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万見
- EMDB-3185: Structure of the in vitro assembled bacteriophage phi6 polymerase... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3185
タイトルStructure of the in vitro assembled bacteriophage phi6 polymerase complex
マップデータIcosahedral reconstruction of in vitro assembled bacteriophage phi6 polymerase complex
試料
  • 試料: Bacteriophage phi6 polymerase complex assembled in vitro from purified proteins P1, P2, and P4
  • タンパク質・ペプチド: P1 protein from bacteriophage phi6
  • タンパク質・ペプチド: P2 protein from bacteriophage phi6
  • タンパク質・ペプチド: P4 protein from bacteriophage phi6
キーワードBacteriophage phi6 / polymerase complex (ポリメラーゼ)
機能・相同性
機能・相同性情報


T=2 icosahedral viral capsid / RNA uridylyltransferase activity / viral procapsid / viral genome packaging / viral inner capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / virion component / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral nucleocapsid ...T=2 icosahedral viral capsid / RNA uridylyltransferase activity / viral procapsid / viral genome packaging / viral inner capsid / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / virion component / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / viral nucleocapsid / RNA依存性RNAポリメラーゼ / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / RNA binding / ATP binding / identical protein binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Major inner capsid protein P1 / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase, N-terminal / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase / Packaging enzyme P4 / ATPase P4 of dsRNA bacteriophage phi-12 / RNA-directed RNA polymerase, bacteriophage, catalytic domain / RdRp of RNA-containing bacteriophages catalytic domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase ...: / Major inner capsid protein P1 / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase, N-terminal / Cystovirus, RNA-directed RNA polymerase / Packaging enzyme P4 / ATPase P4 of dsRNA bacteriophage phi-12 / RNA-directed RNA polymerase, bacteriophage, catalytic domain / RdRp of RNA-containing bacteriophages catalytic domain profile. / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA依存性RNAポリメラーゼ / Packaging enzyme P4 / Major inner protein P1
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas phage phi6 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å
データ登録者Ilca S / Kotecha A / Sun X / Poranen MP / Stuart DI / Huiskonen JT
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Localized reconstruction of subunits from electron cryomicroscopy images of macromolecular complexes.
著者: Serban L Ilca / Abhay Kotecha / Xiaoyu Sun / Minna M Poranen / David I Stuart / Juha T Huiskonen /
要旨: Electron cryomicroscopy can yield near-atomic resolution structures of highly ordered macromolecular complexes. Often however some subunits bind in a flexible manner, have different symmetry from the ...Electron cryomicroscopy can yield near-atomic resolution structures of highly ordered macromolecular complexes. Often however some subunits bind in a flexible manner, have different symmetry from the rest of the complex, or are present in sub-stoichiometric amounts, limiting the attainable resolution. Here we report a general method for the localized three-dimensional reconstruction of such subunits. After determining the particle orientations, local areas corresponding to the subunits can be extracted and treated as single particles. We demonstrate the method using three examples including a flexible assembly and complexes harbouring subunits with either partial occupancy or mismatched symmetry. Most notably, the method allows accurate fitting of the monomeric RNA-dependent RNA polymerase bound at the threefold axis of symmetry inside a viral capsid, revealing for the first time its exact orientation and interactions with the capsid proteins. Localized reconstruction is expected to provide novel biological insights in a range of challenging biological systems.
履歴
登録2015年10月3日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年10月28日-
マップ公開2015年11月4日-
更新2015年11月25日-
現状2015年11月25日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-5fj5
  • 表面レベル: 0.02
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-5fj5
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3185.tiff

emd_3185.tiff

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3185.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 412 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Icosahedral reconstruction of in vitro assembled bacteriophage phi6 polymerase complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.35 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.02 / ムービー #1: 0.02
最小 - 最大-0.04862845 - 0.05562008
平均 (標準偏差)-0.0000143 (±0.00450121)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ480480480
Spacing480480480
セルA=B=C: 648.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.351.351.35
M x/y/z480480480
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z648.000648.000648.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS480480480
D min/max/mean-0.0490.056-0.000

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添付データ

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セグメンテーションマップ: Mask used for FSC

注釈Mask used for FSC
ファイルemd_3185_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bacteriophage phi6 polymerase complex assembled in vitro from pur...

全体名称: Bacteriophage phi6 polymerase complex assembled in vitro from purified proteins P1, P2, and P4
要素
  • 試料: Bacteriophage phi6 polymerase complex assembled in vitro from purified proteins P1, P2, and P4
  • タンパク質・ペプチド: P1 protein from bacteriophage phi6
  • タンパク質・ペプチド: P2 protein from bacteriophage phi6
  • タンパク質・ペプチド: P4 protein from bacteriophage phi6

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超分子 #1000: Bacteriophage phi6 polymerase complex assembled in vitro from pur...

超分子名称: Bacteriophage phi6 polymerase complex assembled in vitro from purified proteins P1, P2, and P4
タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: Icosahedral assembly with 120 copies of P1 / Number unique components: 3

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分子 #1: P1 protein from bacteriophage phi6

分子名称: P1 protein from bacteriophage phi6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 120
集合状態: 60 asymmetric dimers from an icosahedral shell
組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage phi6 (ファージ)
分子量理論値: 85 KDa
組換発現生物種: Pseudomonas syringae (シュードモナス・シリンガエ)
組換株: pathovar phaseolicola / 組換プラスミド: pLM358
配列UniProtKB: Major inner protein P1

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分子 #2: P2 protein from bacteriophage phi6

分子名称: P2 protein from bacteriophage phi6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 集合状態: monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage phi6 (ファージ) / 別称: bacteriophage phi6
分子量理論値: 75 KDa
組換発現生物種: Pseudomonas syringae (シュードモナス・シリンガエ)
組換株: pathovar phaseolicola / 組換プラスミド: pLM358
配列UniProtKB: RNA依存性RNAポリメラーゼ

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分子 #3: P4 protein from bacteriophage phi6

分子名称: P4 protein from bacteriophage phi6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / 集合状態: hexamer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Pseudomonas phage phi6 (ファージ) / 別称: bacteriophage phi6
分子量理論値: 35 KDa
組換発現生物種: Pseudomonas syringae (シュードモナス・シリンガエ)
組換株: pathovar phaseolicola / 組換プラスミド: pLM358
配列UniProtKB: Packaging enzyme P4

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度2.4 mg/mL
緩衝液pH: 8 / 詳細: 50 mM Tris
グリッド詳細: glow discharged Cflat grid (CF-2/1-2C-T)
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 手法: Blot 4 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI POLARA 300
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 37037 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.1 µm / 倍率（公称値）: 160000
特殊光学系エネルギーフィルター - 名称: GIF QUANTUM LS
エネルギーフィルター - エネルギー下限: 0.0 eV
エネルギーフィルター - エネルギー上限: 20.0 eV
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER
温度最低: 81 K / 最高: 120 K / 平均: 81 K
詳細dose rate 6-8 e-/pix/s
日付2014年6月12日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm / 実像数: 834 / 平均電子線量: 16 e/Å2
詳細: Every image is the average of 22 frames recorded by the direct electron detector
ビット/ピクセル: 16
実験機器
モデル: Tecnai Polara / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion
詳細: Final map was postprocessed in Relion. Inverse B-factor of 200 was applied.
使用した粒子像数: 4379
詳細Particles were selected from the best classes after 2D and 3D classification
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

4k7h


Chain - #0 - Chain ID: A / Chain - #1 - Chain ID: B
ソフトウェア名称: Chimera, COOT, Phenix
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-5fj5:
Structure of the in vitro assembled bacteriophage phi6 polymerase complex

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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