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- EMDB-14351: Structure of the human CCAN CENP-A alpha-satellite complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14351
タイトルStructure of the human CCAN CENP-A alpha-satellite complex
マップデータLocal resolution filtered cryosparc homogeneous refinement map
試料
  • 複合体: CCAN-CENP-A inner centromere complex
    • タンパク質・ペプチド: x 20種
    • DNA: x 2種
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein localization to kinetochore / Mis6-Sim4 complex / FANCM-MHF complex / centromere complex assembly / kinetochore organization / metaphase chromosome alignment / spindle attachment to meiosis I kinetochore / Fanconi anaemia nuclear complex / inner kinetochore / kinetochore binding ...positive regulation of protein localization to kinetochore / Mis6-Sim4 complex / FANCM-MHF complex / centromere complex assembly / kinetochore organization / metaphase chromosome alignment / spindle attachment to meiosis I kinetochore / Fanconi anaemia nuclear complex / inner kinetochore / kinetochore binding / centromeric DNA binding / sex differentiation / resolution of meiotic recombination intermediates / CENP-A containing chromatin assembly / chordate embryonic development / protein localization to chromosome, centromeric region / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / kinetochore assembly / attachment of mitotic spindle microtubules to kinetochore / condensed chromosome, centromeric region / replication fork processing / mitotic sister chromatid segregation / establishment of mitotic spindle orientation / mitotic cytokinesis / chromosome, centromeric region / centriolar satellite / chromosome organization / negative regulation of megakaryocyte differentiation / protein localization to CENP-A containing chromatin / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / pericentric heterochromatin / interstrand cross-link repair / Replacement of protamines by nucleosomes in the male pronucleus / CENP-A containing nucleosome / Packaging Of Telomere Ends / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected purine / Cleavage of the damaged purine / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / Recognition and association of DNA glycosylase with site containing an affected pyrimidine / Cleavage of the damaged pyrimidine / Inhibition of DNA recombination at telomere / Meiotic synapsis / telomere organization / NRIF signals cell death from the nucleus / RNA Polymerase I Promoter Opening / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / SUMOylation of chromatin organization proteins / mitotic spindle organization / DNAメチル化 / Condensation of Prophase Chromosomes / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / HCMV Late Events / innate immune response in mucosa / PRC2 methylates histones and DNA / positive regulation of protein ubiquitination / Defective pyroptosis / positive regulation of epithelial cell proliferation / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / HDACs deacetylate histones / Fanconi Anemia Pathway / RNA Polymerase I Promoter Escape / Nonhomologous End-Joining (NHEJ) / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / PKR-mediated signaling / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / NoRC negatively regulates rRNA expression / G2/M DNA damage checkpoint / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / DNA Damage/Telomere Stress Induced Senescence / 動原体 / Metalloprotease DUBs / PKMTs methylate histone lysines / RMTs methylate histone arginines / 遺伝的組換え / Pre-NOTCH Transcription and Translation / nuclear matrix / nucleosome assembly / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / Separation of Sister Chromatids / UCH proteinases / ヌクレオソーム / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / マイクロフィラメント / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / mitotic cell cycle / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / 染色体
類似検索 - 分子機能
Centromere protein W / CENP-W protein / Centromere protein T / Centromere kinetochore component CENP-T, N-terminal domain / Centromere kinetochore component CENP-T N-terminus / Centromere subunit L / Kinetochore complex Sim4 subunit Fta1 / Centromere protein R / Centromere protein Q / Centromere protein U ...Centromere protein W / CENP-W protein / Centromere protein T / Centromere kinetochore component CENP-T, N-terminal domain / Centromere kinetochore component CENP-T N-terminus / Centromere subunit L / Kinetochore complex Sim4 subunit Fta1 / Centromere protein R / Centromere protein Q / Centromere protein U / Centromere protein P / Centromere protein H / Kinetochore component, CENP-R / CENP-Q, a CENPA-CAD centromere complex subunit / CENP-A-nucleosome distal (CAD) centromere subunit, CENP-P / CENP-A nucleosome