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- EMDB-13473: Structure of the human CCAN deltaCT complex -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-13473
タイトルStructure of the human CCAN deltaCT complex
マップデータ3D consensus refinement
試料
  • 複合体: Human inner kinetochore CCAN
    • タンパク質・ペプチド: x 11種
  • リガンド: x 1種
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of protein localization to kinetochore / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / kinetochore organization / metaphase chromosome alignment / inner kinetochore / kinetochore binding / sex differentiation / CENP-A containing chromatin assembly / chordate embryonic development ...positive regulation of protein localization to kinetochore / Mis6-Sim4 complex / centromere complex assembly / kinetochore organization / metaphase chromosome alignment / inner kinetochore / kinetochore binding / sex differentiation / CENP-A containing chromatin assembly / chordate embryonic development / negative regulation of epithelial cell apoptotic process / kinetochore assembly / mitotic sister chromatid segregation / centriolar satellite / Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / Mitotic Prometaphase / EML4 and NUDC in mitotic spindle formation / Deposition of new CENPA-containing nucleosomes at the centromere / Resolution of Sister Chromatid Cohesion / NRIF signals cell death from the nucleus / mitotic spindle organization / positive regulation of epithelial cell proliferation / chromosome segregation / RHO GTPases Activate Formins / 動原体 / Separation of Sister Chromatids / マイクロフィラメント / 染色体 / nuclear body / 細胞接着 / 細胞分裂 / apoptotic process / 核小体 / regulation of DNA-templated transcription / シグナル伝達 / 核質 / 生体膜 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Centromere subunit L / Kinetochore complex Sim4 subunit Fta1 / Centromere protein R / Centromere protein Q / Centromere protein U / Centromere protein P / Centromere protein H / Kinetochore component, CENP-R / CENP-Q, a CENPA-CAD centromere complex subunit / CENP-A-nucleosome distal (CAD) centromere subunit, CENP-P ...Centromere subunit L / Kinetochore complex Sim4 subunit Fta1 / Centromere protein R / Centromere protein Q / Centromere protein U / Centromere protein P / Centromere protein H / Kinetochore component, CENP-R / CENP-Q, a CENPA-CAD centromere complex subunit / CENP-A-nucleosome distal (CAD) centromere subunit, CENP-P / CENP-A nucleosome associated complex (NAC) subunit / Centromere protein H, C-terminal / Centromere protein Cenp-M / Centromere protein Cenp-K / Centromere protein H (CENP-H) / Centromere protein M (CENP-M) / Centromere-associated protein K / Centromere protein I / Mis6 / Centromere protein O / Cenp-O kinetochore centromere component / Centromere protein Chl4/mis15/CENP-N / Kinetochore protein CHL4 like / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Centromere protein R / Centromere protein P / Centromere protein U / Centromere protein Q / Centromere protein L / Centromere protein I / Centromere protein N / Centromere protein K / Centromere protein O / Centromere protein H / Centromere protein M
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Muir KW / Yatskevich S / Bellini D / Barford D
資金援助 ドイツ, 3件
OrganizationGrant number国
Cancer Research UK ドイツ
Medical Research Council (MRC, United Kingdom) ドイツ
Boehringer Ingelheim Fonds (BIF) ドイツ
引用ジャーナル: Science / 年: 2022
タイトル: Structure of the human inner kinetochore bound to a centromeric CENP-A nucleosome.
著者: Stanislau Yatskevich / Kyle W Muir / Dom Bellini / Ziguo Zhang / Jing Yang / Thomas Tischer / Masa Predin / Tom Dendooven / Stephen H McLaughlin / David Barford /
要旨: Kinetochores assemble onto specialized centromeric CENP-A (centromere protein A) nucleosomes (CENP-A) to mediate attachments between chromosomes and the mitotic spindle. We describe cryo-electron ...Kinetochores assemble onto specialized centromeric CENP-A (centromere protein A) nucleosomes (CENP-A) to mediate attachments between chromosomes and the mitotic spindle. We describe cryo-electron microscopy structures of the human inner kinetochore constitutive centromere associated network (CCAN) complex bound to CENP-A reconstituted onto α-satellite DNA. CCAN forms edge-on contacts with CENP-A, and a linker DNA segment of the α-satellite repeat emerges from the fully wrapped end of the nucleosome to thread through the central CENP-LN channel that tightly grips the DNA. The CENP-TWSX histone-fold module further augments DNA binding and partially wraps the linker DNA in a manner reminiscent of canonical nucleosomes. Our study suggests that the topological entrapment of the linker DNA by CCAN provides a robust mechanism by which kinetochores withstand both pushing and pulling forces exerted by the mitotic spindle.
履歴
登録2021年8月25日-
ヘッダ(付随情報) 公開2022年4月27日-
マップ公開2022年4月27日-
更新2022年6月1日-
現状2022年6月1日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

