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- EMDB-17973: Archaeoglobus fulgidus AfAgo complex with AfAgo-N protein (fAfAgo... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17973
タイトルArchaeoglobus fulgidus AfAgo complex with AfAgo-N protein (fAfAgo) bound with 30 nt RNA guide and 51 nt DNA target
マップデータphenix.auto_sharped of cryosparc local refinement map
試料
  • 複合体: AfAgo and AfAgo-N complex with 30 nt RNA guide and 51 nt DNA target
    • 複合体: Piwi protein
      • タンパク質・ペプチド: Piwi protein
    • 複合体: Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N protein
      • タンパク質・ペプチド: Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N protein
    • 複合体: RNA (30-MER)
      • RNA: RNA (30-MER)
    • 複合体: DNA (51-MER)
      • DNA: DNA (51-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water水
キーワードARGONAUTE (アルゴノート (タンパク質)) / PIWI DOMAIN / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質)
機能・相同性Piwi domain / Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi / Ribonuclease H superfamily / nucleic acid binding / Ribonuclease H-like superfamily / Uncharacterized protein / Piwi protein
機能・相同性情報
生物種Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属) / Archaeoglobus fulgidus DSM 8774 (アルカエオグロブス属) / Escherichia coli (大腸菌)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.81 Å
データ登録者Manakova EN / Zaremba M / Pocevicuite R / Golovinas E / Sasnauskas G / Zagorskaite E / Silanskas A
資金援助リトアニア, 2件
OrganizationGrant number国
Research Council of LithuaniaS-MIP-23-131リトアニア
Research Council of LithuaniaS-MIP-20-37リトアニア
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res / 年: 2024
タイトル: The missing part: the Archaeoglobus fulgidus Argonaute forms a functional heterodimer with an N-L1-L2 domain protein.
著者: Elena Manakova / Edvardas Golovinas / Reda Pocevičiūtė / Giedrius Sasnauskas / Arunas Silanskas / Danielis Rutkauskas / Marija Jankunec / Evelina Zagorskaitė / Edvinas Jurgelaitis / ...著者: Elena Manakova / Edvardas Golovinas / Reda Pocevičiūtė / Giedrius Sasnauskas / Arunas Silanskas / Danielis Rutkauskas / Marija Jankunec / Evelina Zagorskaitė / Edvinas Jurgelaitis / Algirdas Grybauskas / Česlovas Venclovas / Mindaugas Zaremba
要旨: Argonaute (Ago) proteins are present in all three domains of life (bacteria, archaea and eukaryotes). They use small (15-30 nucleotides) oligonucleotide guides to bind complementary nucleic acid ...Argonaute (Ago) proteins are present in all three domains of life (bacteria, archaea and eukaryotes). They use small (15-30 nucleotides) oligonucleotide guides to bind complementary nucleic acid targets and are responsible for gene expression regulation, mobile genome element silencing, and defence against viruses or plasmids. According to their domain organization, Agos are divided into long and short Agos. Long Agos found in prokaryotes (long-A and long-B pAgos) and eukaryotes (eAgos) comprise four major functional domains (N, PAZ, MID and PIWI) and two structural linker domains L1 and L2. The majority (∼60%) of pAgos are short pAgos, containing only the MID and inactive PIWI domains. Here we focus on the prokaryotic Argonaute AfAgo from Archaeoglobus fulgidus DSM4304. Although phylogenetically classified as a long-B pAgo, AfAgo contains only MID and catalytically inactive PIWI domains, akin to short pAgos. We show that AfAgo forms a heterodimeric complex with a protein encoded upstream in the same operon, which is a structural equivalent of the N-L1-L2 domains of long pAgos. This complex, structurally equivalent to a long PAZ-less pAgo, outperforms standalone AfAgo in guide RNA-mediated target DNA binding. Our findings provide a missing piece to one of the first and the most studied pAgos.
履歴
登録2023年7月18日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年11月29日-
マップ公開2023年11月29日-
更新2024年3月27日-
現状2024年3月27日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17973.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17973.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 27 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈phenix.auto_sharped of cryosparc local refinement map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸X (Sec.)Y (Row.)Z (Col.)
1.1 Å/pix.
x 192 pix.
= 211.2 Å		1.1 Å/pix.
x 192 pix.
= 211.2 Å		1.1 Å/pix.
x 192 pix.
= 211.2 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.1 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 6.0
最小 - 最大-18.852810000000002 - 42.545949999999998
平均 (標準偏差)0.000000000002529 (±1.0)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderZYX
Origin000
サイズ192192192
Spacing192192192
セルA=B=C: 211.20001 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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ハーフマップ: cryosparc local refinement half-map

