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Structure paper

タイトルStructural basis for context-specific inhibition of translation by oxazolidinone antibiotics.
ジャーナル・号・ページNat Struct Mol Biol, Vol. 29, Issue 2, Page 162-171, Year 2022
掲載日2022年2月14日
著者Kaitlyn Tsai / Vanja Stojković / D John Lee / Iris D Young / Teresa Szal / Dorota Klepacki / Nora Vázquez-Laslop / Alexander S Mankin / James S Fraser / Danica Galonić Fujimori /
PubMed 要旨The antibiotic linezolid, the first clinically approved member of the oxazolidinone class, inhibits translation of bacterial ribosomes by binding to the peptidyl transferase center. Recent work has ...The antibiotic linezolid, the first clinically approved member of the oxazolidinone class, inhibits translation of bacterial ribosomes by binding to the peptidyl transferase center. Recent work has demonstrated that linezolid does not inhibit peptide bond formation at all sequences but rather acts in a context-specific manner, namely when alanine occupies the penultimate position of the nascent chain. However, the molecular basis for context-specificity has not been elucidated. Here we show that the second-generation oxazolidinone radezolid also induces stalling with a penultimate alanine, and we determine high-resolution cryo-EM structures of linezolid- and radezolid-stalled ribosome complexes to explain their mechanism of action. These structures reveal that the alanine side chain fits within a small hydrophobic crevice created by oxazolidinone, resulting in improved ribosome binding. Modification of the ribosome by the antibiotic resistance enzyme Cfr disrupts stalling due to repositioning of the modified nucleotide. Together, our findings provide molecular understanding for the context-specificity of oxazolidinones.
リンクNat Struct Mol Biol / PubMed:35165456 / PubMed Central
手法EM (単粒子)
解像度2.35 - 2.48 Å
構造データ

24800

7s1g

EMDB-24800, PDB-7s1g:
wild-type Escherichia coli stalled ribosome with antibiotic linezolid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.48 Å

24801

7s1h

EMDB-24801, PDB-7s1h:
Wild-type Escherichia coli ribosome with antibiotic linezolid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.35 Å

24802

7s1i

EMDB-24802, PDB-7s1i:
Wild-type Escherichia coli stalled ribosome with antibiotic radezolid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.48 Å

24803

7s1j

EMDB-24803, PDB-7s1j:
Wild-type Escherichia coli ribosome with antibiotic radezolid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.47 Å

24804

7s1k

EMDB-24804, PDB-7s1k:
Cfr-modified Escherichia coli stalled ribosome with antibiotic radezolid
手法: EM (単粒子) / 解像度: 2.42 Å

化合物

ChemComp-MG:
Unknown entry / マグネシウムジカチオン

ChemComp-ZLD:
N-{[(5S)-3-(3-fluoro-4-morpholin-4-ylphenyl)-2-oxo-1,3-oxazolidin-5-yl]methyl}acetamide / リネゾリド / 抗生剤*YM / リネゾリド

ChemComp-ZN:
Unknown entry

ChemComp-HOH:
WATER / 水

ChemComp-RD8:
Radezolid / 抗生剤*YM / Radezolid

由来
  • escherichia coli (大腸菌)
キーワードRIBOSOME/ANTIBIOTIC / Escherichia coli stalled ribosome / oxazolidinone / linezolid (リネゾリド) / RIBOSOME-ANTIBIOTIC complex / Escherichia coli ribosome / RIBOSOME (リボソーム) / stalled ribosome / radezolid / Cfr-modified

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万見文献について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 万見 (Yorodumi) / EMN文献 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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