associated complex (NAC) subunit / Centromere protein H, C-terminal / Centromere protein Cenp-M / Centromere protein Cenp-K / Centromere protein H (CENP-H) / Centromere protein M (CENP-M) / Centromere-associated protein K / Centromere protein I / Mis6 / Centromere protein X / CENP-S/Mhf1 / CENP-S associating Centromere protein X / CENP-S protein / CENP-C, middle DNMT3B-binding domain / Centromere assembly component CENP-C middle DNMT3B-binding region / Centromere protein O / Cenp-O kinetochore centromere component / Kinetochore assembly subunit CENP-C, N-terminal domain / Kinetochore assembly subunit CENP-C N-terminal / Mif2/CENP-C cupin domain / Centromere protein C/Mif2/cnp3 / Mif2/CENP-C like / Centromere protein Chl4/mis15/CENP-N / Kinetochore protein CHL4 like / RmlC-like cupin domain superfamily / Histone H2B signature. / ヒストンH2B / ヒストンH2B / Histone H2A conserved site / Histone H2A signature. / Histone H2A, C-terminal domain / C-terminus of histone H2A / ヒストンH2A / Histone 2A / RmlC-like jelly roll fold / Histone H4, conserved site / Histone H4 signature. / ヒストンH4 / ヒストンH4 / CENP-T/Histone H4, histone fold / Centromere kinetochore component CENP-T histone fold / TATA box binding protein associated factor / TATA box binding protein associated factor (TAF), histone-like fold domain / Histone H3 signature 2. / ヒストンH3 / Histone H3/CENP-A / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Centromere protein X / Histone H3-like centromeric protein A / ヒストンH4 / Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / Centromere protein C / Centromere protein R / Centromere protein W / Centromere protein P / Centromere protein U / Centromere protein Q ...Centromere protein X / Histone H3-like centromeric protein A / ヒストンH4 / Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / Centromere protein C / Centromere protein R / Centromere protein W / Centromere protein P / Centromere protein U / Centromere protein Q / Centromere protein L / Centromere protein S / Centromere protein I / Histone H2A type 1-C / Centromere protein T / Centromere protein N / Centromere protein K / Centromere protein O / Centromere protein H / Centromere protein M
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 12.0 Å
データ登録者Yatskevich S / Muir KW / Bellini D / Zhang Z / Yang J / Tischer T / Predin M / Dendooven T / McLaughlin SH / Barford D
資金援助 英国, ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
Cancer Research UK 英国
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF) ドイツ
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) 英国
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structure of the human inner kinetochore bound to a centromeric CENP-A nucleosome.
著者: Stanislau Yatskevich / Kyle W Muir / Dom Bellini / Ziguo Zhang / Jing Yang / Thomas Tischer / Masa Predin / Tom Dendooven / Stephen H McLaughlin / David Barford /
要旨: Kinetochores assemble onto specialized centromeric CENP-A (centromere protein A) nucleosomes (CENP-A) to mediate attachments between chromosomes and the mitotic spindle. We describe cryo-electron ...Kinetochores assemble onto specialized centromeric CENP-A (centromere protein A) nucleosomes (CENP-A) to mediate attachments between chromosomes and the mitotic spindle. We describe cryo-electron microscopy structures of the human inner kinetochore constitutive centromere associated network (CCAN) complex bound to CENP-A reconstituted onto α-satellite DNA. CCAN forms edge-on contacts with CENP-A, and a linker DNA segment of the α-satellite repeat emerges from the fully wrapped end of the nucleosome to thread through the central CENP-LN channel that tightly grips the DNA. The CENP-TWSX histone-fold module further augments DNA binding and partially wraps the linker DNA in a manner reminiscent of canonical nucleosomes. Our study suggests that the topological entrapment of the linker DNA by CCAN provides a robust mechanism by which kinetochores withstand both pushing and pulling forces exerted by the mitotic spindle.
履歴
登録2022年2月14日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年5月18日-
マップ公開2022年5月18日-
更新2022年6月1日-
現状2022年6月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14351.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14351.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 18.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈Local resolution filtered cryosparc homogeneous refinement map
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.72 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.3
最小 - 最大-0.3765454 - 2.0383599
平均 (標準偏差)0.041697286 (±0.1794751)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ170170170
Spacing170170170
セルA=B=C: 292.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : CCAN-CENP-A inner centromere complex

