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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4cyl | ||||||
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タイトル | Tomographic subvolume average of EFF-1 fusogen on extracellular vesicles | ||||||
要素 | EFF-1A | ||||||
キーワード | CELL ADHESION (細胞接着) / CELL-CELL FUSION / EXTRACELLULAR FUSION / MEMBRANE FUSION / PRE-FUSION STATE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 nematode male tail mating organ morphogenesis / fusogenic activity / EFF-1 complex / chordate pharyngeal muscle development / post-embryonic body morphogenesis / nematode male tail tip morphogenesis / vulval development / cell-cell fusion / syncytium formation by plasma membrane fusion / embryonic body morphogenesis ...nematode male tail mating organ morphogenesis / fusogenic activity / EFF-1 complex / chordate pharyngeal muscle development / post-embryonic body morphogenesis / nematode male tail tip morphogenesis / vulval development / cell-cell fusion / syncytium formation by plasma membrane fusion / embryonic body morphogenesis / egg-laying behavior / cell-cell contact zone / locomotion / morphogenesis of an epithelium / kinase activity / リン酸化 / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 電子線トモグラフィー法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 22.2 Å | ||||||
データ登録者 | Zeev-Ben-Mordehai, T. / Vasishtan, D. / Siebert, C.A. / Grunewald, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2014 タイトル: The full-length cell-cell fusogen EFF-1 is monomeric and upright on the membrane. 著者: Tzviya Zeev-Ben-Mordehai / Daven Vasishtan / C Alistair Siebert / Kay Grünewald / 要旨: Fusogens are membrane proteins that remodel lipid bilayers to facilitate membrane merging. Although several fusogen ectodomain structures have been solved, structural information on full-length, ...Fusogens are membrane proteins that remodel lipid bilayers to facilitate membrane merging. Although several fusogen ectodomain structures have been solved, structural information on full-length, natively membrane-anchored fusogens is scarce. Here we present the electron cryo microscopy three-dimensional reconstruction of the Caenorhabditis elegans epithelial fusion failure 1 (EFF-1) protein natively anchored in cell-derived membrane vesicles. This reveals a membrane protruding, asymmetric, elongated monomer. Flexible fitting of a protomer of the EFF-1 crystal structure, which is homologous to viral class-II fusion proteins, shows that EFF-1 has a hairpin monomeric conformation before fusion. These structural insights, when combined with our observations of membrane-merging intermediates between vesicles, enable us to propose a model for EFF-1 mediated fusion. This process, involving identical proteins on both membranes to be fused, follows a mechanism that shares features of SNARE-mediated fusion while using the structural building blocks of the unilaterally acting class-II viral fusion proteins. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4cyl.cif.gz | 100.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4cyl.ent.gz | 78.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4cyl.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/4cyl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/cy/4cyl | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 74497.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: PROTEINS ON EXTRACELLULAR VESICLES 由来: (組換発現) CAENORHABDITIS ELEGANS (センチュウ) プラスミド: PCAGGS / 細胞株 (発現宿主): BHK 21 発現宿主: MESOCRICETUS AURATUS (ゴールデンハムスター) 参照: UniProt: G5ECA1 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 電子線トモグラフィー法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: EPITHELIAL FUSION FAILURE 1 (EFF-1) ISOFORM A ON EXTRACELLULAR VESICLES タイプ: COMPLEX |
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緩衝液 | 名称: 25MM HEPES, 130MM NACL / pH: 7.4 / 詳細: 25MM HEPES, 130MM NACL |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
試料支持 | 詳細: HOLEY CARBON |
急速凍結 | 装置: HOMEMADE PLUNGER / 凍結剤: ETHANE-PROPANE 詳細: VITRIFICATION 1 -- CRYOGEN- ETHANE-PROPANE MIXTURE, TEMPERATURE- 77, INSTRUMENT- HOMEMADE PLUNGER, METHOD- BLOT FOR 3 SECONDS BEFORE PLUNGING |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Tecnai F30 / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TECNAI F30 / 日付: 2013年3月3日 |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 95000 X / 倍率(補正後): 78950 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 2000 nm / Cs: 2 mm |
試料ホルダ | 温度: 85 K / 傾斜角・最大: 60 ° / 傾斜角・最小: -60 ° |
撮影 | 電子線照射量: 80 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN ULTRASCAN 4000 (4k x 4k) |
画像スキャン | デジタル画像の数: 78 |
放射波長 | 相対比: 1 |
-解析
EMソフトウェア |
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対称性 | 点対称性: C1 (非対称) | ||||||||||||
3次元再構成 | 手法: SUBTOMOGRAM AVERAGING / 解像度: 22.2 Å / 粒子像の数: 801 / ピクセルサイズ(公称値): 3.8 Å / ピクセルサイズ(実測値): 3.8 Å 詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-2530. (DEPOSITION ID: 12175). 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL 詳細: METHOD--FLEXIBLE FITTING REFINEMENT PROTOCOL--FLEXIBLE FIT OF X-RAY STRUCTURE | ||||||||||||
精密化 | 最高解像度: 22.2 Å | ||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 最高解像度: 22.2 Å
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