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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4kji | ||||||
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タイトル | Novel re-arrangement of an RsmA/cSRa family protein to create a structurally distinct new RNA-binding family member | ||||||
要素 |
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キーワード | RNA BINDING PROTEIN/RNA / PROTEIN-RNA COMPLEX / BETA BARREL (Βバレル) / BETA-BARREL (Βバレル) / POST-TRANSCRIPTIONAL REGULATION / RNA BINDING (リボ核酸) / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of carbohydrate metabolic process / mRNA catabolic process / RNA binding / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Li, C. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2013 タイトル: Structural Rearrangement in an RsmA/CsrA Ortholog of Pseudomonas aeruginosa Creates a Dimeric RNA-Binding Protein, RsmN. 著者: Morris, E.R. / Hall, G. / Li, C. / Heeb, S. / Kulkarni, R.V. / Lovelock, L. / Silistre, H. / Messina, M. / Camara, M. / Emsley, J. / Williams, P. / Searle, M.S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4kji.cif.gz | 57.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4kji.ent.gz | 39.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4kji.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/4kji ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/4kji | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 8768.108 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: PAO1 / 遺伝子: PA14_68470, rsmN / プラスミド: pME600 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 (DE3) / 参照: UniProt: Q02EI1, UniProt: A0A0H2ZIZ8*PLUS #2: RNA鎖 | 分子量: 5191.176 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 詳細: This sequence occurs naturally in Pseudomonas aeruginosa |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.34 % |
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結晶化 | 手法: 蒸発脱水法 / pH: 4.5 詳細: 0.08M Mg(OAc)2, 0.1M NaOAc pH 4.5, 4% benzamidine HCl, 4% PEG 8000., EVAPORATION |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9686 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9686 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.2→29.57 Å / Num. obs: 5917 / 冗長度: 8.8 % / Rmerge(I) obs: 0.085 |
反射 シェル | 解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 6.1 % / Mean I/σ(I) obs: 18.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRIES 1vpz for protein and 2JPP for RNA 解像度: 3.2→29.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.908 / SU B: 29.686 / SU ML: 0.464 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.566 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 109.22 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.2→29.56 Å
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拘束条件 |
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