全体名称: CCAN-CENP-A inner centromere complex
要素
  • 複合体: CCAN-CENP-A inner centromere complex
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Hセントロメア
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Iセントロメア
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Kセントロメア
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Lセントロメア
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein MCENPM
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Nセントロメア
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein OCENPO
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Qセントロメア
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Uセントロメア
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Pセントロメア
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Rセントロメア
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Tセントロメア
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Wセントロメア
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Sセントロメア
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Xセントロメア
    • DNA: DNA (171-MER)
    • DNA: DNA (171-MER)
    • タンパク質・ペプチド: Histone H3-like centromeric protein A
    • タンパク質・ペプチド: Histone H4ヒストンH4
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2A type 1-C
    • タンパク質・ペプチド: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Cセントロメア

+
超分子 #1: CCAN-CENP-A inner centromere complex

超分子名称: CCAN-CENP-A inner centromere complex / タイプ: complex / キメラ: Yes / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#22

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分子 #1: Centromere protein H

分子名称: Centromere protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.520941 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEEQPQMQDA DEPADSGGEG RAGGPPQVAG AQAACSEDRM TLLLRLRAQT KQQLLEYKSM VDASEEKTPE QIMQEKQIEA KIEDLENEI EEVKVAFEIK KLALDRMRLS TALKKNLEKI SRQSSVLMDN MKHLLELNKL IMKSQQESWD LEEKLLDIRK K RLQLKQAS ...文字列:
MEEQPQMQDA DEPADSGGEG RAGGPPQVAG AQAACSEDRM TLLLRLRAQT KQQLLEYKSM VDASEEKTPE QIMQEKQIEA KIEDLENEI EEVKVAFEIK KLALDRMRLS TALKKNLEKI SRQSSVLMDN MKHLLELNKL IMKSQQESWD LEEKLLDIRK K RLQLKQAS ESKLLEIQTE KNKQKIDLDS MENSERIKII RQNLQMEIKI TTVIQHVFQN LILGSKVNWA EDPALKEIVL QL EKNVDMM

+
分子 #2: Centromere protein I

分子名称: Centromere protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 86.820188 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSPQKRVKNV QAQNRTSQGS SSFQTTLSAW KVKQDPSNSK NISKHGQNNP VGDYEHADDQ AEEDALQMAV GYFEKGPIKA SQNKDKTLE KHLKTVENVA WKNGLASEEI DILLNIALSG KFGNAVNTRI LKCMIPATVI SEDSVVKAVS WLCVGKCSGS T KVLFYRWL ...文字列:
MSPQKRVKNV QAQNRTSQGS SSFQTTLSAW KVKQDPSNSK NISKHGQNNP VGDYEHADDQ AEEDALQMAV GYFEKGPIKA SQNKDKTLE KHLKTVENVA WKNGLASEEI DILLNIALSG KFGNAVNTRI LKCMIPATVI SEDSVVKAVS WLCVGKCSGS T KVLFYRWL VAMFDFIDRK EQINLLYGFF FASLQDDALC PYVCHLLYLL TKKENVKPFR VRKLLDLQAK MGMQPHLQAL LS LYKFFAP ALISVSLPVR KKIYFKNSEN LWKTALLAVK QRNRGPSPEP LKLMLGPANV RPLKRKWNSL SVIPVLNSSS YTK ECGKKE MSLSDCLNRS GSFPLEQLQS FPQLLQNIHC LELPSQMGSV LNNSLLLHYI NCVRDEPVLL RFYYWLSQTL QEEC IWYKV NNYEHGKEFT NFLDTIIRAE CFLQEGFYSC EAFLYKSLPL WDGLCCRSQF LQLVSWIPFS SFSEVKPLLF DHLAQ LFFT STIYFKCSVL QSLKELLQNW LLWLSMDIHM KPVTNSPLET TLGGSMNSVS KLIHYVGWLS TTAMRLESNN TFLLHF ILD FYEKVCDIYI NYNLPLVVLF PPGIFYSALL SLDTSILNQL CFIMHRYRKN LTAAKKNELV QKTKSEFNFS SKTYQEF NH YLTSMVGCLW TSKPFGKGIY IDPEILEKTG VAEYKNSLNV VHHPSFLSYA VSFLLQESPE ERTVNVSSIR GKKWSWYL D YLFSQGLQGL KLFIRSSVHH SSIPRAEGIN CNNQY

