PDB-5ex9: Structure of P450 StaF from glycopeptide antibiotic A47934 biosyn...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ex9

タイトル

Structure of P450 StaF from glycopeptide antibiotic A47934 biosynthesis; glycerol cryo

要素

Cytochrome P450

シトクロムP450

キーワード

OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) /

Cytochrome P450 (シトクロムP450) /

monooxygenase / phenolic coupling / glycopeptide antibiotic biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen /

monooxygenase activity / iron ion binding /

heme binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces toyocaensis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Cryle, M.J. / Ulrich, V.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Beilstein J Org Chem / 年: 2016
タイトル: Biochemical and structural characterisation of the second oxidative crosslinking step during the biosynthesis of the glycopeptide antibiotic A47934.
著者: Ulrich, V. / Brieke, C. / Cryle, M.J.

履歴

登録	2015年11月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2017年1月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年3月1日	Group: Database references
改定 1.2	2024年1月10日	Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ex9.cif.gz	191.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ex9.ent.gz	151.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ex9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/5ex9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ex/5ex9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ex8C 3o1aS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2r40-d 2j0d-2 5yj6-d 2dg5-2 4zgx-1 2hpd-2 4k4i-1 5dqx-d 5v0c-d 7lag-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#82 - 2006年10月シトクロムp450 (Cytochrome p450) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Cytochrome P450

ヘテロ分子

48.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	109.700, 109.700, 93.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Cytochrome P450 / シトクロムP450 / StaF 分子量: 47337.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces toyocaensis (バクテリア) 遺伝子: BU52_01275 / プラスミド: pET151 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KLL7
#2: 化合物	ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME / Heme B 分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃₄H₃₂FeN₄O₄
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.45 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.3 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 1.2 M NH4PO4, 0.3 M K2HPO4, 0.1 M NH4PO4 citrate (pH 4.2)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2010年8月22日
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 33006 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 9.6 % / R_merge(I) obs: 0.09 / R_sym value: 0.062 / Net I/σ(I): 16.6
反射シェル	解像度: 2.2→2.3 Å / 冗長度: 10.3 % / R_merge(I) obs: 0.4 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0102	精密化
XDS		データ削減
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3O1A

3o1a

解像度: 2.2→47.51 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.934 / SU B: 9.055 / SU ML: 0.112 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.193 / ESU R Free: 0.165 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22011	1656	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19076	-	-	-
obs	0.1922	31857	100 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 36.062 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.1 Å²	-0.05 Å²	0 Å²
2-	-	-0.1 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.15 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.2→47.51 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3239	0	91	216	3546

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.008	0.022	3439
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.071	2.008	4680
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.083	5	423
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	30.049	23.006	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.427	15	547
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.626	15	35
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.072	0.2	503
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	2655
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.381	1.5	2080
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.747	2	3355
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.236	3	1359
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.032	4.5	1320
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.2→2.257 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.245	108	-
R_work	0.218	2339	-
obs	-	-	100 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2606	0.5456	-1.7312	0.4686	-0.0132	4.727	0.2206	-0.0207	0.2529	0.0798	-0.0402	0.1645	-0.2838	-0.192	-0.1804	0.0904	-0.0331	-0.0285	0.2146	0.0338	0.1809	21.2321	-47.2831	14.8902
2	3.1826	1.3143	-0.5365	5.2054	-1.8433	4.4112	0.0731	0.1299	0.3875	0.019	0.0991	0.6481	-0.1803	-0.6245	-0.1722	0.0954	-0.0647	-0.0888	0.2258	0.0893	0.2255	17.1144	-46.8059	-1.0717
3	7.4897	-0.7554	0.6953	3.1478	-1.6477	4.8016	-0.0232	0.1125	0.1086	-0.2148	0.1871	0.3037	0.027	-0.2857	-0.1639	0.1462	-0.0782	-0.0543	0.0672	0.0603	0.1014	32.6947	-32.6515	-9.9214
4	1.4514	-0.783	0.8488	3.4872	-1.2949	1.9896	-0.0316	0.065	0.1105	-0.0842	0.0949	-0.2213	-0.1026	0.1637	-0.0634	0.0281	-0.0456	-0.0018	0.0909	-0.0105	0.1002	50.608	-37.2785	1.5661
5	0.8972	-0.053	-0.0117	1.9269	-0.7059	1.4837	0.0297	0.1965	-0.0807	-0.2288	0.0991	0.0708	0.2689	-0.0836	-0.1288	0.1177	-0.05	-0.0537	0.0798	-0.0041	0.0459	35.3362	-49.692	-4.4746
6	4.4431	-1.3582	0.6121	2.3522	-0.4177	1.7318	0.0564	0.1807	-0.3388	-0.2012	0.1215	-0.0235	0.4598	0.1609	-0.1778	0.1654	0.0055	-0.0136	0.0528	-0.0513	0.0571	44.0254	-55.8417	-0.5076

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-22 - 25
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	26 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	76 - 107
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	108 - 206
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	207 - 320
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	321 - 391

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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