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万見
- EMDB-26543: Mediator-PIC Early (Tail A) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-26543
タイトルMediator-PIC Early (Tail A)
マップデータMed-PIC Tail A - Unsharpened
試料
  • 複合体: Mediator-PIC Early
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16
機能・相同性
機能・相同性情報


TFIIE-class transcription factor complex binding / regulation of establishment of protein localization to chromosome / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / TFIIH-class transcription factor complex binding / core mediator complex / mediator complex / TFIIB-class transcription factor binding / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly ...TFIIE-class transcription factor complex binding / regulation of establishment of protein localization to chromosome / positive regulation of invasive growth in response to glucose limitation / TFIIH-class transcription factor complex binding / core mediator complex / mediator complex / TFIIB-class transcription factor binding / positive regulation of transcription initiation by RNA polymerase II / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / RNA polymerase II preinitiation complex assembly / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / transcription coregulator activity / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / transcription coactivator activity / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ミトコンドリア / 細胞核 / 細胞質基質
類似検索 - 分子機能
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 3 / Mediator complex, subunit Med2, fungi / Mediator complex subunit 2 / Mediator complex subunit 3 fungal / Mediator complex, subunit Med5, fungi / Mediator complex subunit Med5 / Mediator complex, subunit Med15, fungi / Gal11, coactivator domain / Mediator complex subunit 15, KIX domain / Mediator complex subunit 15 ...Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 3 / Mediator complex, subunit Med2, fungi / Mediator complex subunit 2 / Mediator complex subunit 3 fungal / Mediator complex, subunit Med5, fungi / Mediator complex subunit Med5 / Mediator complex, subunit Med15, fungi / Gal11, coactivator domain / Mediator complex subunit 15, KIX domain / Mediator complex subunit 15 / KIX domain / Gal11 activator-binding domain (ABD1) / : / : / Mediator complex subunit 16, C-terminal / Mediator complex, subunit Med16 / Mediator complex subunit 16, N-terminal / Mediator complex, subunit Med14 / Mediator complex subunit MED14 / Coactivator CBP, KIX domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 3 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 5 / Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å
データ登録者Gorbea Colon JJ / Chen S-F / Tsai KL / Murakami K
資金援助 米国, 1件
OrganizationGrant number国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM123233-01 米国
引用ジャーナル: Mol Cell / 年: 2023
タイトル: Structural basis of a transcription pre-initiation complex on a divergent promoter.
著者: Jose J Gorbea Colón / Leon Palao / Shin-Fu Chen / Hee Jong Kim / Laura Snyder / Yi-Wei Chang / Kuang-Lei Tsai / Kenji Murakami /
要旨: Most eukaryotic promoter regions are divergently transcribed. As the RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC) is intrinsically asymmetric and responsible for transcription in a single ...Most eukaryotic promoter regions are divergently transcribed. As the RNA polymerase II pre-initiation complex (PIC) is intrinsically asymmetric and responsible for transcription in a single direction, it is unknown how divergent transcription arises. Here, the Saccharomyces cerevisiae Mediator complexed with a PIC (Med-PIC) was assembled on a divergent promoter and analyzed by cryoelectron microscopy. The structure reveals two distinct Med-PICs forming a dimer through the Mediator tail module, induced by a homodimeric activator protein localized near the dimerization interface. The tail dimer is associated with ∼80-bp upstream DNA, such that two flanking core promoter regions are positioned and oriented in a suitable form for PIC assembly in opposite directions. Also, cryoelectron tomography visualized the progress of the PIC assembly on the two core promoter regions, providing direct evidence for the role of the Med-PIC dimer in divergent transcription.
履歴
登録2022年3月29日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年2月15日-
マップ公開2023年2月15日-
更新2023年3月8日-
現状2023年3月8日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_26543.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_26543.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 83.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Med-PIC Tail A - Unsharpened
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
1.38 Å/pix.
x 280 pix.
= 386.4 Å		1.38 Å/pix.
x 280 pix.
= 386.4 Å		1.38 Å/pix.
x 280 pix.
= 386.4 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.38 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.02
最小 - 最大-0.022876464 - 0.057277236
平均 (標準偏差)-0.00016899385 (±0.0019421249)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ280280280
Spacing280280280
セルA=B=C: 386.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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マスク #1

