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万見
- EMDB-14091: Unique vertex of the phicrAss001 virion -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-14091
タイトルUnique vertex of the phicrAss001 virion
マップデータ
試料
  • ウイルス: Bacteroides phage crAss001 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein gp32
    • タンパク質・ペプチド: Auxiliary capsid protein gp36
    • タンパク質・ペプチド: Portal vertex capsid protein gp57
    • タンパク質・ペプチド: Head fiber trimer protein gp21
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein gp20
    • タンパク質・ペプチド: Ring protein 1 gp43
    • タンパク質・ペプチド: Ring protein 2 gp40
    • タンパク質・ペプチド: Cargo protein 1 gp45貨物
  • リガンド: MAGNESIUM ION
機能・相同性
機能・相同性情報


viral capsid, decoration / virus tail / host cell membrane / virion component / カプシド / symbiont entry into host cell / virion attachment to host cell / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Bacteriophage B103, Gp8, head fibre / Head fiber protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Portal protein / Ring protein 2 / Ring protein 1 / Portal vertex auxiliary protein / Head fiber trimeric protein / Cargo protein 1 / Auxiliary capsid protein / Major capsid protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bacteroides phage crAss001 (ファージ)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.62 Å
データ登録者Bayfield OW / Shkoporov AN / Yutin N / Khokhlova EV / Smith JLR / Hawkins DEDP / Koonin EV / Hill C / Antson AA
資金援助 英国, 1件
OrganizationGrant number国
Wellcome Trust 英国
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2023
タイトル: Structural atlas of a human gut crassvirus.
著者: Oliver W Bayfield / Andrey N Shkoporov / Natalya Yutin / Ekaterina V Khokhlova / Jake L R Smith / Dorothy E D P Hawkins / Eugene V Koonin / Colin Hill / Alfred A Antson /
要旨: CrAssphage and related viruses of the order Crassvirales (hereafter referred to as crassviruses) were originally discovered by cross-assembly of metagenomic sequences. They are the most abundant ...CrAssphage and related viruses of the order Crassvirales (hereafter referred to as crassviruses) were originally discovered by cross-assembly of metagenomic sequences. They are the most abundant viruses in the human gut, are found in the majority of individual gut viromes, and account for up to 95% of the viral sequences in some individuals. Crassviruses are likely to have major roles in shaping the composition and functionality of the human microbiome, but the structures and roles of most of the virally encoded proteins are unknown, with only generic predictions resulting from bioinformatic analyses. Here we present a cryo-electron microscopy reconstruction of Bacteroides intestinalis virus ΦcrAss001, providing the structural basis for the functional assignment of most of its virion proteins. The muzzle protein forms an assembly about 1 MDa in size at the end of the tail and exhibits a previously unknown fold that we designate the 'crass fold', that is likely to serve as a gatekeeper that controls the ejection of cargos. In addition to packing the approximately 103 kb of virus DNA, the ΦcrAss001 virion has extensive storage space for virally encoded cargo proteins in the capsid and, unusually, within the tail. One of the cargo proteins is present in both the capsid and the tail, suggesting a general mechanism for protein ejection, which involves partial unfolding of proteins during their extrusion through the tail. These findings provide a structural basis for understanding the mechanisms of assembly and infection of these highly abundant crassviruses.
#1: ジャーナル: Res Sq / 年: 2023
タイトル: Structural atlas of the most abundant human gut virus
著者: Antson A / Bayfield O / Shkoporov A / Yutin N / Khokhlova E / Smith J / Hawkins D / Koonin E / Hill C
履歴
登録2021年12月24日-
ヘッダ(付随情報) 公開2023年3月29日-
マップ公開2023年3月29日-
更新2023年5月24日-
現状2023年5月24日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_14091.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_14091.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 89.2 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
ボクセルのサイズX=Y=Z: 1.3941 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.05
最小 - 最大-0.47797936 - 0.6281043
平均 (標準偏差)0.0040724836 (±0.03604266)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ286286286
Spacing286286286
セルA=B=C: 398.71204 Å
α=β=γ: 90.0 °

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添付データ

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追加マップ: #1

ファイルemd_14091_additional_1.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: #2

ファイルemd_14091_additional_2.map
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Bacteroides phage crAss001

