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万見
- EMDB-3047: 40S-eIF1A-eIF1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-3047
タイトル40S-eIF1A-eIF1 complex
マップデータTo see a continuous density for the eIF1 and eIF1A initiation factors, apply a Gaussian filtering of 1.05 and a contour level of 0.03
試料
  • 試料: 40S-eIF1-eIF1A preinitiation complex
  • 複合体: Ribosome small subunitリボソーム
  • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic initiation factor 1真核生物の翻訳開始因子
  • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic initiation factor 1A
キーワードEukaryotic translation initiation / 48S / small ribosome subunit.
機能・相同性
機能・相同性情報


formation of translation initiation ternary complex / translation reinitiation / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / formation of translation preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition ...formation of translation initiation ternary complex / translation reinitiation / multi-eIF complex / eukaryotic 43S preinitiation complex / formation of cytoplasmic translation initiation complex / formation of translation preinitiation complex / eukaryotic 48S preinitiation complex / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Translation initiation complex formation / Ribosomal scanning and start codon recognition / Formation of a pool of free 40S subunits / ribosomal small subunit binding / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / translation regulator activity / regulation of translational fidelity / translation initiation factor binding / translational initiation / translation initiation factor activity / cytosolic ribosome / maintenance of translational fidelity / ribosomal small subunit assembly / rRNA processing / cytoplasmic stress granule / cytosolic small ribosomal subunit / ribosome binding / double-stranded RNA binding / cytoplasmic translation / small ribosomal subunit / cytosolic large ribosomal subunit / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / ribonucleoprotein complex / 翻訳 (生物学) / protein kinase binding / RNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Eukaryotic translation initiation factor SUI1 / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / SUI1 domain / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / RNA-binding domain, S1, IF1 type ...Eukaryotic translation initiation factor SUI1 / SUI1 domain superfamily / Translation initiation factor SUI1 / Translation initiation factor SUI1 family profile. / SUI1 domain / Translation initiation factor 1A (eIF-1A), conserved site / Eukaryotic initiation factor 1A signature. / eukaryotic translation initiation factor 1A / Translation initiation factor 1A (eIF-1A) / RNA-binding domain, S1, IF1 type / Translation initiation factor 1A / IF-1 / S1 domain IF1 type profile. / : / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein L41 / Ribosomal protein S12e / : / Small (40S) ribosomal subunit Asc1/RACK1 / Ribosomal protein S21e, conserved site / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S26e superfamily / Ribosomal protein S19e, conserved site / S27a-like superfamily / Ribosomal protein S26e / Ribosomal protein S10, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S25 / Ribosomal protein S26e signature. / Ribosomal protein S17e, conserved site / : / Ribosomal protein S2, eukaryotic / Ribosomal protein S30 / 40S ribosomal protein S29/30S ribosomal protein S14 type Z / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S21e superfamily / Ribosomal protein S21e / Ribosomal protein S3, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e subdomain, eukaryotes / S25 ribosomal protein / Ribosomal protein S19A/S15e / Ribosomal protein S21e signature. / Ribosomal protein S30 / Ribosomal protein S3Ae, conserved site / Ribosomal protein S12e signature. / Ribosomal protein S17e / Ribosomal protein S17e-like superfamily / Ribosomal protein S27a / Ribosomal protein S2, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S19e / Ribosomal_S19e / Ribosomal protein S5, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S8e, conserved site / 40S ribosomal protein S11, N-terminal / 40S ribosomal protein S1/3, eukaryotes / Ribosomal protein S6, eukaryotic / Ribosomal protein S7e / 40S ribosomal protein S4, C-terminal domain / Ribosomal protein S4e, N-terminal, conserved site / Ribosomal S17 / Ribosomal protein S19e signature. / Ribosomal protein S19e / Ribosomal protein S27, zinc-binding domain superfamily / 