ファイルemd_26543_msk_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Med-PIC Tail A - Sharpened (Relion)

ファイルemd_26543_additional_1.map
注釈Med-PIC Tail A - Sharpened (Relion)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Med-PIC Tail A - Sharpened (DeepEMhancer)

ファイルemd_26543_additional_2.map
注釈Med-PIC Tail A - Sharpened (DeepEMhancer)
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: Med-PIC Tail A - Half 2

ファイルemd_26543_half_map_1.map
注釈Med-PIC Tail A - Half 2
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
ハーフマップ: Med-PIC Tail A - Half 1

ファイルemd_26543_half_map_2.map
注釈Med-PIC Tail A - Half 1
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Mediator-PIC Early

全体名称: Mediator-PIC Early
要素
  • 複合体: Mediator-PIC Early
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 2
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 3
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 5
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15
    • タンパク質・ペプチド: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16

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超分子 #1: Mediator-PIC Early

超分子名称: Mediator-PIC Early / タイプ: complex / ID: 1 / キメラ: Yes / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

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分子 #1: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 2

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 2
タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 47.75427 KDa
配列文字列: MVVQNSPVSS VHTANFSERG SNTRTMTYKN KLTVCFDDIL KVGAEMMMQQ QLKNVQLDSY LVNGFSQSQQ KLLKEKVKLF HGILDDLET SLSQSSSYLE TLTALGKEKE KEREEAEKKR AEQENMRKVR EQEELKKRQE LEEASQQQQL QQNSKEKNGL G LNFSTTAP ...文字列:
MVVQNSPVSS VHTANFSERG SNTRTMTYKN KLTVCFDDIL KVGAEMMMQQ QLKNVQLDSY LVNGFSQSQQ KLLKEKVKLF HGILDDLET SLSQSSSYLE TLTALGKEKE KEREEAEKKR AEQENMRKVR EQEELKKRQE LEEASQQQQL QQNSKEKNGL G LNFSTTAP ANTTDANGSK ENYQELGSLQ SSSQTQLENA NAANNGAAFS PLTTTRIQSQ QAQPSDVMFN DLNSMDISMF SG LDSTGFD STAFNATVDE TKGFDDNDSG NNYNDINISS IENNINNNIN STKNGKDNNN ESNKNNNGDE KNKNNNEDNE NNN NSSEKN NNNNNNNNNN NDDNGNNNNN NSGNDNNNTT NNDSNNKNNS ITTGNDNENI VNNDLPTTVV SNPGDNPPPA DNGE EYLTL NDFNDLNIDW STTGDNGELD LSGFNI

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分子 #2: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 3

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 3
タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 43.116039 KDa
配列文字列: MDSIIPAGVK LDDLQVILAK NENETRDKVC KQINEARDEI LPLRLQFNEF IQIMANIDQE GSKQADRMAK YLHIRDKILQ LNDRFQTLS SHLEALQPLF STVPEYLKTA DNRDRSFQLL EPLSTYNKNG NAVCSTATVV STNHSAAAST PTTTATPHAN P ITHAHSLS ...文字列:
MDSIIPAGVK LDDLQVILAK NENETRDKVC KQINEARDEI LPLRLQFNEF IQIMANIDQE GSKQADRMAK YLHIRDKILQ LNDRFQTLS SHLEALQPLF STVPEYLKTA DNRDRSFQLL EPLSTYNKNG NAVCSTATVV STNHSAAAST PTTTATPHAN P ITHAHSLS NPNSTATMQH NPLAGKRGPK SGSTMGTPTV HNSTAAAPIA APKKPRKPRQ TKKAKAQAQA QAQAQAQVYA QQ STVQTPI TASMAAALPN PTPSMINSVS PTNVMGTPLT NMMSPMGNAY SMGAQNQGGQ VSMSQFNGSG NGSNPNTNTN SNN TPLQSQ LNLNNLTPAN ILNMSMNNDF QQQQQQQQQQ QQPQPQYNMN MGMNNMNNGG KELDSLDLNN LELGGLNMDF L

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分子 #3: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 5