全体名称: Bacteroides phage crAss001 (ファージ)
要素
  • ウイルス: Bacteroides phage crAss001 (ファージ)
    • タンパク質・ペプチド: Major capsid protein gp32
    • タンパク質・ペプチド: Auxiliary capsid protein gp36
    • タンパク質・ペプチド: Portal vertex capsid protein gp57
    • タンパク質・ペプチド: Head fiber trimer protein gp21
    • タンパク質・ペプチド: Portal protein gp20
    • タンパク質・ペプチド: Ring protein 1 gp43
    • タンパク質・ペプチド: Ring protein 2 gp40
    • タンパク質・ペプチド: Cargo protein 1 gp45貨物
  • リガンド: MAGNESIUM ION

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超分子 #1: Bacteroides phage crAss001

超分子名称: Bacteroides phage crAss001 / タイプ: virus / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#8 / NCBI-ID: 2301731 / 生物種: Bacteroides phage crAss001 / ウイルスタイプ: VIRION / ウイルス・単離状態: SPECIES / ウイルス・エンベロープ: No / ウイルス・中空状態: No

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分子 #1: Major capsid protein gp32

分子名称: Major capsid protein gp32 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 30 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides phage crAss001 (ファージ)
分子量理論値: 57.098598 KDa
配列文字列: MAGKLGKFQM LGFQHWKGLT SDNHLGAIFQ QAPQKATNLM VQLLAFYRGK SLDTFLNSFP TREFEDDNEY YWDVIGSSRR NIPLVEARD ENGVVVAANA ANVGVGTSPF YLVFPEDWFA DGEVIVGNLN QVYPFRILGD ARMEGTNAVY KVELMGGNTQ G VPAERLQQ ...文字列:
MAGKLGKFQM LGFQHWKGLT SDNHLGAIFQ QAPQKATNLM VQLLAFYRGK SLDTFLNSFP TREFEDDNEY YWDVIGSSRR NIPLVEARD ENGVVVAANA ANVGVGTSPF YLVFPEDWFA DGEVIVGNLN QVYPFRILGD ARMEGTNAVY KVELMGGNTQ G VPAERLQQ GERFSIEFAP VEKELSRKVG DVRFTSPVSM RNEWTTIRIQ HKVAGNKLNK KLAMGIPMVR NLESGKQVKD TA NMWMHYV DWEVELQFDE YKNNAMAWGT SNRNLNGEYM NFGKSGNAIK TGAGIFEQTE VANTMYYNTF SLKLLEDALY ELS ASKLAM DDRLFVIKTG ERGAIQFHKE VLKTVSGWTT FVLDNNSTRV VEKVQSRLHS NALSAGFQFV EYKAPNGVRV RLDV DPFYD DPVRNKILHP MGGVAFSYRY DIWYIGTMDQ PNIFKCKIKG DNEYRGYQWG IRNPFTGQKG NPYMSFDEDS AVIHR MATL GVCVLDPTRT MSLIPAILQG

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分子 #2: Auxiliary capsid protein gp36

分子名称: Auxiliary capsid protein gp36 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 25 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides phage crAss001 (ファージ)
分子量理論値: 36.154094 KDa
配列文字列: MVISINQVRQ LYVAKALKAN TAALTTAGDI VPKADTAKTT LYFQSMSPAG IVASDKINLK HVLYAKATPS EALAHKLVRY SVTLDADVS ATPVAGQNYI LRLAFRQYIG LSEEDQYFKY GEVIARSGMT ASDFYKKMAI SLAKNLENKT ESTPLVNIYL I SAAAASTD ...文字列:
MVISINQVRQ LYVAKALKAN TAALTTAGDI VPKADTAKTT LYFQSMSPAG IVASDKINLK HVLYAKATPS EALAHKLVRY SVTLDADVS ATPVAGQNYI LRLAFRQYIG LSEEDQYFKY GEVIARSGMT ASDFYKKMAI SLAKNLENKT ESTPLVNIYL I SAAAASTD VPVTSATKES DLTATDYNQI IIEETEQPWV LGMMPQAFIP FTPQFLTITV DGEDRLWGVA TVVTPTKTVP DG HLIADLE YFCMGARGDI YRGMGYPNII KTTYLVDPGA VYDVLDIHYF YTGSNESVQK SEKTITLVAV DDGSHTAMNA LIG AINTAS GLTIATL

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分子 #3: Portal vertex capsid protein gp57

分子名称: Portal vertex capsid protein gp57 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 10 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides phage crAss001 (ファージ)
分子量理論値: 11.32708 KDa
配列文字列:
MAGQQGIYCA PDNIVPNRDR VDVGCAPDGA MQLWVMEYEV TGIGKGCAMC KAINPQQAEM LLKSNGIYNG SSYLYKVTRI EQVIVPPCN GLMAEQVVTY KDVVS

