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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-24804 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | Cfr-modified Escherichia coli stalled ribosome with antibiotic radezolid | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
マップデータ | final unsharpened map used for model building | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
試料 |
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キーワード | Cfr-modified / Escherichia coli stalled ribosome / oxazolidinone / radezolid / RIBOSOME (リボソーム) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / positive regulation of ribosome biogenesis / DnaA-L2 complex / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing ...misfolded RNA binding / Group I intron splicing / RNA folding / positive regulation of ribosome biogenesis / DnaA-L2 complex / negative regulation of translational initiation / negative regulation of DNA-templated DNA replication initiation / mRNA regulatory element binding translation repressor activity / assembly of large subunit precursor of preribosome / positive regulation of RNA splicing / cytosolic ribosome assembly / transcription antitermination / regulation of cell growth / maintenance of translational fidelity / DNA-templated transcription termination / mRNA 5'-UTR binding / ribosomal small subunit biogenesis / ribosomal large subunit assembly / small ribosomal subunit rRNA binding / ribosomal small subunit assembly / cytosolic small ribosomal subunit / ribosome binding / large ribosomal subunit / small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / 5S rRNA binding / cytosolic large ribosomal subunit / transferase activity / tRNA binding / negative regulation of translation / rRNA binding / リボソーム / structural constituent of ribosome / 翻訳 (生物学) / ribonucleoprotein complex / response to antibiotic / mRNA binding / RNA binding / zinc ion binding / 生体膜 / metal ion binding / 細胞質基質 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
手法 | 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.42 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
データ登録者 | Tsai K / Stojkovic V / Lee DJ / Young ID / Szal T / Vazquez-Laslop N / Mankin AS / Fraser JS / Galonic Fujimori D | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
資金援助 | 11件
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引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2022 タイトル: Structural basis for context-specific inhibition of translation by oxazolidinone antibiotics. 著者: Kaitlyn Tsai / Vanja Stojković / D John Lee / Iris D Young / Teresa Szal / Dorota Klepacki / Nora Vázquez-Laslop / Alexander S Mankin / James S Fraser / Danica Galonić Fujimori / 要旨: The antibiotic linezolid, the first clinically approved member of the oxazolidinone class, inhibits translation of bacterial ribosomes by binding to the peptidyl transferase center. Recent work has ...The antibiotic linezolid, the first clinically approved member of the oxazolidinone class, inhibits translation of bacterial ribosomes by binding to the peptidyl transferase center. Recent work has demonstrated that linezolid does not inhibit peptide bond formation at all sequences but rather acts in a context-specific manner, namely when alanine occupies the penultimate position of the nascent chain. However, the molecular basis for context-specificity has not been elucidated. Here we show that the second-generation oxazolidinone radezolid also induces stalling with a penultimate alanine, and we determine high-resolution cryo-EM structures of linezolid- and radezolid-stalled ribosome complexes to explain their mechanism of action. These structures reveal that the alanine side chain fits within a small hydrophobic crevice created by oxazolidinone, resulting in improved ribosome binding. Modification of the ribosome by the antibiotic resistance enzyme Cfr disrupts stalling due to repositioning of the modified nucleotide. Together, our findings provide molecular understanding for the context-specificity of oxazolidinones. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_24804.map.gz | 474.2 MB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-24804-v30.xml emd-24804.xml | 71.1 KB 71.1 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
FSC (解像度算出) | emd_24804_fsc.xml | 23.3 KB | 表示 | FSCデータファイル |
画像 | emd_24804.png | 155.1 KB | ||
Filedesc metadata | emd-24804.cif.gz | 14.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24804 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-24804 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_24804.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | final unsharpened map used for model building | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 0.8261 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
+全体 : Cfr-modified Escherichia coli stalled ribosome with antibiotic ra...
+超分子 #1: Cfr-modified Escherichia coli stalled ribosome with antibiotic ra...
+分子 #1: 30S ribosomal protein S19
+分子 #2: 30S ribosomal protein S20
+分子 #3: 30S ribosomal protein S21
+分子 #7: 30S ribosomal protein S2
+分子 #8: 30S ribosomal protein S3
+分子 #9: 30S ribosomal protein S4
+分子 #10: 30S ribosomal protein S5
+分子 #11: 30S ribosomal protein S6
+分子 #14: 50S ribosomal protein L2
+分子 #15: 50S ribosomal protein L3
+分子 #16: 50S ribosomal protein L4
+分子 #17: 50S ribosomal protein L5
+分子 #18: 50S ribosomal protein L6
+分子 #19: 50S ribosomal protein L9
+分子 #20: 50S ribosomal protein L31
+分子 #21: 50S ribosomal protein L13
+分子 #22: 50S ribosomal protein L14
+分子 #23: 50S ribosomal protein L15
+分子 #24: 50S ribosomal protein L16
+分子 #25: 50S ribosomal protein L17
+分子 #26: 50S ribosomal protein L18
+分子 #27: 50S ribosomal protein L19
+分子 #28: 50S ribosomal protein L20
+分子 #29: Ribosomal protein L21
+分子 #30: 50S ribosomal protein L22
+分子 #31: 50S ribosomal protein L23
+分子 #32: 50S ribosomal protein L24
+分子 #33: 50S ribosomal protein L25
+分子 #34: 50S ribosomal protein L27
+分子 #35: 50S ribosomal protein L28
+分子 #36: 50S ribosomal protein L29
+分子 #37: 50S ribosomal protein L30
+分子 #38: 50S ribosomal protein L32
+分子 #39: 50S ribosomal protein L33
+分子 #40: 50S ribosomal protein L34
+分子 #41: 50S ribosomal protein L35
+分子 #42: 50S ribosomal protein L36
+分子 #43: 30S ribosomal protein S7
+分子 #44: 30S ribosomal protein S8
+分子 #45: 30S ribosomal protein S9
+分子 #46: 30S ribosomal protein S10
+分子 #47: 30S ribosomal protein S11
+分子 #48: nascent peptide chain
+分子 #49: 30S ribosomal protein S12
+分子 #50: 30S ribosomal protein S13
+分子 #51: 30S ribosomal protein S14
+分子 #52: 30S ribosomal protein S15
+分子 #53: 30S ribosomal protein S16
+分子 #54: 30S ribosomal protein S17
+分子 #55: 30S ribosomal protein S18
+分子 #4: mRNA
+分子 #5: tRNA(PHE)
+分子 #6: 16S rRNA
+分子 #12: 23S rRNA
+分子 #13: 5S rRNA
+分子 #56: MAGNESIUM ION
+分子 #57: Radezolid
+分子 #58: ZINC ION
+分子 #59: water
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | 単粒子再構成法 |
試料の集合状態 | particle |
-試料調製
緩衝液 | pH: 7.5 |
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グリッド | モデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: CONTINUOUS / 支持フィルム - Film thickness: 2 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 30 sec. / 詳細: 15 mA |
凍結 | 凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 283.15 K |
-電子顕微鏡法
顕微鏡 | FEI TITAN KRIOS |
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電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス(公称値): 1.2 µm / 最小 デフォーカス(公称値): 0.5 µm |
特殊光学系 | エネルギーフィルター - スリット幅: 20 eV |
試料ステージ | 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER ホルダー冷却材: NITROGEN |
撮影 | フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2211 / 平均電子線量: 69.0 e/Å2 |
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
-画像解析
-原子モデル構築 1
精密化 | 空間: REAL / プロトコル: FLEXIBLE FIT |
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得られたモデル | PDB-7s1k: |