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- PDB-4cla: ALTERNATIVE BINDING MODES FOR CHLORAMPHENICOL AND 1-SUBSTITUTED C... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4cla
タイトルALTERNATIVE BINDING MODES FOR CHLORAMPHENICOL AND 1-SUBSTITUTED CHLORAMPHENICOL ANALOGUES REVEALED BY SITE-DIRECTED MUTAGENESIS AND X-RAY CRYSTALLOGRAPHY OF CHLORAMPHENICOL ACETYLTRANSFERASE
要素TYPE III CHLORAMPHENICOL ACETYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE (ACYLTRANSFERASE)
機能・相同性
機能・相同性情報


chloramphenicol O-acetyltransferase / chloramphenicol O-acetyltransferase activity / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Chloramphenicol acetyltransferase, active site / Chloramphenicol acetyltransferase active site. / Chloramphenicol acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase / Chloramphenicol Acetyltransferase / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain / Chloramphenicol acetyltransferase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
クロラムフェニコール / : / Chloramphenicol acetyltransferase 3
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Leslie, A.G.W.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Alternative binding modes for chloramphenicol and 1-substituted chloramphenicol analogues revealed by site-directed mutagenesis and X-ray crystallography of chloramphenicol acetyltransferase.
著者: Murray, I.A. / Lewendon, A. / Williams, J.A. / Cullis, P.M. / Shaw, W.V.
#1: ジャーナル: Annu.Rev.Biophys.Biophys.Chem. / 年: 1991
タイトル: Chloramphenicol Acetyltransferase
著者: Shaw, W.V. / Leslie, A.G.W.
#2: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1990
タイトル: Refined Crystal Structure of Type III Chloramphenicol Acetyltransferase at 1.75 Angstroms Resolution
著者: Leslie, A.G.W.
#3: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Crystal Structure of the Asp-199-Asn Mutant of Chloramphenicol Acetyltransferase to 2.35 Angstroms Resolution. Structural Consequences of Disruption of a Buried Salt-Bridge.
著者: Gibbs, M.R. / Moody, P.C.E. / Leslie, A.G.W.
#4: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1990
タイトル: Evidence for Transition-State Stabilization by Serine-148 in the Catalytic Mechanism of Chloramphenicol Acetyltransferase
著者: Lewendon, A. / Murray, I.A. / Shaw, W.V. / Gibbs, M.R. / Leslie, A.G.W.
#5: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1988
タイトル: Substitutions in the Active Site of Chloramphenicol Acetyltransferase. Role of a Conserved Aspartate
著者: Lewendon, A. / Murray, I.A. / Kleanthous, C. / Cullis, P.M. / Shaw, W.V.
#6: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1988
タイトル: Structure of Chloramphenicol Acetyltransferase at 1.75-Angstroms Resolution
著者: Leslie, A.G.W. / Moody, P.C.E. / Shaw, W.V.
#7: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1986
タイトル: Crystallization of a Type III Chloramphenicol Acetyl Transferase
著者: Leslie, A.G.W. / Liddell, J.M. / Shaw, W.V.
履歴
登録1990年10月23日処理サイト: BNL
改定 1.01992年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月25日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 700SHEET SHEET 1 ACTUALLY HAS SEVEN STRANDS. RESIDUES 157 - 162 FORM AN EXTENSION TO THE SIX STRANDED ...SHEET SHEET 1 ACTUALLY HAS SEVEN STRANDS. RESIDUES 157 - 162 FORM AN EXTENSION TO THE SIX STRANDED BETA- SHEET OF AN ADJACENT SUBUNIT OF THE TRIMER, RESULTING IN A SEVEN-STRANDED SHEET WHICH SPANS THE SUBUNIT INTERFACE. THE FINAL STRAND, SER 157 - VAL 162, IS IN AN ADJACENT (THREE-FOLD RELATED) SUBUNIT OF THE TRIMER. N ASN 159 IS HYDROGEN BONDED TO O SEH 34. THERE IS A WIDE BETA-BULGE INVOLVING RESIDUES LYS 177, TYR 178, AND LEU 187.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TYPE III CHLORAMPHENICOL ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4974
ポリマ－25,0561
非ポリマー4413
水3,657203
1
A: TYPE III CHLORAMPHENICOL ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: TYPE III CHLORAMPHENICOL ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子

A: TYPE III CHLORAMPHENICOL ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,49012
ポリマ－75,1673
非ポリマー1,3239
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area8970 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area25140 Å2
手法PISA, PQS
2
A: TYPE III CHLORAMPHENICOL ACETYLTRANSFERASE
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)152,97924
ポリマ－150,3336
非ポリマー2,64618
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z1
Buried area20020 Å2
ΔGint-225 kcal/mol
Surface area48570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.750, 107.750, 123.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Atom site foot note1: THERE IS A WIDE BETA-BULGE INVOLVING RESIDUES LYS 177, TYR 178, AND LEU 187.
2: RESIDUES 157 - 162 FORM AN EXTENSION TO THE SIX STRANDED BETA-SHEET OF AN ADJACENT SUBUNIT OF THE TRIMER, RESULTING IN A SEVEN-STRANDED SHEET WHICH SPANS THE SUBUNIT INTERFACE.
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-222-