+
分子 #3: Centromere protein K

分子名称: Centromere protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.69607 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MNQEDLDPDS TTDVGDVTNT EEELIRECEE MWKDMEECQN KLSLIGTETL TDSNAQLSLL IMQVKCLTAE LSQWQKKTPE TIPLTEDVL ITLGKEEFQK LRQDLEMVLS TKESKNEKLK EDLEREQRWL DEQQQIMESL NVLHSELKNK VETFSESRIF N ELKTKMLN ...文字列:
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+
分子 #4: Centromere protein L

分子名称: Centromere protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.039641 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDSYSAPEST PSASSRPEDY FIGATPLQKR LESVRKQSSF ILTPPRRKIP QCSQLQEDVD PQKVAFLLHK QWTLYSLTPL YKFSYSNLK EYSRLLNAFI VAEKQKGLAV EVGEDFNIKV IFSTLLGMKG TQRDPEAFLV QIVSKSQLPS ENREGKVLWT G WFCCVFGD ...文字列:
MDSYSAPEST PSASSRPEDY FIGATPLQKR LESVRKQSSF ILTPPRRKIP QCSQLQEDVD PQKVAFLLHK QWTLYSLTPL YKFSYSNLK EYSRLLNAFI VAEKQKGLAV EVGEDFNIKV IFSTLLGMKG TQRDPEAFLV QIVSKSQLPS ENREGKVLWT G WFCCVFGD SLLETVSEDF TCLPLFLANG AESNTAIIGT WFQKTFDCYF SPLAINAFNL SWMAAMWTAC KMDHYVATTE FL WSVPCSP QSLDISFAIH PEDAKALWDS VHKTPGEVTQ EEVDLFMDCL YSHFHRHFKI HLSATRLVRV STSVASAHTD GKI KILCHK YLIGVLAYLT ELAIFQIE

+
分子 #5: Centromere protein M

分子名称: Centromere protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.761945 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MSVLRPLDKL PGLNTATILL VGTEDALLQQ LADSMLKEDC ASELKVHLAK SLPLPSSVNR PRIDLIVFVV NLHSKYSLQN TEESLRHVD ASFFLGKVCF LATGAGRESH CSIHRHTVVK LAHTYQSPLL YCDLEVEGFR ATMAQRLVRV LQICAGHVPG V SALNLLSL LRSSEGPSLE DL