40S Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S17, archaeal/eukaryotic / Ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S28e conserved site / Ribosomal protein S6/S6e/A/B/2, conserved site / Ribosomal protein S28e / 40S ribosomal protein S4 C-terminus / Ribosomal protein S4e, N-terminal / Ribosomal protein S23, eukaryotic/archaeal / Ribosomal_S17 N-terminal / Plectin/S10, N-terminal / Ribosomal protein S3Ae / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S7e / Plectin/S10 domain / Ribosomal protein S8e / Ribosomal protein S4, KOW domain / Ribosomal protein S5/S7, eukaryotic/archaeal / Ribosomal protein S4e / Ribosomal protein S4e, central region / Ribosomal protein S4e, central domain superfamily / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S13/S15, N-terminal / Ribosomal protein S15P / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S4/S9, eukaryotic/archaeal / RS4NT (NUC023) domain / Ribosomal protein S27 / Ribosomal S3Ae family / Ribosomal protein S17e signature. / Ribosomal protein S28e / Ribosomal family S4e / Ribosomal S13/S15 N-terminal domain / Ribosomal protein S7e signature. / Ribosomal protein S6e / Ribosomal protein S3Ae signature.
類似検索 - ドメイン・相同性
KLLA0B11231p / Small ribosomal subunit protein eS32A / Small ribosomal subunit protein uS11 / Eukaryotic translation initiation factor eIF-1 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Eukaryotic translation initiation factor 1A / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / KLLA0F25542p / KLLA0F18040p / KLLA0F09812p ...KLLA0B11231p / Small ribosomal subunit protein eS32A / Small ribosomal subunit protein uS11 / Eukaryotic translation initiation factor eIF-1 / Small ribosomal subunit protein eS28 / Eukaryotic translation initiation factor 1A / Ubiquitin-ribosomal protein eS31 fusion protein / KLLA0F25542p / KLLA0F18040p / KLLA0F09812p / KLLA0F07843p / 40S ribosomal protein S12 / Small ribosomal subunit protein eS6 / KLLA0E23673p / 40S ribosomal protein S8 / Small ribosomal subunit protein uS2 / KLLA0E12277p / 40S ribosomal protein S27 / Small ribosomal subunit protein uS14 / KLLA0D10659p / 40S ribosomal protein S3 / 40S ribosomal protein S26 / 40S ribosomal protein S7 / 40S ribosomal protein S24 / 40S ribosomal protein S30 / KLLA0B08173p / Small ribosomal subunit protein uS8 / 40S ribosomal protein S25 / Small ribosomal subunit protein eS1 / 40S ribosomal protein S4 / KLLA0B01562p / KLLA0B01474p / KLLA0A10483p / KLLA0A07194p / Small ribosomal subunit protein eS21 / Small ribosomal subunit protein uS9
類似検索 - 構成要素
生物種Kluyveromyces lactis (酵母) / Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Llacer JL / Hussain T / Ramakrishnan V
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2015
タイトル: Conformational Differences between Open and Closed States of the Eukaryotic Translation Initiation Complex.
著者: Jose L Llácer / Tanweer Hussain / Laura Marler / Colin Echeverría Aitken / Anil Thakur / Jon R Lorsch / Alan G Hinnebusch / V Ramakrishnan /
要旨: Translation initiation in eukaryotes begins with the formation of a pre-initiation complex (PIC) containing the 40S ribosomal subunit, eIF1, eIF1A, eIF3, ternary complex (eIF2-GTP-Met-tRNAi), and ...Translation initiation in eukaryotes begins with the formation of a pre-initiation complex (PIC) containing the 40S ribosomal subunit, eIF1, eIF1A, eIF3, ternary complex (eIF2-GTP-Met-tRNAi), and eIF5. The PIC, in an open conformation, attaches to the 5' end of the mRNA and scans to locate the start codon, whereupon it closes to arrest scanning. We present single particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) reconstructions of 48S PICs from yeast in these open and closed states, at 6.0 Å and 4.9 Å, respectively. These reconstructions show eIF2β as well as a configuration of eIF3 that appears to encircle the 40S, occupying part of the subunit interface. Comparison of the complexes reveals a large conformational change in the 40S head from an open mRNA latch conformation to a closed one that constricts the mRNA entry channel and narrows the P site to enclose tRNAi, thus elucidating key events in start codon recognition.
履歴
登録2015年6月15日-
ヘッダ(付随情報) 公開2015年7月15日-
マップ公開2015年8月5日-
更新2015年8月19日-
現状2015年8月19日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.13
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（高さに従い着色）
  • 表面レベル: 0.13
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-3jam
  • 表面レベル: 0.13
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