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分子 #4: Head fiber trimer protein gp21

分子名称: Head fiber trimer protein gp21 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 15 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides phage crAss001 (ファージ)
分子量理論値: 10.294763 KDa
配列文字列:
MKTLRTLKIS PNAPDINSVW LYKGTMKYFN NGEWETIGGE SEPYVLPAAT TSTIGGVKKA TNVGNLATGA ELATVVTKVN AILSALKVA DIMVEDAN

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分子 #5: Portal protein gp20

分子名称: Portal protein gp20 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides phage crAss001 (ファージ)
分子量理論値: 93.122211 KDa
配列文字列: MADFLNFPRQ MLPFSKKTKQ WRKDCLLWAN QKTFFNYSLV RKSVIHKKIN YDLLNGRLHM SDLELVLNPD GIKAAYIPDR LQHYPIMNS KLNVLRGEES KRVFDFKVVV TNPNAISEIE DNKKNELLQR LQEMITDTSI SEDEYNIKLE KLNDYYTYEW Q DIREVRAN ...文字列:
MADFLNFPRQ MLPFSKKTKQ WRKDCLLWAN QKTFFNYSLV RKSVIHKKIN YDLLNGRLHM SDLELVLNPD GIKAAYIPDR LQHYPIMNS KLNVLRGEES KRVFDFKVVV TNPNAISEIE DNKKNELLQR LQEMITDTSI SEDEYNIKLE KLNDYYTYEW Q DIREVRAN ELLNHYIKEY DIPLIFNNGF MDAMTCGEEI YQCDIVGGEP VIERVNPLKI RIFKSGYSNK VEDADMIILE DY WSPGRVI DTYYDVLSPK DIKYIETMPD YIGQGAVDQM DNIDERYGFV NQNMIGDEIT VRDGTYFFDP ANLFTEGIAN SLL PYDLAG NLRVLRLYWK SKRKILKVKS YDPETGEEEW NFYPENYVVN KEAGEEVQSF WVNEAWEGTM IGNEIFVNMR PRLI QYNRL NNPSRCHFGI VGSIYNLNDS RPFSLVDMMK PYNYLYDAIH DRLNKAIASN WGSILELDLS KVPKGWDVGK WMYYA RVNH IAVIDSFKEG TIGASTGKLA GALNNAGKGM IETNIGNYIQ QQINLLEFIK MEMADVAGIS KQREGQISQR ETVGGV ERA TLQSSHITEW LFTIHDDVKK RALECFLETA KVALKGRNKK FQYILSDTST RVMEIDGDEF AEADYGLVVD NSNGTQE LQ QKLDTLAQAA LQTQTLSFST ITKLYTSSSL AEKQRLIEKD EKQIRERQAQ AQKEQLEAQQ QIAAMQQQQK EAELLQKE E ANIRDNQTKI IIAQIQSEGG PDEEDGIMID DYSPEAKANL AEKIREFDEK LKLDKDKLKL DKKKAETDAS IKRQALRKK SSTTNK

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分子 #6: Ring protein 1 gp43

分子名称: Ring protein 1 gp43 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides phage crAss001 (ファージ)
分子量理論値: 27.479625 KDa
配列文字列: MVNNINWVKL PVILDRLLRH PLLTDLNLET AIQYTLDFIS AMGLPNVYVD KIETIDIKEY RGELPCDLIS INQVRLHKNG IALRAMTDN FNAYPTHDHK EGDWYERGEP SFKTQGRVIF TSIKHEKVDI SYKAIMLDDE GLPLIPDNPI FLKTLELYIK K EWFTILFD ...文字列:
MVNNINWVKL PVILDRLLRH PLLTDLNLET AIQYTLDFIS AMGLPNVYVD KIETIDIKEY RGELPCDLIS INQVRLHKNG IALRAMTDN FNAYPTHDHK EGDWYERGEP SFKTQGRVIF TSIKHEKVDI SYKAIMLDDE GLPLIPDNPI FLKTLELYIK K EWFTILFD MGKISPAVLN NTQQEYAFKA GQCNNEFVIP SVSEMEAITN MWNQLIPRVT EFRRGFKNLG DKEYIRVH