添付画像

emd_13473.png

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_13473.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 149.9 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈3D consensus refinement
ボクセルのサイズX=Y=Z: 0.86 Å
密度
表面レベル登録者による: 0.006
最小 - 最大-0.02176657 - 0.05729146
平均 (標準偏差)0.00015962121 (±0.0012562328)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ340340340
Spacing340340340
セルA=B=C: 292.4 Å
α=β=γ: 90.0 °

-
添付データ

-
追加マップ: HIKMLN body

ファイルemd_13473_additional_1.map
注釈HIKMLN body
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: OPQURN body

ファイルemd_13473_additional_2.map
注釈OPQURN body
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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追加マップ: OPQURN focused refinement

ファイルemd_13473_additional_3.map
注釈OPQURN focused refinement
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

-
追加マップ: Combined focused map from PHENIX

ファイルemd_13473_additional_4.map
注釈Combined focused map from PHENIX
投影像・断面図
軸ZYX

投影像

断面 (1/2)
密度ヒストグラム

ヒストグラム

ヒストグラム (対数)

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試料の構成要素

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全体 : Human inner kinetochore CCAN

全体名称: Human inner kinetochore CCAN
要素
  • 複合体: Human inner kinetochore CCAN
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Hセントロメア
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Iセントロメア
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Kセントロメア
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Lセントロメア
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein MCENPM
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Nセントロメア
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein OCENPO
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Pセントロメア
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Qセントロメア
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Uセントロメア
    • タンパク質・ペプチド: Centromere protein Rセントロメア
  • リガンド: water水

+
超分子 #1: Human inner kinetochore CCAN

超分子名称: Human inner kinetochore CCAN / タイプ: complex / ID: 1 / 親要素: 0 / 含まれる分子: #1-#11
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

+
分子 #1: Centromere protein H

分子名称: Centromere protein H / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 28.520941 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEEQPQMQDA DEPADSGGEG RAGGPPQVAG AQAACSEDRM TLLLRLRAQT KQQLLEYKSM VDASEEKTPE QIMQEKQIEA KIEDLENEI EEVKVAFEIK KLALDRMRLS TALKKNLEKI SRQSSVLMDN MKHLLELNKL IMKSQQESWD LEEKLLDIRK K RLQLKQAS ...文字列:
MEEQPQMQDA DEPADSGGEG RAGGPPQVAG AQAACSEDRM TLLLRLRAQT KQQLLEYKSM VDASEEKTPE QIMQEKQIEA KIEDLENEI EEVKVAFEIK KLALDRMRLS TALKKNLEKI SRQSSVLMDN MKHLLELNKL IMKSQQESWD LEEKLLDIRK K RLQLKQAS ESKLLEIQTE KNKQKIDLDS MENSERIKII RQNLQMEIKI TTVIQHVFQN LILGSKVNWA EDPALKEIVL QL EKNVDMM

