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- EMDB-17028: CryoEM Structure INO80core Hexasome complex Arp5 Ies6 refinement ... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-17028
タイトルCryoEM Structure INO80core Hexasome complex Arp5 Ies6 refinement state2
マップデータctINO80 hexasome complex Arp5 Ies6 refinement sharpened map
試料
  • 複合体: INO80 core module in complex with hexasome
    • 複合体: Arp6-Ies6 of INO80 complex
      • タンパク質・ペプチド: Chromatin-remodeling complex subunit IES6
      • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 5
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION
キーワードATP-dependent chromatin remodeler / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


DASH complex / protein transport along microtubule to mitotic spindle pole body / mitotic sister chromatid biorientation / attachment of spindle microtubules to kinetochore / Ino80 complex / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / 紡錘体 / 動原体 / クロマチンリモデリング
類似検索 - 分子機能
DASH complex subunit Dad4 / DASH complex subunit Dad4 / INO80 complex, subunit Ies6 / Vps72/YL1, C-terminal / YL1 nuclear protein C-terminal domain / YL1 nuclear protein C-terminal domain / アクチン / Actin family / アクチン / ATPase, nucleotide binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Vps72/YL1 C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermochaetoides thermophila (菌類)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Zhang M / Jungblut A / Hoffmann T / Eustermann S
資金援助 ドイツ, European Union, 4件
OrganizationGrant number国
EIPOD fellowship under Marie Sklodowska-Curie Actions COFUND847543 ドイツ
European Research Council (ERC)833613European Union
German Research Foundation (DFG)CRC136 ドイツ
German Research Foundation (DFG)CRC1064 ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Biol Crystallogr / 年: 2010
タイトル: Features and development of Coot.
著者: P Emsley / B Lohkamp / W G Scott / K Cowtan /
要旨: Coot is a molecular-graphics application for model building and validation of biological macromolecules. The program displays electron-density maps and atomic models and allows model manipulations ...Coot is a molecular-graphics application for model building and validation of biological macromolecules. The program displays electron-density maps and atomic models and allows model manipulations such as idealization, real-space refinement, manual rotation/translation, rigid-body fitting, ligand search, solvation, mutations, rotamers and Ramachandran idealization. Furthermore, tools are provided for model validation as well as interfaces to external programs for refinement, validation and graphics. The software is designed to be easy to learn for novice users, which is achieved by ensuring that tools for common tasks are 'discoverable' through familiar user-interface elements (menus and toolbars) or by intuitive behaviour (mouse controls). Recent developments have focused on providing tools for expert users, with customisable key bindings, extensions and an extensive scripting interface. The software is under rapid development, but has already achieved very widespread use within the crystallographic community. The current state of the software is presented, with a description of the facilities available and of some of the underlying methods employed.
履歴
登録2023年4月5日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年7月26日-
マップ公開2023年7月26日-
更新2023年8月2日-
現状2023年8月2日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_17028.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_17028.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 178 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈ctINO80 hexasome complex Arp5 Ies6 refinement sharpened map
投影像・断面図

画像のコントロール

大きさ
明度
コントラスト
その他
軸Z (Sec.)Y (Row.)X (Col.)
0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.92 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.92 Å		0.82 Å/pix.
x 360 pix.
= 295.92 Å

表面

投影像

断面 (1/3)

断面 (1/2)

断面 (2/3)

画像は Spider により作成

ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.822 Å
密度

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)
表面レベル登録者による: 0.08
最小 - 最大-0.04368605 - 0.75432444
平均 (標準偏差)0.00047059022 (±0.00894956)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ360360360
Spacing360360360
セルA=B=C: 295.92 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: ctINO80 hexasome complex Arp5 Ies6 refinement unsharpened map

ファイルemd_17028_additional_1.map
注釈ctINO80 hexasome complex Arp5 Ies6 refinement unsharpened map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: ctINO80 hexasome complex Arp5 Ies6 refinement half1 map

ファイルemd_17028_half_map_1.map
注釈ctINO80 hexasome complex Arp5 Ies6 refinement half1 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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ハーフマップ: ctINO80 hexasome complex Arp5 Ies6 refinement half2 map

ファイルemd_17028_half_map_2.map
注釈ctINO80 hexasome complex Arp5 Ies6 refinement half2 map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : INO80 core module in complex with hexasome

全体名称: INO80 core module in complex with hexasome
要素
  • 複合体: INO80 core module in complex with hexasome
    • 複合体: Arp6-Ies6 of INO80 complex
      • タンパク質・ペプチド: Chromatin-remodeling complex subunit IES6
      • タンパク質・ペプチド: Actin-related protein 5
  • リガンド: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: INO80 core module in complex with hexasome

超分子名称: INO80 core module in complex with hexasome / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#2
詳細: 11-subunit ct INO80 contains two modules (core and Arp8 module) Each module was picked and analyzed separately The core module + hexasome has an overall weight of 0.861MDa The 11-subunit ct ...詳細: 11-subunit ct INO80 contains two modules (core and Arp8 module) Each module was picked and analyzed separately The core module + hexasome has an overall weight of 0.861MDa The 11-subunit ct INO80 + hexasome has an overall weight of 1.1MDa Ino80, Ies2, Ies6, Ies4,Arp6, Rvb1, Rvb2, Arp8, Arp4, Actin, Taf14 Hexasome DNA, 2xH3, 2xH4, H2A, H2B
分子量理論値: 861 KDa

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超分子 #2: Arp6-Ies6 of INO80 complex

超分子名称: Arp6-Ies6 of INO80 complex / タイプ: complex / ID: 2 / 親要素: 1 / 含まれる分子: #1-#2
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)