ファイルemd_17973_half_map_1.map
注釈cryosparc local refinement half-map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: cryosparc local refinement half-map

ファイルemd_17973_half_map_2.map
注釈cryosparc local refinement half-map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : AfAgo and AfAgo-N complex with 30 nt RNA guide and 51 nt DNA target

全体名称: AfAgo and AfAgo-N complex with 30 nt RNA guide and 51 nt DNA target
要素
  • 複合体: AfAgo and AfAgo-N complex with 30 nt RNA guide and 51 nt DNA target
    • 複合体: Piwi protein
      • タンパク質・ペプチド: Piwi protein
    • 複合体: Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N protein
      • タンパク質・ペプチド: Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N protein
    • 複合体: RNA (30-MER)
      • RNA: RNA (30-MER)
    • 複合体: DNA (51-MER)
      • DNA: DNA (51-MER)
  • リガンド: MAGNESIUM ION
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: AfAgo and AfAgo-N complex with 30 nt RNA guide and 51 nt DNA target

超分子名称: AfAgo and AfAgo-N complex with 30 nt RNA guide and 51 nt DNA target
タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#4
分子量理論値: 90 KDa

+
超分子 #2: Piwi protein

超分子名称: Piwi protein / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1
由来(天然)生物種: Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)

+
超分子 #3: Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N protein

超分子名称: Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N protein / タイプ: complex / ID: 3 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #2
由来(天然)生物種: Archaeoglobus fulgidus DSM 8774 (アルカエオグロブス属)

+
超分子 #4: RNA (30-MER)

超分子名称: RNA (30-MER) / タイプ: complex / ID: 4 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #3
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
超分子 #5: DNA (51-MER)

超分子名称: DNA (51-MER) / タイプ: complex / ID: 5 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #4
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)

+
分子 #1: Piwi protein

分子名称: Piwi protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Archaeoglobus fulgidus (アルカエオグロブス属)
株: DSM4304
分子量理論値: 49.302434 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MMEYKIVENG LTYRIGNGAS VPISNTGELI KGLRNYGPYE VPSLKYNQIA LIHNNQFSSL INQLKSQISS KIDEVWHIHN INISEFIYD SPHFDSIKSQ VDNAIDTGVD GIMLVLPEYN TPLYYKLKSY LINSIPSQFM RYDILSNRNL TFYVDNLLVQ F VSKLGGKP ...文字列:
MMEYKIVENG LTYRIGNGAS VPISNTGELI KGLRNYGPYE VPSLKYNQIA LIHNNQFSSL INQLKSQISS KIDEVWHIHN INISEFIYD SPHFDSIKSQ VDNAIDTGVD GIMLVLPEYN TPLYYKLKSY LINSIPSQFM RYDILSNRNL TFYVDNLLVQ F VSKLGGKP WILNVDPEKG SDIIIGTGAT RIDNVNLFCF AMVFKKDGTM LWNEISPIVT SSEYLTYLKS TIKKVVYGFK KS NPDWDVE KLTLHVSGKR PKMKDGETKI LKETVEELKK QEMVSRDVKY AILHLNETHP FWVMGDPNNR FHPYEGTKVK LSS KRYLLT LLQPYLKRNG LEMVTPIKPL SVEIVSDNWT SEEYYHNVHE ILDEIYYLSK MNWRGFRSRN LPVTVNYPKL VAGI IANVN RYGGYPINPE GNRSLQTNPW FL

UniProtKB: Piwi protein

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分子 #2: Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N protein