+
分子 #6: Centromere protein N

分子名称: Centromere protein N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.609551 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDETVAEFIK RTILKIPMNE LTTILKAWDF LSENQLQTVN FRQRKESVVQ HLIHLCEEKR ASISDAALLD IIYMQFHQHQ KVWEVFQMS KGPGEDVDLF DMKQFKNSFK KILQRALKNV TVSFRETEEN AVWIRIAWGT QYTKPNQYKP TYVVYYSQTP Y AFTSSSML ...文字列:
MDETVAEFIK RTILKIPMNE LTTILKAWDF LSENQLQTVN FRQRKESVVQ HLIHLCEEKR ASISDAALLD IIYMQFHQHQ KVWEVFQMS KGPGEDVDLF DMKQFKNSFK KILQRALKNV TVSFRETEEN AVWIRIAWGT QYTKPNQYKP TYVVYYSQTP Y AFTSSSML RRNTPLLGQA LTIASKHHQI VKMDLRSRYL DSLKAIVFKQ YNQTFETHNS TTPLQERSLG LDINMDSRII HE NIVEKER VQRITQETFG DYPQPQLEFA QYKLETKFKS GLNGSILAER EEPLRCLIKF SSPHLLEALK SLAPAGIADA PLS PLLTCI PNKRMNYFKI RDK

+
分子 #7: Centromere protein O

分子名称: Centromere protein O / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.830637 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEQANPLRPD GESKGGVLAH LERLETQVSR SRKQSEELQS VQAQEGALGT KIHKLRRLRD ELRAVVRHRR ASVKACIANV EPNQTVEIN EQEALEEKLE NVKAILQAYH FTGLSGKLTS RGVCVCISTA FEGNLLDSYF VDLVIQKPLR IHHHSVPVFI P LEEIAAKY ...文字列:
MEQANPLRPD GESKGGVLAH LERLETQVSR SRKQSEELQS VQAQEGALGT KIHKLRRLRD ELRAVVRHRR ASVKACIANV EPNQTVEIN EQEALEEKLE NVKAILQAYH FTGLSGKLTS RGVCVCISTA FEGNLLDSYF VDLVIQKPLR IHHHSVPVFI P LEEIAAKY LQTNIQHFLF SLCEYLNAYS GRKYQADRLQ SDFAALLTGP LQRNPLCNLL SFTYKLDPGG QSFPFCARLL YK DLTATLP TDVTVTCQGV EVLSTSWEEQ RASHETLFCT KPLHQVFASF TRKGEKLDMS LVS

+
分子 #8: Centromere protein Q

分子名称: Centromere protein Q / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.648375 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSGKANASKK NAQQLKRNPK RKKDNEEVVL SENKVRNTVK KNKNHLKDLS SEGQTKHTNL KHGKTAASKR KTWQPLSKST RDHLQTMME SVIMTILSNS IKEKEEIQYH LNFLKKRLLQ QCETLKVPPK KMEDLTNVSS LLNMERARDK ANEEGLALLQ E EIDKMVET ...文字列:
MSGKANASKK NAQQLKRNPK RKKDNEEVVL SENKVRNTVK KNKNHLKDLS SEGQTKHTNL KHGKTAASKR KTWQPLSKST RDHLQTMME SVIMTILSNS IKEKEEIQYH LNFLKKRLLQ QCETLKVPPK KMEDLTNVSS LLNMERARDK ANEEGLALLQ E EIDKMVET TELMTGNIQS LKNKIQILAS EVEEEEERVK QMHQINSSGV LSLPELSQKT LKAPTLQKEI LALIPNQNAL LK DLDILHN SSQMKSMSTF IEEAYKKLDA S

+
分子 #9: Centromere protein U

分子名称: Centromere protein U / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.609766 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
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MAPRGRRRPR PHRSEGARRS KNTLERTHSM KDKAGQKCKP IDVFDFPDNS DVSSIGRLGE NEKDEETYET FDPPLHSTAI YADEEEFSK HCGLSLSSTP PGKEAKRSSD TSGNEASEIE SVKISAKKPG RKLRPISDDS ESIEESDTRR KVKSAEKIST Q RHEVIRTT ASSELSEKPA ESVTSKKTGP LSAQPSVEKE NLAIESQSKT QKKGKISHDK RKKSRSKAIG SDTSDIVHIW CP EGMKTSD IKELNIVLPE FEKTHLEHQQ RIESKVCKAA IATFYVNVKE QFIKMLKESQ MLTNLKRKNA KMISDIEKKR QRM IEVQDE LLRLEPQLKQ LQTKYDELKE RKSSLRNAAY FLSNLKQLYQ DYSDVQAQEP NVKETYDSSS LPALLFKART LLGA ESHLR NINHQLEKLL DQG

