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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5lqp | ||||||
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タイトル | Cryo-EM reconstruction of bacteriophage AP205 virus-like particles. | ||||||
要素 | Coat protein | ||||||
キーワード | VIRUS LIKE PARTICLE (ウイルス様粒子) / RNA bacteriophage / Leviviridae / coat protein / virus-like particle (ウイルス様粒子) | ||||||
機能・相同性 | カプシド / Coat protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Acinetobacter phage AP205 (ファージ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6 Å | ||||||
データ登録者 | Diebolder, C.A. / Rumnieks, J. / Tars, K. / Koning, R.I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2016 タイトル: Structure of AP205 Coat Protein Reveals Circular Permutation in ssRNA Bacteriophages. 著者: Mihails Shishovs / Janis Rumnieks / Christoph Diebolder / Kristaps Jaudzems / Loren B Andreas / Jan Stanek / Andris Kazaks / Svetlana Kotelovica / Inara Akopjana / Guido Pintacuda / Roman I ...著者: Mihails Shishovs / Janis Rumnieks / Christoph Diebolder / Kristaps Jaudzems / Loren B Andreas / Jan Stanek / Andris Kazaks / Svetlana Kotelovica / Inara Akopjana / Guido Pintacuda / Roman I Koning / Kaspars Tars / 要旨: AP205 is a single-stranded RNA bacteriophage that has a coat protein sequence not similar to any other known single-stranded RNA phage. Here, we report an atomic-resolution model of the AP205 virus- ...AP205 is a single-stranded RNA bacteriophage that has a coat protein sequence not similar to any other known single-stranded RNA phage. Here, we report an atomic-resolution model of the AP205 virus-like particle based on a crystal structure of an unassembled coat protein dimer and a cryo-electron microscopy reconstruction of the assembled particle, together with secondary structure information from site-specific solid-state NMR data. The AP205 coat protein dimer adopts the conserved Leviviridae coat protein fold except for the N-terminal region, which forms a beta-hairpin in the other known single-stranded RNA phages. AP205 has a similar structure at the same location formed by N- and C-terminal beta-strands, making it a circular permutant compared to the other coat proteins. The permutation moves the coat protein termini to the most surface-exposed part of the assembled particle, which explains its increased tolerance to long N- and C-terminal fusions. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5lqp.cif.gz | 3.5 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5lqp.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 5lqp.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/5lqp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lq/5lqp | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13820.569 Da / 分子数: 180 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter phage AP205 (ファージ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9AZ42 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: AP205 / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Acinetobacter phage AP205 (ファージ) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: SPECIES / タイプ: VIRUS-LIKE PARTICLE |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/1 |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 95 % / 凍結前の試料温度: 298 K |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 59000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2000 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 1000 nm / Calibrated defocus min: 1000 nm / 最大 デフォーカス(補正後): 2500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 電子線照射量: 8 e/Å2 / 検出モード: INTEGRATING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
電子光学装置 | エネルギーフィルター名称: FEI SFEG |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 7 / 利用したフレーム数/画像: 1-7 |
-解析
EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 63253 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: I (正20面体型対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 2215 / 対称性のタイプ: POINT |