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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33153 | |||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of plant NLR Sr35 resistosome | |||||||||
マップデータ | ||||||||||
試料 |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Triticum monococcum (ヒトツブコムギ) / Puccinia graminis f. sp. tritici (菌類) | |||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.33 Å | |||||||||
データ登録者 | Ouyang SY / Zhao YB / Li ZK / Liu MX | |||||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022 タイトル: Pathogen effector AvrSr35 triggers Sr35 resistosome assembly via a direct recognition mechanism. 著者: Yan-Bo Zhao / Meng-Xi Liu / Tao-Tao Chen / Xiaomin Ma / Ze-Kai Li / Zichao Zheng / Si-Ru Zheng / Lifei Chen / You-Zhi Li / Li-Rui Tang / Qi Chen / Peiyi Wang / Songying Ouyang / 要旨: Nucleotide-binding, leucine-rich repeat receptors (NLRs) perceive pathogen effectors to trigger plant immunity. The direct recognition mechanism of pathogen effectors by coiled-coil NLRs (CNLs) ...Nucleotide-binding, leucine-rich repeat receptors (NLRs) perceive pathogen effectors to trigger plant immunity. The direct recognition mechanism of pathogen effectors by coiled-coil NLRs (CNLs) remains unclear. We demonstrate that the CNL Sr35 directly recognizes the pathogen effector AvrSr35 from f. sp and report a cryo-electron microscopy structure of Sr35 resistosome and a crystal structure of AvrSr35. We show that AvrSr35 forms homodimers that are disassociated into monomers upon direct recognition by the leucine-rich repeat domain of Sr35, which induces Sr35 resistosome assembly and the subsequent immune response. The first 20 amino-terminal residues of Sr35 are indispensable for immune signaling but not for plasma membrane association. Our findings reveal the direct recognition and activation mechanism of a plant CNL and provide insights into biochemical function of Sr35 resistosome. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33153.map.gz | 229 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33153-v30.xml emd-33153.xml | 14.1 KB 14.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33153.png | 76.3 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33153 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33153 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33153.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 244.1 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1.1 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Sr35 resistosome
全体 | 名称: Sr35 resistosome |
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要素 |
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-超分子 #1: Sr35 resistosome
超分子 | 名称: Sr35 resistosome / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2 |
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-超分子 #2: Sr35
超分子 | 名称: Sr35 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Triticum monococcum (ヒトツブコムギ) |
組換発現 | 生物種: Insect expression vector pBlueBacmsGCB1 (その他) |
-超分子 #3: AvrSr35
超分子 | 名称: AvrSr35 / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2 |
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由来(天然) | 生物種: Puccinia graminis f. sp. tritici (菌類) |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
-分子 #1: Sr35
分子 | 名称: Sr35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Triticum monococcum (ヒトツブコムギ) |
分子量 | 理論値: 105.392203 KDa |
組換発現 | 生物種: Insect expression vector pBlueBacmsGCB1 (その他) |
