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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-6222 | |||||||||
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タイトル | Six-fold averaged structure of lemon-shaped virus His1 using Cryo-ET subtomogram averaging | |||||||||
マップデータ | Six-fold averaged refined map of Lemon-shaped archaeal virus His1 | |||||||||
試料 |
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キーワード | Lemon-shaped Virus / Tail Organization / Electron Cryo-Tomography / Subtomogram averaging / Dissociation (解離) | |||||||||
生物種 | Lemon-shaped archaeal virus His1 | |||||||||
手法 | サブトモグラム平均法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 20.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Hong C / Pietila MK / Fu C / Schmid MF / Bamford DH / Chiu W | |||||||||
引用 | ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2015 タイトル: Lemon-shaped halo archaeal virus His1 with uniform tail but variable capsid structure. 著者: Chuan Hong / Maija K Pietilä / Caroline J Fu / Michael F Schmid / Dennis H Bamford / Wah Chiu / 要旨: Lemon-shaped viruses are common in nature but so far have been observed to infect only archaea. Due to their unusual shape, the structures of these viruses are challenging to study and therefore ...Lemon-shaped viruses are common in nature but so far have been observed to infect only archaea. Due to their unusual shape, the structures of these viruses are challenging to study and therefore poorly characterized. Here, we have studied haloarchaeal virus His1 using cryo-electron tomography as well as biochemical dissociation. The virions have different sizes, but prove to be extremely stable under various biochemical treatments. Subtomogram averaging of the computationally extracted virions resolved a tail-like structure with a central tail hub density and six tail spikes. Inside the tail there are two cavities and a plug density that separates the tail hub from the interior genome. His1 most likely uses the tail spikes to anchor to host cells and the tail hub to eject the genome, analogous to classic tailed bacteriophages. Upon biochemical treatment that releases the genome, the lemon-shaped virion transforms into an empty tube. Such a dramatic transformation demonstrates that the capsid proteins are capable of undergoing substantial quaternary structural changes, which may occur at different stages of the virus life cycle. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_6222.map.gz | 115.8 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-6222-v30.xml emd-6222.xml | 10.3 KB 10.3 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | 400_6222.gif 80_6222.gif | 37.5 KB 2.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6222 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-6222 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_6222.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 122.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | Six-fold averaged refined map of Lemon-shaped archaeal virus His1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 4.52 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Lemon-shaped archaeal virus His1
全体 | 名称: Lemon-shaped archaeal virus His1 |
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要素 |
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-超分子 #1000: Lemon-shaped archaeal virus His1
超分子 | 名称: Lemon-shaped archaeal virus His1 / タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-超分子 #1: Lemon-shaped archaeal virus His1
超分子 | 名称: Lemon-shaped archaeal virus His1 / タイプ: virus / ID: 1 / 生物種: Lemon-shaped archaeal virus His1 / データベース: NCBI / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No |
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宿主 | 生物種: Haloarcula hispanica (好塩性) / 別称: ARCHAEA |
ウイルス殻 | Shell ID: 1 / 直径: 400 Å |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | サブトモグラム平均法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.2 詳細: 50 mM NaCl, 3.5 mM MgCl2, 1 mM KCl, 0.1 mM CaCl2, 50 mM Tris-HCl, pH 7.2 |
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グリッド | 詳細: 200 mesh Quantifoil grids, glow discharged for 15 seconds |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 93 K / 装置: FEI VITROBOT MARK III / 手法: Blot for 2 seconds |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 2200FS |
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電子線 | 加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 倍率(補正後): 33186 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.0 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm / 倍率(公称値): 25000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: Omega JEOL エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN / Tilt series - Axis1 - Min angle: -65 ° / Tilt series - Axis1 - Max angle: 65 ° |
温度 | 最低: 80 K / 最高: 93 K / 平均: 90 K |
アライメント法 | Legacy - 非点収差: Corrected at 100,000x magnification |
日付 | 2012年10月1日 |
撮影 | カテゴリ: CCD フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) デジタル化 - サンプリング間隔: 15 µm / 実像数: 2500 / 平均電子線量: 100 e/Å2 / カメラ長: 150 |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 20.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: IMOD, EMAN, EMAN2, tomohunter 詳細: The resolution of the tail portion is 20 Angstrom while the resolution of the flexible lemon body is 51 Angstrom. 使用したサブトモグラム数: 2444 |
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詳細 | Iteratively refined against the all-vs-all starting model; six-fold averaged. |