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Yorodumi- PDB-6q94: Crystal structure of human GDP-D-mannose 4,6-dehydratase (S156D) ... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6q94 | ||||||
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Title | Crystal structure of human GDP-D-mannose 4,6-dehydratase (S156D) in complex with GDP-Man | ||||||
Components | GDP-mannose 4,6 dehydratase | ||||||
Keywords | LYASE / GDP-mannose 4 / 6 dehydratase / fucosylation / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC | ||||||
Function / homology | Function and homology information GDP-fucose biosynthesis / GDP-mannose 4,6-dehydratase / GDP-mannose 4,6-dehydratase activity / GDP-mannose metabolic process / 'de novo' GDP-L-fucose biosynthetic process / NADP+ binding / Notch signaling pathway / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Homo sapiens (human) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8 Å | ||||||
Authors | Pfeiffer, M. / Krojer, T. / Johansson, C. / von Delft, F. / Bountra, C. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A. / Nidetzky, B. / Oppermann, U. / Structural Genomics Consortium (SGC) | ||||||
Citation | Journal: Acs Catalysis / Year: 2019 Title: A Parsimonious Mechanism of Sugar Dehydration by Human GDP-Mannose-4,6-dehydratase. Authors: Pfeiffer, M. / Johansson, C. / Krojer, T. / Kavanagh, K.L. / Oppermann, U. / Nidetzky, B. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 6q94.cif.gz | 1.1 MB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb6q94.ent.gz | 974.9 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 6q94.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/6q94 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q9/6q94 | HTTPS FTP |
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-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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3 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 40084.473 Da / Num. of mol.: 8 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Homo sapiens (human) / Gene: GMDS / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: O60547, GDP-mannose 4,6-dehydratase #2: Chemical | ChemComp-NAP / #3: Chemical | ChemComp-GDD / #4: Chemical | ChemComp-EDO / #5: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.45 Å3/Da / Density % sol: 64.32 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: 25% PEG3350, 0.2M ammonium acetate, 0.1M bis-tris pH 5.5 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Diamond / Beamline: I04-1 / Wavelength: 0.92819 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 6M / Detector: PIXEL / Date: Jul 5, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.92819 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.8→115.53 Å / Num. obs: 111281 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 6.7 % / Net I/σ(I): 9.4 |
Reflection shell | Resolution: 2.8→2.87 Å |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.8→115.53 Å / SU ML: 0.41 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 25.46
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.8→115.53 Å
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Refine LS restraints |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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