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 5
タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 128.91875 KDa
配列文字列: MEKESVYNLA LKCAERQLTS MEFSNLYKEF FNEKFPSLIQ EEEEDTTTTA NINEVKKASD LVDTPSNNTA ATADTTHLHE ALDIVCSDF VKILNLEKPL ILADYIVEVL LVNYNSDMIK CFLPKLNSVR NSLLLAHFFS KSCSFFAKLS DTLIIDQVRK D LGNVIVPN ...文字列:
MEKESVYNLA LKCAERQLTS MEFSNLYKEF FNEKFPSLIQ EEEEDTTTTA NINEVKKASD LVDTPSNNTA ATADTTHLHE ALDIVCSDF VKILNLEKPL ILADYIVEVL LVNYNSDMIK CFLPKLNSVR NSLLLAHFFS KSCSFFAKLS DTLIIDQVRK D LGNVIVPN ILSLDMNSMN KELIAIVSKL LQTTLKLSPS PILLTSAGCK NGSFTLLNQL SQTNKLLFKR VSQTFEAKLH FK DTKPFLN KDSTNEFVGS PSLTSPQYIP SPLSSTKPPG SVNSAAKYKD MKLLRYYKNI WLNNKIINWE ISNPDFLSKY SAI TSSIFQ ESFNSVQNLD QLLTDLIETS FTCFAQFVSN KQYHQANSNL TLLERKWVIF ITKHLPLLIL ENSSRSPRVV TNAL DNIDE KVVKAIRIYF TEKDDNKTNN EDLFDDYPST SLDIRHDFIK GLIMLNLQPA SVINNYLRED QMIDTSILPT RDDLF VRNL QGIQEVVHNT NSFIISSLDT LELESITESI THDSSNGLFQ VLHNFESVAP TKQREIVKAF LSIFEDAIKE LNYNRI AKI CALLFFNFSH SLTTILSFSS PAALMKTLIK FVDLSRNGRN GSNGNDESSE YETINISLSF SWAILLIINL TQTYGIS VV DVALKYPELS IKNSFIINFI SNLPNVSDKY YLEESNVNDS DMLTKSHNTV QSWLCDLFVN GSITDQLIQN IETRQLAN L IPFIVKQVLL SVEIGVLTDI SSLIGGFEYF LQPLLLVGLI KTFYWLEQFL SCVKNDTISE DILQGIFNLL NTLFNPVTL NEDSKAFHTA VLRLNAIPLL KVLRKFRVQS QSNYGIYSSD AQGDPNLEPL IAKLVAVLNV SPVYDVDPRI INSENDYSRK QLGYGKFLI LNENPINKIM TNQINSFWSL HSSTYYNLDY LFELIELVTP KSFLFDVLKT LEYKLATYGV PGSENKRGSL D SEHVFDYF FYFLVLYDVK TAEEASQLIE YMENDAKKSK GDVDIKGEDL HEKNDSAEVR QETQPKAEAT QDDDFDMLFG EN DTSTQAY EEEEENEDND GNNRTNNVPM IKAEETPSKT NKISILKRHS FAVLLHERKL LNDLALENGE ITKTENEKFI SYH DKYLCM LKTCVF