+
分子 #10: Centromere protein P

分子名称: Centromere protein P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.210949 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDAELAEVRA LQAEIAALRR ACEDPPAPWE EKSRVQKSFQ AIHQFNLEGW KSSKDLKNQL GHLESELSFL STLTGINIRN HSKQTEDLT STEMTEKSIR KVLQRHRLSG NCHMVTFQLE FQILEIQNKE RLSSAVTDLN IIMEPTECSE LSEFVSRAEE R KDLFMFFR ...文字列:
MDAELAEVRA LQAEIAALRR ACEDPPAPWE EKSRVQKSFQ AIHQFNLEGW KSSKDLKNQL GHLESELSFL STLTGINIRN HSKQTEDLT STEMTEKSIR KVLQRHRLSG NCHMVTFQLE FQILEIQNKE RLSSAVTDLN IIMEPTECSE LSEFVSRAEE R KDLFMFFR SLHFFVEWFE YRKRTFKHLK EKYPDAVYLS EGPSSCSMGI RSASRPGFEL VIVWRIQIDE DGKVFPKLDL LT KVPQRAL ELDKNRAIET APLSFRTLVG LLGIEAALES LIKSLCAEEN N

+
分子 #11: Centromere protein R

分子名称: Centromere protein R / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.228297 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MPVKRSLKLD GLLEENSFDP SKITRKKSVI TYSPTTGTCQ MSLFASPTSS EEQKHRNGLS NEKRKKLNHP SLTESKESTT KDNDEFMML LSKVEKLSEE IMEIMQNLSS IQALEGSREL ENLIGISCAS HFLKREMQKT KELMTKVNKQ KLFEKSTGLP H KASRHLDS YEFLKAILN

+
分子 #12: Centromere protein T

分子名称: Centromere protein T / タイプ: protein_or_peptide / ID: 12 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 60.502613 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
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MADHNPDSDS TPRTLLRRVL DTADPRTPRR PRSARAGARR ALLETASPRK LSGQTRTIAR GRSHGARSVG RSAHIQASGH LEEQTPRTL LKNILLTAPE SSILMPESVV KPVPAPQAVQ PSRQESSCGS LELQLPELEP PTTLAPGLLA PGRRKQRLRL S VFQQGVDQ GLSLSQEPQG NADASSLTRS LNLTFATPLQ PQSVQRPGLA RRPPARRAVD VGAFLRDLRD TSLAPPNIVL ED TQPFSQP MVGSPNVYHS LPCTPHTGAE DAEQAAGRKT QSSGPGLQKN SPGKPAQFLA GEAEEVNAFA LGFLSTSSGV SGE DEVEPL HDGVEEAEKK MEEEGVSVSE MEATGAQGPS RVEEAEGHTE VTEAEGSQGT AEADGPGASS GDEDASGRAA SPES ASSTP ESLQARRHHQ FLEPAPAPGA AVLSSEPAEP LLVRHPPRPR TTGPRPRQDP HKAGLSHYVK LFSFYAKMPM ERKAL EMVE KCLDKYFQHL CDDLEVFAAH AGRKTVKPED LELLMRRQGL VTDQVSLHVL VERHLPLEYR QLLIPCAYSG NSVFPA Q

+
分子 #13: Centromere protein W

分子名称: Centromere protein W / タイプ: protein_or_peptide / ID: 13 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 10.087236 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MALSTIVSQR KQIKRKAPRG FLKRVFKRKK PQLRLEKSGD LLVHLNCLLF VHRLAEESRT NACASKCRVI NKEHVLAAAK VILKKSRG