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分子 #1: Chromatin-remodeling complex subunit IES6

分子名称: Chromatin-remodeling complex subunit IES6 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 23.127523 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSNPDAQSAQ AAHQALVEQL DLHSIHKTFR NPNWRPNQRR NKTIKAILGE SQRKEASSTS AVATPRADDN GGGSGADTPA NNDNNDGLS TSGTSTPANG NGSGAGTPAS NGQPNLAQAS RSLQKLVLEK SLASAQAPDK KAANGFASSA PTATYTNIES A PSLAPMKH ...文字列:
MSNPDAQSAQ AAHQALVEQL DLHSIHKTFR NPNWRPNQRR NKTIKAILGE SQRKEASSTS AVATPRADDN GGGSGADTPA NNDNNDGLS TSGTSTPANG NGSGAGTPAS NGQPNLAQAS RSLQKLVLEK SLASAQAPDK KAANGFASSA PTATYTNIES A PSLAPMKH YCDVTGLPAP YLDPKTRLRY HNKEIFAMIR NLPQGMGEQF LEARGAHTVL K

UniProtKB: Vps72/YL1 C-terminal domain-containing protein

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分子 #2: Actin-related protein 5

分子名称: Actin-related protein 5 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Thermochaetoides thermophila (菌類)
分子量理論値: 87.773086 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAPSAVAEPP PIPQRDEPWK RLPPPTVYPV KEARFEKYIP PQLDGRERAL AQPPGQVAIV IDNGSHSVRA GWNFEDKPRL AIPPIMSKY RDRKMGKTFS FAGSDCYADT TARSHIRNAF EAGTGIVSNW DVMEHVLDYV FVKLGMNECD GAIDMPIVMT E AVANLPYS ...文字列:
MAPSAVAEPP PIPQRDEPWK RLPPPTVYPV KEARFEKYIP PQLDGRERAL AQPPGQVAIV IDNGSHSVRA GWNFEDKPRL AIPPIMSKY RDRKMGKTFS FAGSDCYADT TARSHIRNAF EAGTGIVSNW DVMEHVLDYV FVKLGMNECD GAIDMPIVMT E AVANLPYS RKSMSEIIFE CYGAPSLVYG IDSLFSFRHN QGQTGLVVSS SYSATHVIPV YNRKALLSQA IRLNWGGWHM AE YMLKLLK LKYYTGFPGK LNSSQTEHMV RDFCYVSLDY DRELAGYLDW TGLEDRERIV QYPYTEEVVV QKTEEELARI AER KKESGR RLQEQAAKMR LERLMKKEQE LEYYKDIQRR MQGESKKEIK RLLDEAELKD EAALERVIRD LERSIKRARQ KDLG EPEEE EVPDFSLLDV PDDQLDEAGL RQKRQQRLLK SNWEARQRAK AEKEAEKARL AEEARLDEER RKNDLEGWLE EKRQL RLAK LNQLKERERL KADLGNRKSL ASQIRMKNIA NLASDNPTGS GSRKRRRGGA GADQDDDFGA DDADWGVYRS VAIGAN KGD DSDDEEGEED LEAAIRSLEN DLLRYDKTFS YDMTLDAQRD WSKSLLHAFR YGPRPFDPSS QAETHRVHLN VERIRVP EV LFQPAAIAGV DQAGLVEIAG DILCQRLPSL PGIQDAPDAF LRDVFLTGGN TLFQNFDERL RQGLMALLPV GAPLRVRR A QDAILDAWRG AAGWACTEEA KAAWITREEY LEKGGEYIKE HDLGNAFA

UniProtKB: Uncharacterized protein

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分子 #3: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE

分子名称: ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / タイプ: ligand / ID: 3 / コピー数: 1 / 式: ATP
分子量理論値: 507.181 Da
Chemical component information

ChemComp-ATP:
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP / ATP, エネルギー貯蔵分子*YM / アデノシン三リン酸

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分子 #4: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 4 / コピー数: 1 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.88 mg/mL
緩衝液pH: 7.5
詳細: 30mM HEPES, pH7.5 50mM NaCl 0.25mM CaCl2 0.25mM DTT 2mM ADP 3.3mM MgCl2 10mM NaF 2mM AlCl3 0.05% octyl-beta-glucoside
グリッドモデル: Quantifoil R2/1 / 材質: COPPER / メッシュ: 200 / 支持フィルム - 材質: CARBON / 支持フィルム - トポロジー: HOLEY / 前処理 - タイプ: PLASMA CLEANING / 前処理 - 時間: 15 sec.
凍結凍結剤: ETHANE / チャンバー内湿度: 100 % / チャンバー内温度: 281 K / 装置: FEI VITROBOT MARK IV
詳細: wait time of 5s, blot force at 3, and a blot time of 2s with Whatman blotting paper (Cytiva, CAT No. 10311807).
詳細11-subunit ctINO80 reconstituted with hexasome

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.8 µm
試料ステージ試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
ホルダー冷却材: NITROGEN
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 15384 / 平均電子線量: 50.36 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

粒子像選択選択した数: 2137460
詳細: Particles were initially picked by WARP to generate an initial model, which was subsequently used for the 3D template picking
初期モデルモデルのタイプ: NONE
初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4.0)
詳細: de novo 3D model was generated by using gradient-driven algorithm implemented in RELION 4.0
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 2.85 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 4) / 使用した粒子像数: 98967
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

初期モデルPDB ID:

6fml


Chain - Source name: PDB / Chain - Initial model type: experimental model
精密化プロトコル: OTHER
得られたモデル

PDB-8oot:
CryoEM Structure INO80core Hexasome complex Arp5 Ies6 refinement state2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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