CO

21A-223-

CO

31A-309-

HOH

41A-310-

HOH

詳細CAT IS A TRIMER OF IDENTICAL SUBUNITS EACH CONTAINING 213 AMINO ACIDS (SUBUNIT MOLECULAR WEIGHT 25000). THE THREE-FOLD AXIS OF THE TRIMER IS COINCIDENT WITH THE CRYSTALLOGRAPHIC THREE-FOLD AXIS. THE COORDINATES PRESENTED IN THIS ENTRY ARE FOR ONE SUBUNIT OF THE TRIMER. THE COORDINATES FOR THE OTHER TWO SUBUNITS CAN BE DERIVED BY APPLYING ROTATIONS OF 120 DEGREES AND 240 DEGREES ABOUT THE Z AXIS. TO GENERATE THESE SYMMETRY RELATED SUBUNITS APPLY THE FOLLOWING MATRICES TO THE COORDINATES GIVEN BELOW: 1. -0.50000 -0.86603 0.00000 0.86603 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000 2. -0.50000 0.86603 0.00000 -0.86603 -0.50000 0.00000 0.00000 0.00000 1.00000

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要素

#1: タンパク質 TYPE III CHLORAMPHENICOL ACETYLTRANSFERASE


分子量: 25055.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P00484, chloramphenicol O-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 化合物 ChemComp-CLM / CHLORAMPHENICOL / クロラムフェニコール


分子量: 323.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H12Cl2N2O5 / コメント: 抗生剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 203 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THE MUTATED RESIDUE FORMS PART OF THE CHLORAMPHENICOL BINDING POCKET. THE CONFORMATION OF THE ...THE MUTATED RESIDUE FORMS PART OF THE CHLORAMPHENICOL BINDING POCKET. THE CONFORMATION OF THE ENZYME IS ESSENTIALLY IDENTICAL TO THE WILD TYPE. HOWEVER, CHLORAMPHENICOL BINDS IN A DIFFERENT ORIENTATION TO THAT OBSERVED IN THE WILD TYPE BINARY COMPLEX, WITH SHIFTS OF UP TO 2 ANGSTROMS IN ATOMIC POSITIONS. THE OBSERVED MODE OF BINDING IN THE CRYSTAL STRUCTURE IS ALMOST CERTAINLY NON-PRODUCTIVE. IN SPITE OF THIS OBSERVATION, THE MUTANT ENZYME IS STILL ACTIVE WITH A 60 FOLD DROP IN CATALYTIC ACTIVITY.
非ポリマーの詳細SOLVENT ATOMS (COBALT OR WATER) LYING ON CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY AXES HAVE BEEN GIVEN OCCUPANCIES ...SOLVENT ATOMS (COBALT OR WATER) LYING ON CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY AXES HAVE BEEN GIVEN OCCUPANCIES EQUAL TO 1.0/(ROTATIONAL SYMMETRY OF THAT AXIS). ATOMS OF THE SUBSTRATE CHLORAMPHENICOL HAVE BEEN ASSIGNED AN OCCUPANCY OF 0.66 BECAUSE OF UNCERTAINTY ABOUT WHETHER THE SITE IS FULLY OCCUPIED. THE LOW VALUES OF THE REFINED TEMPERATURE FACTORS SUGGEST THAT THE OCCUPANCY IS SOMEWHAT HIGHER THAN 0.66 AND IS PROBABLY CLOSE TO 1.0. IT SHOULD BE NOTED THAT THE TEMPERATURE FACTORS QUOTED IN THE JRNL REFERENCE RELATE TO AN INPUT OCCUPANCY OF 0.66, NOT AN OCCUPANCY OF 1.0. THE COBALT IONS PLAY A CRUCIAL ROLE IN STABILIZING THE CRYSTAL LATTICE.
配列の詳細THE NUMBERING SCHEME ADOPTED IS BASED ON THE ALIGNMENT OF A NUMBER OF CAT SEQUENCES. FOR THE TYPE ...THE NUMBERING SCHEME ADOPTED IS BASED ON THE ALIGNMENT OF A NUMBER OF CAT SEQUENCES. FOR THE TYPE III ENZYME WHOSE COORDINATES ARE PRESENTED IN THIS ENTRY, MET 6 IS THE N-TERMINAL RESIDUE AND THERE IS NO RESIDUE NUMBER 79.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.46 %
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: microdialysis / pH: 6.3
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
150 mg/mlprotein1buttom
210 mMMES1buttom
31 mMchloramphenicol1reservoir
45 %MPD1reservoir
510 mMMES1reservoir
60.5 mMhexammine cobalt(III) chloride1reservoir

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データ収集

反射
*PLUS
最高解像度: 2 Å

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解析

ソフトウェア名称: DERIV / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→6 Å / Rfactor Rwork: 0.157
詳細: ATOMS OF SIDECHAINS SHOWING VERY WEAK (LESS THAN 0.2 $E/A**3) OR UNINTERPRETABLE ELECTRON DENSITY HAVE BEEN OMITTED FROM THE MODEL.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1711 0 22 203 1936
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.021
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg3
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: PROLSQ / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 6 Å / Num. reflection all: 17970 / Rfactor obs: 0.147
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d3
X-RAY DIFFRACTIONp_dihedral_angle_d0.20.16
X-RAY DIFFRACTIONp_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.050.062
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr0.030.02
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.150.22
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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