+
分子 #2: Centromere protein I

分子名称: Centromere protein I / タイプ: protein_or_peptide / ID: 2 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 86.820188 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSPQKRVKNV QAQNRTSQGS SSFQTTLSAW KVKQDPSNSK NISKHGQNNP VGDYEHADDQ AEEDALQMAV GYFEKGPIKA SQNKDKTLE KHLKTVENVA WKNGLASEEI DILLNIALSG KFGNAVNTRI LKCMIPATVI SEDSVVKAVS WLCVGKCSGS T KVLFYRWL ...文字列:
MSPQKRVKNV QAQNRTSQGS SSFQTTLSAW KVKQDPSNSK NISKHGQNNP VGDYEHADDQ AEEDALQMAV GYFEKGPIKA SQNKDKTLE KHLKTVENVA WKNGLASEEI DILLNIALSG KFGNAVNTRI LKCMIPATVI SEDSVVKAVS WLCVGKCSGS T KVLFYRWL VAMFDFIDRK EQINLLYGFF FASLQDDALC PYVCHLLYLL TKKENVKPFR VRKLLDLQAK MGMQPHLQAL LS LYKFFAP ALISVSLPVR KKIYFKNSEN LWKTALLAVK QRNRGPSPEP LKLMLGPANV RPLKRKWNSL SVIPVLNSSS YTK ECGKKE MSLSDCLNRS GSFPLEQLQS FPQLLQNIHC LELPSQMGSV LNNSLLLHYI NCVRDEPVLL RFYYWLSQTL QEEC IWYKV NNYEHGKEFT NFLDTIIRAE CFLQEGFYSC EAFLYKSLPL WDGLCCRSQF LQLVSWIPFS SFSEVKPLLF DHLAQ LFFT STIYFKCSVL QSLKELLQNW LLWLSMDIHM KPVTNSPLET TLGGSMNSVS KLIHYVGWLS TTAMRLESNN TFLLHF ILD FYEKVCDIYI NYNLPLVVLF PPGIFYSALL SLDTSILNQL CFIMHRYRKN LTAAKKNELV QKTKSEFNFS SKTYQEF NH YLTSMVGCLW TSKPFGKGIY IDPEILEKTG VAEYKNSLNV VHHPSFLSYA VSFLLQESPE ERTVNVSSIR GKKWSWYL D YLFSQGLQGL KLFIRSSVHH SSIPRAEGIN CNNQY

+
分子 #3: Centromere protein K

分子名称: Centromere protein K / タイプ: protein_or_peptide / ID: 3 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 31.69607 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MNQEDLDPDS TTDVGDVTNT EEELIRECEE MWKDMEECQN KLSLIGTETL TDSNAQLSLL IMQVKCLTAE LSQWQKKTPE TIPLTEDVL ITLGKEEFQK LRQDLEMVLS TKESKNEKLK EDLEREQRWL DEQQQIMESL NVLHSELKNK VETFSESRIF N ELKTKMLN ...文字列:
MNQEDLDPDS TTDVGDVTNT EEELIRECEE MWKDMEECQN KLSLIGTETL TDSNAQLSLL IMQVKCLTAE LSQWQKKTPE TIPLTEDVL ITLGKEEFQK LRQDLEMVLS TKESKNEKLK EDLEREQRWL DEQQQIMESL NVLHSELKNK VETFSESRIF N ELKTKMLN IKEYKEKLLS TLGEFLEDHF PLPDRSVKKK KKNIQESSVN LITLHEMLEI LINRLFDVPH DPYVKISDSF WP PYVELLL RNGIALRHPE DPTRIRLEAF HQ

+
分子 #4: Centromere protein L

分子名称: Centromere protein L / タイプ: protein_or_peptide / ID: 4 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.039641 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDSYSAPEST PSASSRPEDY FIGATPLQKR LESVRKQSSF ILTPPRRKIP QCSQLQEDVD PQKVAFLLHK QWTLYSLTPL YKFSYSNLK EYSRLLNAFI VAEKQKGLAV EVGEDFNIKV IFSTLLGMKG TQRDPEAFLV QIVSKSQLPS ENREGKVLWT G WFCCVFGD ...文字列:
MDSYSAPEST PSASSRPEDY FIGATPLQKR LESVRKQSSF ILTPPRRKIP QCSQLQEDVD PQKVAFLLHK QWTLYSLTPL YKFSYSNLK EYSRLLNAFI VAEKQKGLAV EVGEDFNIKV IFSTLLGMKG TQRDPEAFLV QIVSKSQLPS ENREGKVLWT G WFCCVFGD SLLETVSEDF TCLPLFLANG AESNTAIIGT WFQKTFDCYF SPLAINAFNL SWMAAMWTAC KMDHYVATTE FL WSVPCSP QSLDISFAIH PEDAKALWDS VHKTPGEVTQ EEVDLFMDCL YSHFHRHFKI HLSATRLVRV STSVASAHTD GKI KILCHK YLIGVLAYLT ELAIFQIE