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分子 #7: Ring protein 2 gp40

分子名称: Ring protein 2 gp40 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 12 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides phage crAss001 (ファージ)
分子量理論値: 26.216832 KDa
配列文字列: MTYNELIYMV LDELKLSSDD SYYTPDHVIF LLVKYRSFLL KQRYSDIKKQ IPDSDYQSIC LDLIEVPAIS GEPCEGSSYL RSKNKVPTT MMIGNPRVYP MDFYQGEITY ISRDRMRYVG YNKFLRNIIY CSKAPDGYLY FKSWNPQFLH LEKVSFNAIF E DAKEASEM ...文字列:
MTYNELIYMV LDELKLSSDD SYYTPDHVIF LLVKYRSFLL KQRYSDIKKQ IPDSDYQSIC LDLIEVPAIS GEPCEGSSYL RSKNKVPTT MMIGNPRVYP MDFYQGEITY ISRDRMRYVG YNKFLRNIIY CSKAPDGYLY FKSWNPQFLH LEKVSFNAIF E DAKEASEM ACPEENGTIC KLEDKEFPIE DALVPPLIEL VVKELRGPEY SPKDEDNNAK DDLPDAR

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分子 #8: Cargo protein 1 gp45

分子名称: Cargo protein 1 gp45 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 24 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Bacteroides phage crAss001 (ファージ)
分子量理論値: 90.913836 KDa
配列文字列: MAKKKIKRRG KMPPNIFDTG GQSWGQQSSG QFSNAFKGEN LGNSIGSIGG AVGGIAQAGI SNAQIADTSG IEAQNKAQKN MVVGASSND DLMSEWGSWN KVKDDYSWKD VRGGSTGQRV TNTIGAAGQG AAAGASVGGP IGAIVGGVVG LGSAIGGWLG G NRKAKRKA ...文字列:
MAKKKIKRRG KMPPNIFDTG GQSWGQQSSG QFSNAFKGEN LGNSIGSIGG AVGGIAQAGI SNAQIADTSG IEAQNKAQKN MVVGASSND DLMSEWGSWN KVKDDYSWKD VRGGSTGQRV TNTIGAAGQG AAAGASVGGP IGAIVGGVVG LGSAIGGWLG G NRKAKRKA KKLNKEAKEA NERALTSFET RADNIDTQND FNMLANFSAY GGPLEFGSGA IGYEFDNRYL NNQEMSAVAK QR LTSLPNS FQALPEMNTY NAFAEGGGLS REKNYGSKKK PYPSVPSGDF AGPHRSYPIP TKADARDALR LAGLHGNESV RRK VLAKYP SLKAFGGSLF DSVVGNNFNQ SFTQGIQGMF QQEPEQTVQA ANIAKDGGDI KIKEKNKGKF TAYCGGKVTE ACIR KGKNS SNPTTRKRAT FAQNARNWNA FGGWLNTQGG DFTNGVTFIN EGGSHEENPY QGIQIGVDPE GAPNLVEQGE VVYDD YVFS DRMEIPDDIR KEYKLRGKTF AKAAKSAQRE SEERPNDPLS TKGLQAAMER IATAQEEARQ RKEAHREGNE YPSMFA YGG DTNPYGLALE DPMSVEELEA LMVQSGETGE IAPEGNNGNR QTWTRYAPII GSGLASLSDL FSKPDYDSAD LISGVDL GA EAVGYAPIGN YLSYRPLDRD FYINKMNQQA AATRRGLMNT SGGNRLNAQA GILAADYNYG QNMGNLARQA EEYNQQLR E RVEAFNRGTN MFNTETGLKA SMFNAESRNA AKRARLGQAT TVAQLRQGIK DQDAARRSAN ITNFLQGLGD MGWENEQAN WLDTLAKSGV LKMNTKGEYT GGTKKAKGGK VRTKKKKGLT YG

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分子 #9: MAGNESIUM ION

分子名称: MAGNESIUM ION / タイプ: ligand / ID: 9 / コピー数: 27 / 式: MG
分子量理論値: 24.305 Da

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.5
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 0.3 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k)
検出モード: INTEGRATING / 平均電子線量: 51.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

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画像解析

初期 角度割当タイプ: OTHER
最終 角度割当タイプ: OTHER / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1)
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C1 (非対称) / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.62 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: RELION (ver. 3.1) / 使用した粒子像数: 122709
FSC曲線 (解像度の算出)

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原子モデル構築 1

精密化空間: REAL / プロトコル: AB INITIO MODEL / 温度因子: 160
得られたモデル

PDB-7qoi:
Unique vertex of the phicrAss001 virion

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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