+
分子 #14: Centromere protein S

分子名称: Centromere protein S / タイプ: protein_or_peptide / ID: 14 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 15.917875 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MEEEAETEEQ QRFSYQQRLK AAVHYTVGCL CEEVALDKEM QFSKQTIAAI SELTFRQCEN FAKDLEMFAR HAKRTTINTE DVKLLARRS NSLLKYITDK SEEIAQINLE RKAQKKKKSE DGSKNSRQPA EAGVVESEN

+
分子 #15: Centromere protein X

分子名称: Centromere protein X / タイプ: protein_or_peptide / ID: 15 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 8.972415 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MEGAGAGSGF RKELVSRLLH LHFKDDKTKV SGDALQLMVE LLKVFVVEAA VRGVRQAQAE DALRVDVDQL EKVLPQLLLD F

+
分子 #18: Histone H3-like centromeric protein A

分子名称: Histone H3-like centromeric protein A / タイプ: protein_or_peptide / ID: 18 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 16.02363 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MGPRRRSRKP EAPRRRSPSP TPTPGPSRRG PSLGASSHQH SRRRQGWLKE IRKLQKSTHL LIRKLPFSRL AREICVKFTR GVDFNWQAQ ALLALQEAAE AFLVHLFEDA YLLTLHAGRV TLFPKDVQLA RRIRGLEEGL G

+
分子 #19: Histone H4

分子名称: Histone H4 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 19 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 11.394426 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKGGKG LGKGGAKRHR KVLRDNIQGI TKPAIRRLAR RGGVKRISGL IYEETRGVLK VFLENVIRDA VTYTEHAKRK TVTAMDVVY ALKRQGRTLY GFGG

+
分子 #20: Histone H2A type 1-C

分子名称: Histone H2A type 1-C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 20 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 14.135523 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MSGRGKQGGK ARAKAKSRSS RAGLQFPVGR VHRLLRKGNY AERVGAGAPV YLAAVLEYLT AEILELAGNA ARDNKKTRII PRHLQLAIR NDEELNKLLG RVTIAQGGVL PNIQAVLLPK KTESHHKAKG K

+
分子 #21: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I

分子名称: Histone H2B type 1-C/E/F/G/I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 21 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 13.937213 KDa
組換発現生物種: Escherichia coli (大腸菌)
配列文字列:
MPEPAKSAPA PKKGSKKAVT KAQKKDGKKR KRSRKESYSV YVYKVLKQVH PDTGISSKAM GIMNSFVNDI FERIAGEASR LAHYNKRST ITSREIQTAV RLLLPGELAK HAVSEGTKAV TKYTSSK

+
分子 #22: Centromere protein C

分子名称: Centromere protein C / タイプ: protein_or_peptide / ID: 22 / コピー数: 2 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 61.856004 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAASGLDHLK NGYRRRFCRP SRARDINTEQ GQNVLEILQD CFEEKSLAND FSTNSTKSVP NSTRKIKDTC IQSPSKECQK SHPKSVPVS SKKKEASLQF VVEPSEATNR SVQAHEVHQK ILATDVSSKN TPDSKKISSR NINDHHSEAD EEFYLSVGSP S VLLDAKTS ...文字列:
MAASGLDHLK NGYRRRFCRP SRARDINTEQ GQNVLEILQD CFEEKSLAND FSTNSTKSVP NSTRKIKDTC IQSPSKECQK SHPKSVPVS SKKKEASLQF VVEPSEATNR SVQAHEVHQK ILATDVSSKN TPDSKKISSR NINDHHSEAD EEFYLSVGSP S VLLDAKTS VSQNVIPSSA QKRETYTFEN SVNMLPSSTE VSVKTKKRLN FDDKVMLKKI EIDNKVSDEE DKTSEGQERK PS GSSQNRI RDSEYEIQRQ AKKSFSTLFL ETVKRKSESS PIVRHAATAP PHSCPPDDTK LIEDEFIIDE SDQSFASRSW ITI PRKAGS LKQRTISPAE STALLQGRKS REKHHNILPK TLANDKHSHK PHPVETSQPS DKTVLDTSYA LIGETVNNYR STKY EMYSK NAEKPSRSKR TIKQKQRRKF MAKPAEEQLD VGQSKDENIH TSHITQDEFQ RNSDRNMEEH EEMGNDCVSK KQMPP VGSK KSSTRKDKEE SKKKRFSSES KNKLVPEEVT STVTKSRRIS RRPSDWWVVK SEESPVYSNS