配列 | 文字列: TENLYFQSNA MEIAMGAIGS LLPKLGELLI GEITLEKKVR KGIESLITEL KLMQAVLSKV SKVPADQLDE GVKIWAGNVK ELSYQMEDI VDAFMVRVGD GGESTNPKNR VKKILKKVKK LFKNGKDLHR ISAALEEVVL QAKQLAELRQ RYEQEMRDTS A NTSVDPRM ...文字列: TENLYFQSNA MEIAMGAIGS LLPKLGELLI GEITLEKKVR KGIESLITEL KLMQAVLSKV SKVPADQLDE GVKIWAGNVK ELSYQMEDI VDAFMVRVGD GGESTNPKNR VKKILKKVKK LFKNGKDLHR ISAALEEVVL QAKQLAELRQ RYEQEMRDTS A NTSVDPRM MALYTDVTEL VGIEETRDKL INMLTEGDDW SKHPLKTISI VGFGGLGKTT LAKAAYDKIK VQFDCGAFVS VS RNPEMKK VLKDILYGLD KVKYENIHNA ARDEKYLIDD IIEFLNDKRY LIVIDDIWNE KAWELIKCAF SKKSPGSRLI TTT RNVSVS EACCSSEDDI YRMEPLSNDV SRTLFCKRIF SQEEGCPQEL LKVSEEILKK CGGVPLAIIT IASLLANKGH IKAK DEWYA LLSSIGHGLT KNRSLEQMKK ILLFSYYDLP SYLKPCLLYL SIFPEDREIR RARLIWRWIS EGFVYSEKQD ISLYE LGDS YFNELVNRSM IQPIGIDDEG KVKACRVHDM VLDLICSLSS EENFVTILDD PRRKMPNSES KVRRLSIQNS KIDVDT TRM EHMRSVTVFS DNVVGKVLDI SRFKVLRVLD LEGCHVSDVG YVGNLLHLRY LGLKGTHVKD LPMEIGKLQF LLTLDLR GT KIEVLPWSVV QLRRLMCLYV DYGMKLPSGI GNLTFLEVLD DLGLSDVDLD FVKELGRLTK LRVLRLDFHG FDQSMGKA L EESISNMYKL DSLDVFVNRG LINCLSEHWV PPPRLCRLAF PSKRSWFKTL PSWINPSSLP LLSYLDITLF EVRSEDIQL LGTLPALVYL EIWNYSVFEE AHEVEAPVLS SGAALFPCAT ECRFIGIGAV PSMFPQGAAP RLKRLWFTFP AKWISSENIG LGMRHLPSL QRVVVDVISE GASREEADEA EAALRAAAED HPNRPILDIW |
-分子 #2: AvrSr35
分子 | 名称: AvrSr35 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 5 / 光学異性体: LEVO |
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由来(天然) | 生物種: Puccinia graminis f. sp. tritici (菌類) |
分子量 | 理論値: 66.105586 KDa |
組換発現 | 生物種: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) |
配列 | 文字列: HHHHHHSSGV DLGTENLYFQ SNAMRNFAAD RVHGVESVIS GSKSSSNPMA LSKSMDKPDT SDLVDSNVQA KNDGSRYEED FTAKYSEQV DHVSKILKEI EEQEPGTIII DHKAFPIQDK SPKQVVNFPF PKKMITESNS KDIREYLAST FPFEQQSTIL D SVKSIAKV ...文字列: HHHHHHSSGV DLGTENLYFQ SNAMRNFAAD RVHGVESVIS GSKSSSNPMA LSKSMDKPDT SDLVDSNVQA KNDGSRYEED FTAKYSEQV DHVSKILKEI EEQEPGTIII DHKAFPIQDK SPKQVVNFPF PKKMITESNS KDIREYLAST FPFEQQSTIL D SVKSIAKV QIDDRKAFDL QLKFRQENLA ELKDQIILSL GANNGNQNWQ KLLDYTNKLD ELSNTKISPE EFIEEIQKVL YK VKLESTS TSKLYSQFNL SIQDFALQII HSKYKSNQIS QNDLLKLITE DEMLKILAKT KVLTYKMKYF DSASKMGINK YIS TEMMDL DWQFSHYKTF NDALKKNKAS DSSYLGWLTH GYSIKYGLSP NNERSMFFQD GRKYAELYAF SKSPHRKIIP GEHL KDLLA KINKSKGIFL DQNALLDKRI YAFHELNTLE THFPGITSSF TDDLKSNYRK KMESVSLTCQ VLQEIGNIHR FIESK VPYH SSTEYGLFSI PKIFSIPIDY KHGEKENLVS YVDFLYSTAH ERILQDNSIN QLCLDPLQES LNRIKSNIPV FFNLAS HSS PIKPSNVHEG KL |
-分子 #3: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
分子 | 名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 5 / 式: ATP |
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分子量 | 理論値: 507.181 Da |
Chemical component information | ChemComp-ATP: |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
濃度 | 0.5 mg/mL |
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緩衝液 | pH: 7.5 |
グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 雰囲気: AIR |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K |
詳細 | This sample was monodisperse |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス(公称値): 1.8 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 1.2 µm |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k) 平均電子線量: 50.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
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最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD |
最終 再構成 | 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.33 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 35510 |