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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-33134 | ||||||||||||||||||||||||
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タイトル | The relaxed pre-Tet-S1 state of wild-type Tetrahymena group I intron with 6nt 3'/5'-exon | ||||||||||||||||||||||||
マップデータ | |||||||||||||||||||||||||
試料 |
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生物種 | Tetrahymena thermophila (真核生物) | ||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.05 Å | ||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Luo B / Zhang C / Ling X / Mukherjee S / Jia G / Xie J / Jia X / Liu L / Baulin EF / Luo Y ...Luo B / Zhang C / Ling X / Mukherjee S / Jia G / Xie J / Jia X / Liu L / Baulin EF / Luo Y / Jiang L / Dong H / Wei X / Bujnicki JM / Su Z | ||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, ポーランド, European Union, 7件
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引用 | ジャーナル: Nat Catal / 年: 2023 タイトル: Cryo-EM reveals dynamics of Tetrahymena group I intron self-splicing 著者: Luo B / Zhang C / Ling X / Mukherjee S / Jia G / Xie J / Jia X / Liu L / Baulin EF / Luo Y / Jiang L / Dong H / Wei X / Bujnicki JM / Su Z | ||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
添付画像 |
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-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_33134.map.gz | 28.4 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-33134-v30.xml emd-33134.xml | 15.9 KB 15.9 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | emd_33134.png | 38.9 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33134 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-33134 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_33134.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 42.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||
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ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.85 Å | ||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron wi...
全体 | 名称: Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 6nt 3'/5'-exon |
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要素 |
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-超分子 #1: Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron wi...
超分子 | 名称: Co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 6nt 3'/5'-exon タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
-分子 #1: The relaxed pre-Tet-S1 state molecule of co-transcriptional folde...
分子 | 名称: The relaxed pre-Tet-S1 state molecule of co-transcriptional folded wild-type Tetrahymena group I intron with 6nt 3'/5'-exon タイプ: rna / ID: 1 / コピー数: 1 |
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由来(天然) | 生物種: Tetrahymena thermophila (真核生物) |
分子量 | 理論値: 137.462094 KDa |
配列 | 文字列: CUCUCUAAAU AGCAAUAUUU ACCUUUGGAG GGAAAAGUUA UCAGGCAUGC ACCUGGUAGC UAGUCUUUAA ACCAAUAGAU UGCAUCGGU UUAAAAGGCA AGACCGUCAA AUUGCGGGAA AGGGGUCAAC AGCCGUUCAG UACCAAGUCU CAGGGGAAAC U UUGAGAUG ...文字列: CUCUCUAAAU AGCAAUAUUU ACCUUUGGAG GGAAAAGUUA UCAGGCAUGC ACCUGGUAGC UAGUCUUUAA ACCAAUAGAU UGCAUCGGU UUAAAAGGCA AGACCGUCAA AUUGCGGGAA AGGGGUCAAC AGCCGUUCAG UACCAAGUCU CAGGGGAAAC U UUGAGAUG GCCUUGCAAA GGGUAUGGUA AUAAGCUGAC GGACAUGGUC CUAACCACGC AGCCAAGUCC UAAGUCAACA GA UCUUCUG UUGAUAUGGA UGCAGUUCAC AGACUAAAUG UCGGUCGGGG AAGAUGUAUU CUUCUCAUAA GAUAUAGUCG GAC CUCUCC UUAAUGGGAG CUAGCGGAUG AAGUGAUGCA ACACUGGAGC CGCUGGGAAC UAAUUUGUAU GCGAAAGUAU AUUG AUUAG UUUUGGAGUA CUCGUAAGGU A |
-分子 #2: MAGNESIUM ION
分子 | 名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 2 / コピー数: 28 / 式: MG |
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分子量 | 理論値: 24.305 Da |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.9 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR / 前処理 - 気圧: 0.36 kPa |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277.15 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | C2レンズ絞り径: 50.0 µm / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 2.5 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.6 µm / 倍率(公称値): 165000 |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - 名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
温度 | 最低: 79.3 K |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) 検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 3838 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 3710 pixel / デジタル化 - 画像ごとのフレーム数: 1-30 / 平均電子線量: 61.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
粒子像選択 | 選択した数: 1643322 |
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初期モデル | モデルのタイプ: EMDB MAP EMDB ID: |
初期 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 3次元分類 | クラス数: 6 / 平均メンバー数/クラス: 39116 / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 角度割当 | タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) |
最終 再構成 | 使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / アルゴリズム: FOURIER SPACE / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.05 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 44326 |