+
分子 #5: Centromere protein M

分子名称: Centromere protein M / タイプ: protein_or_peptide / ID: 5 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 19.761945 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MSVLRPLDKL PGLNTATILL VGTEDALLQQ LADSMLKEDC ASELKVHLAK SLPLPSSVNR PRIDLIVFVV NLHSKYSLQN TEESLRHVD ASFFLGKVCF LATGAGRESH CSIHRHTVVK LAHTYQSPLL YCDLEVEGFR ATMAQRLVRV LQICAGHVPG V SALNLLSL LRSSEGPSLE DL

+
分子 #6: Centromere protein N

分子名称: Centromere protein N / タイプ: protein_or_peptide / ID: 6 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 39.609551 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDETVAEFIK RTILKIPMNE LTTILKAWDF LSENQLQTVN FRQRKESVVQ HLIHLCEEKR ASISDAALLD IIYMQFHQHQ KVWEVFQMS KGPGEDVDLF DMKQFKNSFK KILQRALKNV TVSFRETEEN AVWIRIAWGT QYTKPNQYKP TYVVYYSQTP Y AFTSSSML ...文字列:
MDETVAEFIK RTILKIPMNE LTTILKAWDF LSENQLQTVN FRQRKESVVQ HLIHLCEEKR ASISDAALLD IIYMQFHQHQ KVWEVFQMS KGPGEDVDLF DMKQFKNSFK KILQRALKNV TVSFRETEEN AVWIRIAWGT QYTKPNQYKP TYVVYYSQTP Y AFTSSSML RRNTPLLGQA LTIASKHHQI VKMDLRSRYL DSLKAIVFKQ YNQTFETHNS TTPLQERSLG LDINMDSRII HE NIVEKER VQRITQETFG DYPQPQLEFA QYKLETKFKS GLNGSILAER EEPLRCLIKF SSPHLLEALK SLAPAGIADA PLS PLLTCI PNKRMNYFKI RDK

+
分子 #7: Centromere protein O

分子名称: Centromere protein O / タイプ: protein_or_peptide / ID: 7 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.830637 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MEQANPLRPD GESKGGVLAH LERLETQVSR SRKQSEELQS VQAQEGALGT KIHKLRRLRD ELRAVVRHRR ASVKACIANV EPNQTVEIN EQEALEEKLE NVKAILQAYH FTGLSGKLTS RGVCVCISTA FEGNLLDSYF VDLVIQKPLR IHHHSVPVFI P LEEIAAKY ...文字列:
MEQANPLRPD GESKGGVLAH LERLETQVSR SRKQSEELQS VQAQEGALGT KIHKLRRLRD ELRAVVRHRR ASVKACIANV EPNQTVEIN EQEALEEKLE NVKAILQAYH FTGLSGKLTS RGVCVCISTA FEGNLLDSYF VDLVIQKPLR IHHHSVPVFI P LEEIAAKY LQTNIQHFLF SLCEYLNAYS GRKYQADRLQ SDFAALLTGP LQRNPLCNLL SFTYKLDPGG QSFPFCARLL YK DLTATLP TDVTVTCQGV EVLSTSWEEQ RASHETLFCT KPLHQVFASF TRKGEKLDMS LVS

+
分子 #8: Centromere protein P

分子名称: Centromere protein P / タイプ: protein_or_peptide / ID: 8 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 33.210949 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MDAELAEVRA LQAEIAALRR ACEDPPAPWE EKSRVQKSFQ AIHQFNLEGW KSSKDLKNQL GHLESELSFL STLTGINIRN HSKQTEDLT STEMTEKSIR KVLQRHRLSG NCHMVTFQLE FQILEIQNKE RLSSAVTDLN IIMEPTECSE LSEFVSRAEE R KDLFMFFR ...文字列:
MDAELAEVRA LQAEIAALRR ACEDPPAPWE EKSRVQKSFQ AIHQFNLEGW KSSKDLKNQL GHLESELSFL STLTGINIRN HSKQTEDLT STEMTEKSIR KVLQRHRLSG NCHMVTFQLE FQILEIQNKE RLSSAVTDLN IIMEPTECSE LSEFVSRAEE R KDLFMFFR SLHFFVEWFE YRKRTFKHLK EKYPDAVYLS EGPSSCSMGI RSASRPGFEL VIVWRIQIDE DGKVFPKLDL LT KVPQRAL ELDKNRAIET APLSFRTLVG LLGIEAALES LIKSLCAEEN N