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分子 #4: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 14
タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 123.500695 KDa
配列文字列: MTTTIGSPQM LANEERLSNE MHALKNRSEQ NGQEQQGPVK NTQLHGPSAT DPETTATQKE SLEMVPKDTS AATMTSAPPP ALPHVEINQ VSLALVIRNL TVFTMKELAQ YMKTNVHTQA NEPNSAKKIR FLQLIIFLRT QFLKLYVLVK WTRTIKQNNF H VLIDLLNW ...文字列:
MTTTIGSPQM LANEERLSNE MHALKNRSEQ NGQEQQGPVK NTQLHGPSAT DPETTATQKE SLEMVPKDTS AATMTSAPPP ALPHVEINQ VSLALVIRNL TVFTMKELAQ YMKTNVHTQA NEPNSAKKIR FLQLIIFLRT QFLKLYVLVK WTRTIKQNNF H VLIDLLNW FRTTNMNVNN CIWALKSSLN SMTNAKLPNV DLVTALEVLS LGRPNLPTHN FKLSGVSNSM DMVDGMAKVP IG LILQRLK DLNLTVSIKI ALMNIPKPLN SYHIKNGRIY FTVPNEFEIQ LSTVNRQSPL FFVDLKLLFN TEAEQTVSAV TEA TSTNGD SENNEENSSS NGNNLPLNKP RLEKLINEIL LKSNDPLLSL YNFLHKYVLT LQLYMVHREF LKLANGGKFS KSNL IHNYD SKKSTITVRY WLNGKMDSKG KITIGIQRTT ESLILKWDNQ SASRAKNMPV IYNNIVSNIE GILDEIMFNH ARIIR SELL ARDIFQEDEE NSDVLLFQLP TTCVSMAPIQ LKIDLLSGQF YFRNPTPLLS NYASKINRAE GPEELARILQ QLKLDK IIH VLTTMFENTG WSCSRIIKID KPIRTQVNTG GESVVKKEDN KYAIAGNSTT NSDVSLLLQR DLFIRLPHWP LNWYLIL SI ISSKTSCVVE KRIGKIVSQR GKWNLKYLDN SNVMTVKLES ITYQKIMILQ RTILNRIINH MLIDSLNQLE IRNKICSS E MINEQKLPQY IIQGSNTNDN ISIITLELES FLEGSKALNS ILESSMFLRI DYSNSQIRLY AKFKRNTMMI QCQIDKLYI HFVQEEPLAF YLEESFTNLG IIVQYLTKFR QKLMQLVVLT DVVERLHKNF ESENFKIIAL QPNEISFKYL SNNDEDDKDC TIKISTNDD SIKNLTVQLS PSNPQHIIQP FLDNSKMDYH FIFSYLQFTS SLFKALKVIL NERGGKFHES GSQYSTMVNI G LHNLNEYQ IVYYNPQAGT KITICIELKT VLHNGRDKIQ FHIHFADVAH ITTKSPAYPM MHQVRNQVFM LDTKRLGTPE SV KPANASH AIRLGNGVAC DPSEIEPILM EIHNILKVDS NSSSS

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分子 #5: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 15
タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 120.432242 KDa
配列文字列: MSAAPVQDKD TLSNAERAKN VNGLLQVLMD INTLNGGSSD TADKIRIHAK NFEAALFAKS SSKKEYMDSM NEKVAVMRNT YNTRKNAVT AAAANNNIKP VEQHHINNLK NSGNSANNMN VNMNLNPQMF LNQQAQARQQ VAQQLRNQQQ QQQQQQQQQR R QLTPQQQQ ...文字列:
MSAAPVQDKD TLSNAERAKN VNGLLQVLMD INTLNGGSSD TADKIRIHAK NFEAALFAKS SSKKEYMDSM NEKVAVMRNT YNTRKNAVT AAAANNNIKP VEQHHINNLK NSGNSANNMN VNMNLNPQMF LNQQAQARQQ VAQQLRNQQQ QQQQQQQQQR R QLTPQQQQ LVNQMKVAPI PKQLLQRIPN IPPNINTWQQ VTALAQQKLL TPQDMEAAKE VYKIHQQLLF KARLQQQQAQ AQ AQANNNN NGLPQNGNIN NNINIPQQQQ MQPPNSSANN NPLQQQSSQN TVPNVLNQIN QIFSPEEQRS LLQEAIETCK NFE KTQLGS TMTEPVKQSF IRKYINQKAL RKIQALRDVK NNNNANNNGS NLQRAQNVPM NIIQQQQQQN TNNNDTIATS ATPN AAAFS QQQNASSKLY QMQQQQQAQA QAQAQAQAQA QAQAQAQAAQ AAQAQAQAQA QAQAQAQAQA QAQAQAQAQA QAQAQ AHAQ HQPSQQPQQA QQQPNPLHGL TPTAKDVEVI KQLSLDASKT NLRLTDVTNS LSNEEKEKIK MKLKQGQKLF VQVSNF APQ VYIITKNENF LKEVFQLRIF VKEILEKCAE GIFVVKLDTV DRLIIKYQKY WESMRIQILR RQAILRQQQQ MANNNGN PG TTSTGNNNNI ATQQNMQQSL QQMQHLQQLK MQQQQQQQQQ QQQQQQQQQQ QQQQHIYPSS TPGVANYSAM ANAPGNNI P YMNHKNTSSM DFLNSMENTP KVPVSAAATP SLNKTINGKV NGRTKSNTIP VTSIPSTNKK LSISNAASQQ PTPRSASNT AKSTPNTNPS PLKTQTKNGT PNPNNMKTVQ SPMGAQPSYN SAIIENAFRK EELLLKDLEI RKLEISSRFK HRQEIFKDSP MDLFMSTLG DCLGIKDEEM LTSCTIPKAV VDHINGSGKR KPTKAAQRAR DQDSIDISIK DNKLVMKSKF NKSNRSYSIA L SNVAAIFK GIGGNFKDLS TLVHSSSPST SSNMDVGNPR KRKASVLEIS PQDSIASVLS PDSNIMSDSK KIKVDSPDDP FM TKSGATT SEKQEVTNEA PFLTSGTSSE QFNVWDWNNW TSAT