EMD-3047.png

emd_3047.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_3047.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 100.6 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈To see a continuous density for the eIF1 and eIF1A initiation factors, apply a Gaussian filtering of 1.05 and a contour level of 0.03
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.1 / ムービー #1: 0.13
最小 - 最大-0.60495949 - 1.0164187
平均 (標準偏差)0.00009323 (±0.04096631)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ300300300
Spacing300300300
セルA=B=C: 402.0 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.341.341.34
M x/y/z300300300
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z402.000402.000402.000
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS300300300
D min/max/mean-0.6051.0160.000

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添付データ

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添付マップデータ: 40S-1-1A half1 class001 unfil.map

ファイル40S-1-1A_half1_class001_unfil.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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添付マップデータ: 40S-1-1A half2 class001 unfil.map

ファイル40S-1-1A_half2_class001_unfil.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : 40S-eIF1-eIF1A preinitiation complex

全体名称: 40S-eIF1-eIF1A preinitiation complex
要素
  • 試料: 40S-eIF1-eIF1A preinitiation complex
  • 複合体: Ribosome small subunitリボソーム
  • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic initiation factor 1真核生物の翻訳開始因子
  • タンパク質・ペプチド: Eukaryotic initiation factor 1A

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超分子 #1000: 40S-eIF1-eIF1A preinitiation complex

超分子名称: 40S-eIF1-eIF1A preinitiation complex / タイプ: sample / ID: 1000 / 集合状態: 1 / Number unique components: 3
分子量理論値: 1.23 MDa

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超分子 #1: Ribosome small subunit

超分子名称: Ribosome small subunit / タイプ: complex / ID: 1 / Name.synonym: 40S / 組換発現: No / Ribosome-details: ribosome-eukaryote: SSU 40S, SSU RNA 18S
由来(天然)生物種: Kluyveromyces lactis (酵母)
分子量理論値: 1.2 MDa

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分子 #1: Eukaryotic initiation factor 1

分子名称: Eukaryotic initiation factor 1 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: eIF1 / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: Baker's yeast
分子量理論値: 12.3 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Rosetta / 組換プラスミド: pTYB2
配列UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor eIF-1

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分子 #2: Eukaryotic initiation factor 1A

分子名称: Eukaryotic initiation factor 1A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / Name.synonym: eIF1A / コピー数: 1 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 別称: baker's yeast
分子量理論値: 17.4 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 組換株: Rosetta / 組換プラスミド: pTYB2
配列UniProtKB: Eukaryotic translation initiation factor 1A

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.17 mg/mL
緩衝液pH: 6.5
詳細: 20mM MES-KOH, 40mM K-acetate, 10mM NH4-acetate, 8mM Mg-acetate, 2mM DTT
グリッド詳細: Quantifoil R2/2 400 mesh copper grids with 4-5 nm thin carbon on top
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 120 K / 装置: FEI VITROBOT MARK I / Timed resolved state: 30 second incubation time / 手法: Blot for 2.5 or 3 seconds before plunging

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系倍率（補正後）: 104478 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 4.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 78000
試料ステージ試料ホルダーモデル: GATAN LIQUID NITROGEN
アライメント法Legacy - 非点収差: Objective lens astigmatism was corrected at 78,000 times magnification
詳細Complete dataset was collected in 2 non-consecutive days
日付2014年4月28日
撮影カテゴリ: CCD
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
実像数: 2056 / 平均電子線量: 27 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Relion / 使用した粒子像数: 86055
詳細Particles were automatically picked with the autopicking tool of Relion
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

3j80


Chain - Chain ID: 2
ソフトウェア名称: Chimera, Coot, Refmac
精密化空間: RECIPROCAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT / 温度因子: 89 / 当てはまり具合の基準: R-factor, FSC
得られたモデル

PDB-3jam:
CryoEM structure of 40S-eIF1A-eIF1 complex from yeast

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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