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- PDB-1cla: EVIDENCE FOR TRANSITION-STATE STABILIZATION BY SERINE-148 IN THE ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1cla
タイトルEVIDENCE FOR TRANSITION-STATE STABILIZATION BY SERINE-148 IN THE CATALYTIC MECHANISM OF CHLORAMPHENICOL ACETYLTRANSFERASE
要素TYPE III CHLORAMPHENICOL ACETYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE (ACYLTRANSFERASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


chloramphenicol O-acetyltransferase / chloramphenicol O-acetyltransferase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Chloramphenicol acetyltransferase, active site / Chloramphenicol acetyltransferase active site. / Chloramphenicol acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クロラムフェニコール / : / Chloramphenicol acetyltransferase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.34 Å
データ登録者Gibbs, M.R. / Leslie, A.G.W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Evidence for transition-state stabilization by serine-148 in the catalytic mechanism of chloramphenicol acetyltransferase.
著者: Lewendon, A. / Murray, I.A. / Shaw, W.V. / Gibbs, M.R. / Leslie, A.G.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Crystal Structure of the Aspartic Acid-199 (Right Arrow) Asparagine Mutant of Chloramphenicol Acetyltransferase to 2.35-Angstroms Resolution: Structural Consequences of Disruption of a Buried Salt Bridge
著者: Gibbs, M.R. / Moody, P.C.E. / Leslie, A.G.W.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Refined Crystal Structure of Type III Chloramphenicol Acetyltransferase at 1.75 Angstroms Resolution
著者: Leslie, A.G.W.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1988
タイトル: Substitutions in the Active Site of Chloramphenicol Acetyltransferase. Role of a Conserved Aspartate
著者: Lewendon, A. / Murray, I.A. / Kleanthous, C. / Cullis, P.M. / Shaw, W.V.
#4: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1988
タイトル: Structure of Chloramphenicol Acetyltransferase at 1.75-Angstroms Resolution
著者: Leslie, A.G.W. / Moody, P.C.E. / Shaw, W.V.
#5: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986
タイトル: Crystallization of a Type III Chloramphenicol Acetyl Transferase
著者: Leslie, A.G.W. / Liddell, J.M. / Shaw, W.V.
履歴
登録1989年10月16日処理サイト: BNL
改定 1.01990年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET SHEET 1 ACTUALLY HAS SEVEN STRANDS. RESIDUES 157 - 162 FORM AN EXTENSION TO THE SIX STRANDED ...SHEET SHEET 1 ACTUALLY HAS SEVEN STRANDS. RESIDUES 157 - 162 FORM AN EXTENSION TO THE SIX STRANDED BETA-SHEET OF AN ADJACENT SHEET WHICH SPANS THE SUBUNIT INTERFACE. N OF ASN 159 IS HYDROGEN BONDED TO O OF SEH 34. THERE IS A WIDE BETA-BULGE INVOLVING RESIDUES LYS 177, TYR 178, AND LEU 187.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYPE III CHLORAMPHENICOL ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4464
ポリマ－25,0051
非ポリマー4413
水2,468137
1
A: TYPE III CHLORAMPHENICOL ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: TYPE III CHLORAMPHENICOL ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: TYPE III CHLORAMPHENICOL ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,33912
ポリマ－75,0163
非ポリマー1,3239
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area8950 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area24980 Å2
手法PISA, PQS
2
A: TYPE III CHLORAMPHENICOL ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,67924
ポリマ－150,0336
非ポリマー2,64618
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area20300 Å2
ΔGint-223 kcal/mol
Surface area47930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.340, 107.340, 123.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Atom site foot note1: THERE IS A WIDE BETA-BULGE INVOLVING RESIDUES LYS 177, TYR 178, AND LEU 187.
2: RESIDUES 157 - 162 FORM AN EXTENSION TO THE SIX STRANDED BETA-SHEET OF AN ADJACENT SHEET WHICH SPANS THE SUBUNIT INTERFACE.
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-222-

CO

21A-223-

CO

31A-310-

HOH

41A-311-

HOH

51A-341-

HOH

61A-365-

HOH

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要素

#1: タンパク質 TYPE III CHLORAMPHENICOL ACETYLTRANSFERASE


分子量: 25005.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00484, chloramphenicol O-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-CLM / CHLORAMPHENICOL / クロラムフェニコール


分子量: 323.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12Cl2N2O5 / コメント: 抗生剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 137 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE MUTATED SERINE RESIDUE IS BELIEVED TO PLAY A ROLE IN TRANSITION STATE STABILIZATION (SEE THE ...THE MUTATED SERINE RESIDUE IS BELIEVED TO PLAY A ROLE IN TRANSITION STATE STABILIZATION (SEE THE PAPER CITED ON THE *JRNL* RECORDS ABOVE). THE SER 148 TO ALA MUTANT SHOWS A SIGNIFICANT LOSS IN ACTIVITY (K=CAT= REDUCED 53-FOLD) BUT IS ESSENTIALLY ISOSTRUCTURAL WITH THE WILD-TYPE ENZYME.
配列の詳細THE NUMBERING SCHEME ADOPTED IS BASED ON THE ALIGNMENT OF A NUMBER OF CAT SEQUENCES. FOR THE TYPE ...THE NUMBERING SCHEME ADOPTED IS BASED ON THE ALIGNMENT OF A NUMBER OF CAT SEQUENCES. FOR THE TYPE III ENZYME WHOSE COORDINATES ARE PRESENTED IN THIS ENTRY, MET 6 IS THE N-TERMINAL RESIDUE AND THERE IS NO RESIDUE NUMBER 79.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.98 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 6.3 / 手法: microdialysis
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
15 mg/mlprotein1buttom
210 mMMES1buttom
34 %MPD1reservoir
410 mMMES1reservoir
51 mMchloramphenicol1reservoir
60.5 mMhexa amminecobalt chloride1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.34 Å / Rmerge(I) obs: 0.033

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解析

ソフトウェア名称: PROLSQ / 分類: 精密化
精密化Rfactor obs: 0.172 / 最高解像度: 2.34 Å
詳細: THE STRUCTURE WAS SOLVED BY MOLECULAR REPLACEMENT USING THE REFINED 1.75 ANGSTROMS RESOLUTION STRUCTURE OF THE WILD TYPE ENZYME AS A MODEL.
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 2.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1704 0 22 137 1863
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.010.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.040.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.050.05
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr00.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.10.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.10.2
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.20.2
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.172
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.019
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.043
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.056
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.17

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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