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万見
- EMDB-23147: Binjari virus (BinJV) -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-23147
タイトルBinjari virus (BinJV)
マップデータLocal-resolution filtered map
試料
  • ウイルス: Binjari virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Envelope protein E封筒
    • タンパク質・ペプチド: prM protein
機能・相同性
機能・相同性情報


フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum membrane ...フラビビリン / symbiont-mediated suppression of host JAK-STAT cascade via inhibition of STAT2 activity / カプシド / nucleoside-triphosphate phosphatase / double-stranded RNA binding / mRNA (nucleoside-2'-O-)-methyltransferase activity / mRNA 5'-cap (guanine-N7-)-methyltransferase activity / RNA helicase activity / membrane => GO:0016020 / host cell endoplasmic reticulum membrane / protein dimerization activity / ヘリカーゼ / induction by virus of host autophagy / viral RNA genome replication / RNA-dependent RNA polymerase activity / serine-type endopeptidase activity / fusion of virus membrane with host endosome membrane / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / virion attachment to host cell / virion membrane / structural molecule activity / extracellular region / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A ...Flavivirus non-structural protein NS2B / Genome polyprotein, Flavivirus / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus non-structural protein NS2B / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / mRNA cap 0/1 methyltransferase / Flavivirus capsid protein C / Flavivirus non-structural protein NS4B / Flavivirus non-structural protein NS4A / Flavivirus NS2B domain profile. / mRNA cap 0 and cap 1 methyltransferase (EC 2.1.1.56 and EC 2.1.1.57) domain profile. / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus non-structural protein NS2A / Flavivirus NS3, petidase S7 / Peptidase S7, Flavivirus NS3 serine protease / Flavivirus NS3 protease (NS3pro) domain profile. / Envelope glycoprotein M, flavivirus / Flavivirus envelope glycoprotein M / RNA-directed RNA polymerase, flavivirus / Flavivirus RNA-directed RNA polymerase, fingers and palm domains / Flavivirus non-structural Protein NS1 / Flavivirus non-structural protein NS1 / Envelope glycoprotein M superfamily, flavivirus / Flavivirus polyprotein propeptide / Flavivirus polyprotein propeptide superfamily / Flavivirus polyprotein propeptide / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 1 / Flaviviral glycoprotein E, central domain, subdomain 2 / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain / Flavivirus glycoprotein E, immunoglobulin-like domain / Flavivirus envelope glycoprotein E, Stem/Anchor domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain / Flavivirus glycoprotein central and dimerisation domain / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domains / Ribosomal RNA methyltransferase, FtsJ domain / FtsJ-like methyltransferase / Flavivirus/Alphavirus glycoprotein, immunoglobulin-like domain superfamily / Flavivirus glycoprotein, central and dimerisation domain superfamily / Flaviviral glycoprotein E, dimerisation domain / DEAD box, Flavivirus / Flavivirus DEAD domain / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Immunoglobulin E-set / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Binjari virus (ウイルス)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.4 Å
データ登録者Hardy JM / Venugopal HV / Newton ND / Watterson D / Coulibaly FJ
資金援助 オーストラリア, 1件
OrganizationGrant number国
National Health and Medical Research Council (NHMRC, Australia)APP1164216 オーストラリア
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2021
タイトル: The structure of an infectious immature flavivirus redefines viral architecture and maturation.
著者: Natalee D Newton / Joshua M Hardy / Naphak Modhiran / Leon E Hugo / Alberto A Amarilla / Summa Bibby / Hariprasad Venugopal / Jessica J Harrison / Renee J Traves / Roy A Hall / Jody Hobson- ...著者: Natalee D Newton / Joshua M Hardy / Naphak Modhiran / Leon E Hugo / Alberto A Amarilla / Summa Bibby / Hariprasad Venugopal / Jessica J Harrison / Renee J Traves / Roy A Hall / Jody Hobson-Peters / Fasséli Coulibaly / Daniel Watterson /
要旨: Flaviviruses are the cause of severe human diseases transmitted by mosquitoes and ticks. These viruses use a potent fusion machinery to enter target cells that needs to be restrained during viral ...Flaviviruses are the cause of severe human diseases transmitted by mosquitoes and ticks. These viruses use a potent fusion machinery to enter target cells that needs to be restrained during viral assembly and egress. A molecular chaperone, premembrane (prM) maintains the virus particles in an immature, fusion-incompetent state until they exit the cell. Taking advantage of an insect virus that produces particles that are both immature and infectious, we determined the structure of the first immature flavivirus with a complete spike by cryo-electron microscopy. Unexpectedly, the prM chaperone forms a supporting pillar that maintains the immature spike in an asymmetric and upright state, primed for large rearrangements upon acidification. The collapse of the spike along a path defined by the prM chaperone is required, and its inhibition by a multivalent immunoglobulin M blocks infection. The revised architecture and collapse model are likely to be conserved across flaviviruses.
履歴
登録2020年12月17日-
ヘッダ(付随情報) 公開2021年3月10日-
マップ公開2021年3月10日-
更新2021年5月26日-
現状2021年5月26日処理サイト: RCSB / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（半径に従い着色）
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • あてはめたモデルとの重ね合わせ
  • 原子モデル: PDB-7l30
  • 表面レベル: 0.027
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • 原子モデルPDB-7l30
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

emd_23147.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_23147.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 512 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local-resolution filtered map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.34 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.027 / ムービー #1: 0.027
最小 - 最大-0.06158375 - 0.1203755
平均 (標準偏差)0.0007684218 (±0.0075564524)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ512512512
Spacing512512512
セルA=B=C: 686.08 Å
α=β=γ: 90.0 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z1.341.341.34
M x/y/z512512512
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z686.080686.080686.080
α/β/γ90.00090.00090.000
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS512512512
D min/max/mean-0.0620.1200.001