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分子 #6: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16

分子名称: Mediator of RNA polymerase II transcription subunit 16
タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Saccharomyces cerevisiae S288C (パン酵母) / 株: ATCC 204508 / S288c
分子量理論値: 111.423422 KDa
配列文字列: MMLGEHLMSW SKTGIIAYSD SQSSNANICL TFLESINGIN WRFHTPQKYV LHPQLHEVQY QESSSTLSTH STTTSVNGST TAGVGSTPN FGGNSNKSPP QFFYNISSIH WNNWFSLPGD MLAVCDELGN MTMLITGQRP DRATTYEKLT MVFQDNVYKI Y NHVMPLKP ...文字列:
MMLGEHLMSW SKTGIIAYSD SQSSNANICL TFLESINGIN WRFHTPQKYV LHPQLHEVQY QESSSTLSTH STTTSVNGST TAGVGSTPN FGGNSNKSPP QFFYNISSIH WNNWFSLPGD MLAVCDELGN MTMLITGQRP DRATTYEKLT MVFQDNVYKI Y NHVMPLKP VDKLKPMNIE RKQTRKEYNT SILEFRWLTS SKSVIVSQFC AFDSSSNTYR SRAQQVPPYG VYHPPFIKYA CL AIRKNGQ IDFWYQFSNS KDHKKITLQL LDTSNQRFKD LQWLEFARIT PMNDDQCMLI TTYSKLSKNI SFYKLHVNWN LNA TKPNVL NDPSLKIQFI LSTTLDPTDD EGHVLKLENL HVVSKSSIEK DPSPEILVLY NVCDTSKSLV KRYRLAPTQL SAEY LVILK PDLNIDRNNS TNQIFQSRRY NLRRHSDIVL DKKVTLITSE MFDAFVSFYF EDGTIESYNQ NDWKLETERL ISQSQ LGKF KNIIASPLSA GFNYGKLPLP PSVEWMKVSP SMCGVIVKQY NKKWPQFYAA VQKNYADPEK DSINATALAF GYVKSL HKQ ISAEDLTIAA KTHILRISFL DRKRAKEFIT TLLKSLYSFF NISPDAPKEI MDKIITSRPL QKIMLLQLEL GSCFSQE NI EEMARVILYL KNVLFAFNGV ARNFHFAIEQ ISNNSNQQQN PKLFQTIFSK QDLIHSLIPV AKWFVKFITY LTQEILIL I NDPTNKEYTL VHGIFGAKMS RTLILSILNE IKKVTQIVAK FPETSYPILN ESSTFLKLVL SESPVDFEKF ETFLVDVNN KFIALCEQQP SQEREFSLLV KAEIPPEYAK VGDFLLQYAN NAVISHANAA AVYFADTSGL KISNSEFFNP EIFHLLQPLE EGLIIDTDK LPIKNRTSKS FSKLLYDDVT CDKLSVSEIS DGKLKRCSRC GSVTRAGNII SSDKTIVPTS IQTKRWPTMY T RLCICSGM LFEMDG

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.6
構成要素:
濃度式名称
80.0 mMKOAcPotassium acetate
20.0 mMHEPESHEPES
5.0 mMDTTDithiothreitolジチオトレイトール
2.0 mMMg(OAc)2Magnesium acetate
凍結凍結剤: ETHANE / 装置: LEICA EM CPC

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.5 µm / 倍率（補正後）: 64000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.5 µm / 倍率（公称値）: 64000
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 40900 / 平均露光時間: 3.4 sec. / 平均電子線量: 42.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 1102984
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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