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- EMDB-6640: cryo-EM map of the full-length human NPC1 at 4.4 angstrom -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-6640
タイトルcryo-EM map of the full-length human NPC1 at 4.4 angstrom
マップデータReconstruction of a memebrane protein
試料
  • 試料: NPC1
  • タンパク質・ペプチド: Niemann-Pick C1 protein
キーワードmembrane protein (膜タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclodextrin metabolic process / cholesterol storage / membrane raft organization / : / intracellular cholesterol transport / intracellular lipid transport / intestinal cholesterol absorption / LDL clearance / プログラム細胞死 / negative regulation of epithelial cell apoptotic process ...cyclodextrin metabolic process / cholesterol storage / membrane raft organization / : / intracellular cholesterol transport / intracellular lipid transport / intestinal cholesterol absorption / LDL clearance / プログラム細胞死 / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / cholesterol transport / bile acid metabolic process / establishment of protein localization to membrane / cholesterol efflux / adult walking behavior / lysosomal transport / cholesterol binding / negative regulation of macroautophagy / cellular response to steroid hormone stimulus / protein glycosylation / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / response to cadmium ion / negative regulation of TORC1 signaling / cholesterol metabolic process / 神経発生 / cholesterol homeostasis / liver development / オートファジー / オートファジー / エンドサイトーシス / transmembrane signaling receptor activity / virus receptor activity / signaling receptor activity / 核膜 / late endosome membrane / 遺伝子発現 / リソソーム / response to xenobiotic stimulus / symbiont entry into host cell / 脂質ラフト / lysosomal membrane / perinuclear region of cytoplasm / ゴルジ体 / 小胞体 / extracellular exosome / extracellular region / 生体膜 / 細胞膜
類似検索 - 分子機能
NPC1-like / Niemann-Pick C1, N-terminal / Niemann-Pick C1 N terminus / Sterol-sensing domain of SREBP cleavage-activation / Protein patched/dispatched / Patched family / Sterol-sensing domain (SSD) profile. / Sterol-sensing domain
類似検索 - ドメイン・相同性
NPC intracellular cholesterol transporter 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.43 Å
データ登録者Gong X / Qiang HW / Zhou XH / Wu JP / Zhou Q / Yan N
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into the Niemann-Pick C1 (NPC1)-Mediated Cholesterol Transfer and Ebola Infection.
著者: Xin Gong / Hongwu Qian / Xinhui Zhou / Jianping Wu / Tao Wan / Pingping Cao / Weiyun Huang / Xin Zhao / Xudong Wang / Peiyi Wang / Yi Shi / George F Gao / Qiang Zhou / Nieng Yan /
要旨: Niemann-Pick disease type C (NPC) is associated with mutations in NPC1 and NPC2, whose gene products are key players in the endosomal/lysosomal egress of low-density lipoprotein-derived cholesterol. ...Niemann-Pick disease type C (NPC) is associated with mutations in NPC1 and NPC2, whose gene products are key players in the endosomal/lysosomal egress of low-density lipoprotein-derived cholesterol. NPC1 is also the intracellular receptor for Ebola virus (EBOV). Here, we present a 4.4 Å structure of full-length human NPC1 and a low-resolution reconstruction of NPC1 in complex with the cleaved glycoprotein (GPcl) of EBOV, both determined by single-particle electron cryomicroscopy. NPC1 contains 13 transmembrane segments (TMs) and three distinct lumenal domains A (also designated NTD), C, and I. TMs 2-13 exhibit a typical resistance-nodulation-cell division fold, among which TMs 3-7 constitute the sterol-sensing domain conserved in several proteins involved in cholesterol metabolism and signaling. A trimeric EBOV-GPcl binds to one NPC1 monomer through the domain C. Our structural and biochemical characterizations provide an important framework for mechanistic understanding of NPC1-mediated intracellular cholesterol trafficking and Ebola virus infection.
履歴
登録2016年5月1日-
ヘッダ(付随情報) 公開2016年6月1日-
マップ公開2016年6月1日-
更新2016年6月8日-
現状2016年6月8日処理サイト: PDBj / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3jd8
  • 表面レベル: 0.025
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

400_6640.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_6640.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 29.8 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Reconstruction of a memebrane protein
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.30654 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.025 / ムービー #1: 0.025
最小 - 最大-0.03710028 - 0.08669025
平均 (標準偏差)-0.00004746 (±0.00520903)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ200200200
Spacing200200200
セルA=B=C: 261.308 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.306541.306541.30654
M x/y/z200200200
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z261.308261.308261.308
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS200200200
D min/max/mean-0.0370.087-0.000

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : NPC1

全体名称: NPC1
要素
  • 試料: NPC1
  • タンパク質・ペプチド: Niemann-Pick C1 protein

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超分子 #1000: NPC1

超分子名称: NPC1 / タイプ: sample / ID: 1000 / 詳細: The sample was monodisperse / Number unique components: 1
分子量実験値: 140 KDa / 理論値: 140 KDa

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分子 #1: Niemann-Pick C1 protein

分子名称: Niemann-Pick C1 protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: NPC1 / コピー数: 1 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / Organelle: lysosome / 細胞中の位置: lysosome
分子量理論値: 140 KDa
組換発現生物種: Homo sapiens (ヒト) / 組換細胞: HEK 293F / 組換プラスミド: pCAG
配列UniProtKB: NPC intracellular cholesterol transporter 1

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度15 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 25mM Tris pH 8.0,150mM NaCl, 0.1% digitonin
グリッド詳細: Quantifoil R1.2/1.3 copper grid, 200 mesh
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot for 3-3.5 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 38270 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 22500
試料ステージ試料ホルダー: Nitrogen cooled
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
温度最低: 80 K / 最高: 105 K / 平均: 100 K
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 22,500 times magnification
日付2016年1月10日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 4026 / 平均電子線量: 50 e/Å2
詳細: Every image is the average of 32 frames recorded by the direct electron detector
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each micrograph
最終 2次元分類クラス数: 2
最終 再構成アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.43 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION1.4 / 使用した粒子像数: 102731
詳細Iamges were processed using RELION1.4.

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

5f1b


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The domains were separately fitted by manual docking
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3jd8:
cryo-EM structure of the full-length human NPC1 at 4.4 angstrom

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原子モデル構築 2

初期モデルPDB ID:

3gki


Chain - Chain ID: A
ソフトウェア名称: Chimera
詳細The domains were separately fitted by manual docking
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-3jd8:
cryo-EM structure of the full-length human NPC1 at 4.4 angstrom

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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