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Binjari virus

全体名称: Binjari virus (ウイルス)
要素
  • ウイルス: Binjari virus (ウイルス)
    • タンパク質・ペプチド: Envelope protein E封筒
    • タンパク質・ペプチド: prM protein

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超分子 #1: Binjari virus

超分子名称: Binjari virus / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: all
詳細: M and E from Binjari virus form a complex that assembles into anti-parallel dimers, (M-E)2, in the T=3 icosahedral particle.
NCBI-ID: 2305258 / 生物種: Binjari virus / Sci species strain: BFTA20 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: Yes / ウイルス・中空状態: No
宿主生物種: Ochlerotatus normanensis (カ)
分子量理論値: 22 MDa
ウイルス殻Shell ID: 1 / 直径: 470.0 Å / T番号(三角分割数): 3

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分子 #1: Envelope protein E

分子名称: Envelope protein E / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Binjari virus (ウイルス)
分子量理論値: 53.495086 KDa
組換発現生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ)
配列文字列: NQCLDVQSRD FVQGVSGGTW VDVVLDHDNC ITIVADGKPS FDIRLSKMSM SKFAEYKRYC LQATMSDVTS IVACPGAGDA HNDKSKNHE YICKAVNNDR GWGNGCVLFG KGSMETCGKF ECKKKMAGKL VARENVESVV TVHVHGASAT DTKGVDTAST A KATITPKA ...文字列:
NQCLDVQSRD FVQGVSGGTW VDVVLDHDNC ITIVADGKPS FDIRLSKMSM SKFAEYKRYC LQATMSDVTS IVACPGAGDA HNDKSKNHE YICKAVNNDR GWGNGCVLFG KGSMETCGKF ECKKKMAGKL VARENVESVV TVHVHGASAT DTKGVDTAST A KATITPKA SVATLNLNDF GSLEVDCSTD VGMDFGEIVV ADMSGKWWIV NKDWFNELAL PWSTASTTAE VWQARDRLVE FG WPHAAKQ NIYDIGDQEG AVTAAIAQAP MAKWESDKVE LISGILKCKV KLGNLKLRGV TYSMCAQTFT TETRPADTGH GTV AFKVKY VGTDVPCRVP LHIIDSDGGV AAGRVITAHP FVMKQNDYII LEVEPPFGDS KIEIGTGTTK LVEAWHRKGS SIGN AFTAT YKGITKLTVL GEHAWDFNSL GGFGASLGKA VHTLFGGVFR VMFGGMGWLT KIFVGAVLVW LGLGAHDKTI ATTMI LVGS ILMYMAVTVG ALS

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分子 #2: prM protein

分子名称: prM protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 3 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Binjari virus (ウイルス)
分子量理論値: 18.946809 KDa
組換発現生物種: Aedes albopictus (ヒトスジシマカ)
配列文字列:
ATLRTVGDLT WLNVSTTDVG KWIRVENRHG KGECFVTATD VGTWCSDSVG YECPQIAPAY DPEDLDCYCR NTSTYVTYGR CKNGRSGRS RSKRAITIAP HGEAGLRVGS TKHWTSRATP QRYLMRVEKW VLRHPLPALV LVVLGWMMGR SHGQRAMYIV L MLLVAPSY G

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度4 mg/mL
緩衝液pH: 8
構成要素:
濃度式名称
12.0 mM(HOCH2)3CNH2Trisトリスヒドロキシメチルアミノメタン
120.0 mMNaCl塩化ナトリウムsodium chloride塩化ナトリウム
1.0 mMC10H16N2O8Ethylenediaminetetraacetic acid (EDTA)
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: 0 second wait time 2.5 second blot time -4 blot force 1 second drain time.

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系最大 デフォーカス（補正後）: 4.3 µm / 最小 デフォーカス（補正後）: 0.1 µm / 倍率（補正後）: 105000 / 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)
検出モード: SUPER-RESOLUTION / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6226 / 平均露光時間: 12.8 sec. / 平均電子線量: 43.2768 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 55992
CTF補正ソフトウェア - 名称: Gctf (ver. 1.06)
初期モデルモデルのタイプ: EMDB MAP
EMDB ID:

2141

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 3次元分類ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成使用したクラス数: 1 / 想定した対称性 - 点群: I (正20面体型対称) / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 26038

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

6co8

,

4b03

,

5o6v

)
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-7l30:
Binjari virus (BinJV)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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