+
分子 #16: DNA (171-MER)

分子名称: DNA (171-MER) / タイプ: dna / ID: 16 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.725812 KDa
配列文字列: (DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA) (DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT) (DC) (DA)(DA)(DA)(DA)(DC) ...文字列:
(DT)(DC)(DC)(DA)(DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DC) (DC)(DA)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA)(DG)(DA) (DT)(DA)(DC)(DT)(DA)(DC)(DA)(DA)(DA) (DA)(DA)(DG)(DA)(DG)(DT)(DG)(DT)(DT)(DT) (DC) (DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT)(DG)(DC) (DT)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA)(DA)(DA)(DA) (DG)(DG) (DA)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC) (DA)(DA)(DC)(DT)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG)(DA) (DG)(DT)(DT) (DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC) (DA)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DC)(DA)(DC)(DA) (DT)(DA)(DG)(DA) (DA)(DG)(DT)(DT)(DT) (DC)(DT)(DG)(DA)(DG)(DA)(DA)(DT)(DG)(DC) (DT)(DT)(DC)(DT)(DG) (DT)(DC)(DT)(DA) (DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT) (DG)(DA)(DA)(DC)(DA)(DT) (DA)(DT)(DT) (DC)(DC)(DC)(DG)(DT)(DT)(DT)(DC)(DC)(DA) (DA)(DC)(DG)(DA)(DA)(DG)(DG) (DC)(DC) (DT)(DC)(DA)(DA)(DA)(DG)(DC)(DG)(DG)

+
分子 #17: DNA (171-MER)

分子名称: DNA (171-MER) / タイプ: dna / ID: 17 / コピー数: 1 / 分類: DNA
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 52.822809 KDa
配列文字列: (DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DG) (DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA) (DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC) (DA) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA) ...文字列:
(DC)(DC)(DG)(DC)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DG) (DG)(DC)(DC)(DT)(DT)(DC)(DG)(DT)(DT)(DG) (DG)(DA)(DA)(DA)(DC)(DG)(DG)(DG)(DA) (DA)(DT)(DA)(DT)(DG)(DT)(DT)(DC)(DA)(DC) (DA) (DT)(DA)(DA)(DA)(DA)(DA)(DC)(DT) (DA)(DG)(DA)(DC)(DA)(DG)(DA)(DA)(DG)(DC) (DA)(DT) (DT)(DC)(DT)(DC)(DA)(DG)(DA) (DA)(DA)(DC)(DT)(DT)(DC)(DT)(DA)(DT)(DG) (DT)(DG)(DA) (DT)(DG)(DT)(DT)(DT)(DG) (DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DA)(DA)(DC)(DT)(DC) (DA)(DT)(DA)(DG) (DA)(DG)(DT)(DT)(DG) (DA)(DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DC)(DC)(DT)(DT) (DT)(DT)(DC)(DA)(DT) (DA)(DG)(DA)(DG) (DC)(DA)(DG)(DT)(DT)(DT)(DT)(DG)(DA)(DA) (DA)(DC)(DA)(DC)(DT)(DC) (DT)(DT)(DT) (DT)(DT)(DG)(DT)(DA)(DG)(DT)(DA)(DT)(DC) (DT)(DG)(DG)(DA)(DA)(DT)(DT) (DG)(DG) (DA)(DC)(DA)(DT)(DT)(DT)(DG)(DG)(DA)

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 2.6 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.2 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 40.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 12.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 20549
FSC曲線 (解像度の算出)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る