分子名称: Archaeoglobus fulgidus AfAgo-N protein / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / 詳細: N-terminal His tag for purification / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Archaeoglobus fulgidus DSM 8774 (アルカエオグロブス属)
分子量理論値: 31.356576 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
配列文字列: MGGSHHHHHH GMASENLYFQ GGGGEIPLSS GNVNTPDVRS SGILYINIYP IVNYPETIKV SAIPYYEEFL PGKWKKRIGD LIYLYGYGI ENEFDEIDNS NALFGKIFRK YLLDILSENI ATPWQLKELG STLRLVKEIT ENYEFSNIIK LQYELIINVH H WQNTNFGI ...文字列:
MGGSHHHHHH GMASENLYFQ GGGGEIPLSS GNVNTPDVRS SGILYINIYP IVNYPETIKV SAIPYYEEFL PGKWKKRIGD LIYLYGYGI ENEFDEIDNS NALFGKIFRK YLLDILSENI ATPWQLKELG STLRLVKEIT ENYEFSNIIK LQYELIINVH H WQNTNFGI IVDLKINILD RENNQRISYT KIKDKYGESV KKKIWVSVQA FHRHLTPEGK KYATAMRDKF NLLTGLLKEA FG SSEDEKT FSTPDGEIKI VFKPLEIVEV SNNDGI

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #3: RNA (30-MER)

分子名称: RNA (30-MER) / タイプ: rna / ID: 3 / コピー数: 1
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 9.792971 KDa
配列文字列:
AGGAGGGCGG AGCCUAUGGA AAAACGCCAC

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分子 #4: DNA (51-MER)

分子名称: DNA (51-MER) / タイプ: dna / ID: 4 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
分子量理論値: 15.579906 KDa
配列文字列: (DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG) (DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DC)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC)(DT) (DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT) (DG) (DC)(DC)(DA)(DG)(DA) ...文字列:
(DG)(DC)(DC)(DG)(DC)(DG)(DC)(DC)(DG)(DG) (DT)(DG)(DG)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT) (DC)(DC)(DA)(DT)(DA)(DG)(DG)(DC)(DT) (DC)(DC)(DG)(DC)(DC)(DC)(DT)(DC)(DC)(DT) (DG) (DC)(DC)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DT) (DC)(DG)(DC)

+
分子 #5: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 5 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

+
分子 #6: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 6 / コピー数: 36 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度1 mg/mL
緩衝液pH: 8.5
構成要素:
濃度式名称
125.0 mMKClKCl
20.0 mMC4H11NO3Tris hydrochloride pH8.5
2.0 mMMgCl2MgCl2
2.0 mMC4H10O2S2DTT

詳細: fAfAgo complex with 30/51 guide-target heteroduplexes was mixed and applied on grid
グリッドモデル: Quantifoil R1.2/1.3 / 材質: COPPER / メッシュ: 300 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: GLOW DISCHARGE / 前処理 - 時間: 45 sec. / 前処理 - 雰囲気: AIR
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 95 % / チャンバー内温度: 277 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細fAfAgo complex with 30/51 guide-target heteroduplexes was mixed and applied on grid

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電子顕微鏡法

顕微鏡TFS GLACIOS
電子線加速電圧: 200 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系C2レンズ絞り径: 100.0 µm / 照射モード: SPOT SCAN / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.7 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.0 µm / 倍率（公称値）: 92000
試料ステージ試料ホルダーモデル: OTHER / ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: COUNTING / デジタル化 - サイズ - 横: 4000 pixel / デジタル化 - サイズ - 縦: 4000 pixel / 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2152 / 平均露光時間: 46.33 sec. / 平均電子線量: 31.0 e/Å2

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2326555 / 詳細: Blob particle picking
初期モデルモデルのタイプ: PDB ENTRY
PDBモデル - PDB ID:

8ok9


詳細: Protein only chains
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v.4.2.1)
最終 3次元分類クラス数: 105 / 平均メンバー数/クラス: 14000 / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v.4.2.1)
詳細: Particles of selected classes were further sorted by heterogenous refinement
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v.4.2.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.81 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: cryoSPARC (ver. v.4.2.1) / 使用した粒子像数: 498038
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデル
PDB IDChain詳細

8ok9

chain_id: A, residue_range: 1-427, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelfAfAgo complex was used as initial model

8ok9

chain_id: C, residue_range: 20-245, source_name: PDB, initial_model_type: experimental modelfAfAgo complex was used as initial model
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT
得られたモデル

PDB-8pvv:
Archaeoglobus fulgidus AfAgo complex with AfAgo-N protein (fAfAgo) bound with 30 nt RNA guide and 51 nt DNA target

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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