: The location of protein S8 and surrounding elements of 16S rRNA in the 70S ribosome from combined use of directed hydroxyl radical probing and X-ray crystallography. 著者: Lancaster, L. / Culver, G.M. / Yusupova, G.Z. / Cate, J.H. / Yusupov, M.M. / Noller, H.F. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1emi.cif.gz | 22.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1emi.ent.gz | 10.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1emi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/1emi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/em/1emi | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 51921.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 詳細: COORDINATES FOR THERMUS THERMOPHILUS 16S RRNA BUT SEQUENCE AND NUMBERING IS THAT OF E.COLI 16S RRNA 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) |
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#2: タンパク質 | 分子量: 15624.214 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Thermus thermophilus (サーマス・サーモフィルス) 参照: UniProt: Q5SHQ2, UniProt: P0DOY9*PLUS |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5 |
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-試料調製
結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 105 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / タイプ: ALS / 波長: 1.1051 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1051 Å / 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 7.5 Å |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 最高解像度: 7.5 Å 詳細: All data collection parameters are as reported for 486D. The RNA model for the S8 region of 16S rRNA was built manually by fitting to the 7.8 A X-ray map of the Thermus thermophilus 70S ...詳細: All data collection parameters are as reported for 486D. The RNA model for the S8 region of 16S rRNA was built manually by fitting to the 7.8 A X-ray map of the Thermus thermophilus 70S ribosome (Cate et al., Science 285, 2095-2104, 1999; see PDB 486D) using a single P pseudoatom for each nucleotide. Note that the nucleotide numbering corresponds to the nucleotide positions of E.coli 16S rRNA. Protein S8 from Thermus thermophilus (PDB 1AN7) was fitted to the 7.8 A map of the Thermus thermophilus 70S ribosome by splitting the protein into N- and C-terminal domains between residues 80 and 81. The two domains were fit separately, resulting in a small relative movement compared with the original X-ray structure. Only C-alpha positions are given in the PDB file. | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 7.5 Å
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