+
分子 #9: Centromere protein Q

分子名称: Centromere protein Q / タイプ: protein_or_peptide / ID: 9 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 30.648375 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MSGKANASKK NAQQLKRNPK RKKDNEEVVL SENKVRNTVK KNKNHLKDLS SEGQTKHTNL KHGKTAASKR KTWQPLSKST RDHLQTMME SVIMTILSNS IKEKEEIQYH LNFLKKRLLQ QCETLKVPPK KMEDLTNVSS LLNMERARDK ANEEGLALLQ E EIDKMVET ...文字列:
MSGKANASKK NAQQLKRNPK RKKDNEEVVL SENKVRNTVK KNKNHLKDLS SEGQTKHTNL KHGKTAASKR KTWQPLSKST RDHLQTMME SVIMTILSNS IKEKEEIQYH LNFLKKRLLQ QCETLKVPPK KMEDLTNVSS LLNMERARDK ANEEGLALLQ E EIDKMVET TELMTGNIQS LKNKIQILAS EVEEEEERVK QMHQINSSGV LSLPELSQKT LKAPTLQKEI LALIPNQNAL LK DLDILHN SSQMKSMSTF IEEAYKKLDA S

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分子 #10: Centromere protein U

分子名称: Centromere protein U / タイプ: protein_or_peptide / ID: 10 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 47.609766 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列: MAPRGRRRPR PHRSEGARRS KNTLERTHSM KDKAGQKCKP IDVFDFPDNS DVSSIGRLGE NEKDEETYET FDPPLHSTAI YADEEEFSK HCGLSLSSTP PGKEAKRSSD TSGNEASEIE SVKISAKKPG RKLRPISDDS ESIEESDTRR KVKSAEKIST Q RHEVIRTT ...文字列:
MAPRGRRRPR PHRSEGARRS KNTLERTHSM KDKAGQKCKP IDVFDFPDNS DVSSIGRLGE NEKDEETYET FDPPLHSTAI YADEEEFSK HCGLSLSSTP PGKEAKRSSD TSGNEASEIE SVKISAKKPG RKLRPISDDS ESIEESDTRR KVKSAEKIST Q RHEVIRTT ASSELSEKPA ESVTSKKTGP LSAQPSVEKE NLAIESQSKT QKKGKISHDK RKKSRSKAIG SDTSDIVHIW CP EGMKTSD IKELNIVLPE FEKTHLEHQQ RIESKVCKAA IATFYVNVKE QFIKMLKESQ MLTNLKRKNA KMISDIEKKR QRM IEVQDE LLRLEPQLKQ LQTKYDELKE RKSSLRNAAY FLSNLKQLYQ DYSDVQAQEP NVKETYDSSS LPALLFKART LLGA ESHLR NINHQLEKLL DQG

+
分子 #11: Centromere protein R

分子名称: Centromere protein R / タイプ: protein_or_peptide / ID: 11 / コピー数: 1 / 光学異性体: LEVO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
分子量理論値: 20.228297 KDa
組換発現生物種: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
配列文字列:
MPVKRSLKLD GLLEENSFDP SKITRKKSVI TYSPTTGTCQ MSLFASPTSS EEQKHRNGLS NEKRKKLNHP SLTESKESTT KDNDEFMML LSKVEKLSEE IMEIMQNLSS IQALEGSREL ENLIGISCAS HFLKREMQKT KELMTKVNKQ KLFEKSTGLP H KASRHLDS YEFLKAILN

+
分子 #12: water

分子名称: water / タイプ: ligand / ID: 12 / コピー数: 1 / 式: HOH
分子量理論値: 18.015 Da
Chemical component information

ChemComp-HOH:
WATER / 水

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実験情報

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構造解析

手法クライオ電子顕微鏡法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

緩衝液pH: 7.8
凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI TITAN KRIOS
電子線加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 最大 デフォーカス（公称値）: 3.0 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm
撮影フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 平均電子線量: 50.0 e/Å2
実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company

-
画像解析

初期 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 角度割当タイプ: MAXIMUM LIKELIHOOD
最終 再構成解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 使用した粒子像数: 569755
FSC曲線 (解像度の算出)

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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