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- PDB-3j7r: Structure of the translating mammalian ribosome-Sec61 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3j7r
タイトルStructure of the translating mammalian ribosome-Sec61 complex
要素
  • (Ribosomal protein ...) x 76
  • 18S ribosomal RNA
  • 28S ribosomal RNA28SリボソームRNA
  • 5.8S ribosomal RNA5.8SリボソームRNA
  • 5S ribosomal RNA5SリボソームRNA
  • A/P tRNA
  • Messenger RNA伝令RNA
  • P/E tRNA
  • Sec61 alpha subunit
  • Sec61 beta subunit
  • Sec61 gamma subunit
キーワードRIBOSOME (リボソーム) / mammalian (哺乳類) / Sec61 (Sec61) / translocation / translation (翻訳 (生物学))
機能・相同性
機能・相同性情報


Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / RMTs methylate histone arginines / Protein methylation / TNFR1-mediated ceramide production / Translation initiation complex formation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / : / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / Assembly of the pre-replicative complex ...Amplification of signal from unattached kinetochores via a MAD2 inhibitory signal / RMTs methylate histone arginines / Protein methylation / TNFR1-mediated ceramide production / Translation initiation complex formation / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / : / SCF-beta-TrCP mediated degradation of Emi1 / Assembly of the pre-replicative complex / VLDLR internalisation and degradation / Interferon alpha/beta signaling / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / RAS processing / Inactivation of CSF3 (G-CSF) signaling / Regulation of BACH1 activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / Regulation of NF-kappa B signaling / GSK3B and BTRC:CUL1-mediated-degradation of NFE2L2 / regulation of cell cycle => GO:0051726 / Translesion synthesis by REV1 / Recognition of DNA damage by PCNA-containing replication complex / Translesion Synthesis by POLH / Oxygen-dependent proline hydroxylation of Hypoxia-inducible Factor Alpha / Downregulation of ERBB4 signaling / Spry regulation of FGF signaling / Downregulation of ERBB2:ERBB3 signaling / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Cyclin B / Autodegradation of Cdh1 by Cdh1:APC/C / APC/C:Cdc20 mediated degradation of Securin / APC/C:Cdh1 mediated degradation of Cdc20 and other APC/C:Cdh1 targeted proteins in late mitosis/early G1 / Cdc20:Phospho-APC/C mediated degradation of Cyclin A / APC-Cdc20 mediated degradation of Nek2A / EGFR downregulation / SCF(Skp2)-mediated degradation of p27/p21 / Degradation of beta-catenin by the destruction complex / TCF dependent signaling in response to WNT / Downstream TCR signaling / p75NTR recruits signalling complexes / NF-kB is activated and signals survival / Activated NOTCH1 Transmits Signal to the Nucleus / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Stimuli-sensing channels / FCERI mediated NF-kB activation / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / Autodegradation of the E3 ubiquitin ligase COP1 / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / ABC-family proteins mediated transport / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / AUF1 (hnRNP D0) binds and destabilizes mRNA / Asymmetric localization of PCP proteins / Degradation of AXIN / Degradation of DVL / Regulation of FZD by ubiquitination / N-glycan trimming in the ER and Calnexin/Calreticulin cycle / Regulation of TNFR1 signaling / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / Hedgehog ligand biogenesis / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Degradation of GLI1 by the proteasome / GLI3 is processed to GLI3R by the proteasome / Hedgehog 'on' state / Negative regulation of FGFR1 signaling / Negative regulation of FGFR2 signaling / Negative regulation of FGFR3 signaling / Negative regulation of FGFR4 signaling / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / Regulation of RAS by GAPs / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / Negative regulation of MAPK pathway / Regulation of necroptotic cell death / MAP3K8 (TPL2)-dependent MAPK1/3 activation / HDR through Homologous Recombination (HRR) / MAPK6/MAPK4 signaling / UCH proteinases / Josephin domain DUBs / Ub-specific processing proteases / Ovarian tumor domain proteases / Metalloprotease DUBs / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / DNA Damage Recognition in GG-NER / Formation of Incision Complex in GG-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in GG-NER / Dual Incision in GG-NER / Fanconi Anemia Pathway / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Regulation of TP53 Degradation / Regulation of TP53 Activity through Methylation / Negative regulation of MET activity / Orc1 removal from chromatin / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Cyclin D associated events in G1 / G2/M Checkpoints / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Ubiquitin-dependent degradation of Cyclin D
類似検索 - 分子機能
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類似検索 - 構成要素
生物種Sus scrofa (ブタ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Voorhees, R.M. / Fernandez, I.S. / Scheres, S.H.W. / Hegde, R.S.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2014
タイトル: Structure of the mammalian ribosome-Sec61 complex to 3.4 Å resolution.
著者: Rebecca M Voorhees / Israel S Fernández / Sjors H W Scheres / Ramanujan S Hegde /
要旨: Cotranslational protein translocation is a universally conserved process for secretory and membrane protein biosynthesis. Nascent polypeptides emerging from a translating ribosome are either ...Cotranslational protein translocation is a universally conserved process for secretory and membrane protein biosynthesis. Nascent polypeptides emerging from a translating ribosome are either transported across or inserted into the membrane via the ribosome-bound Sec61 channel. Here, we report structures of a mammalian ribosome-Sec61 complex in both idle and translating states, determined to 3.4 and 3.9 Å resolution. The data sets permit building of a near-complete atomic model of the mammalian ribosome, visualization of A/P and P/E hybrid-state tRNAs, and analysis of a nascent polypeptide in the exit tunnel. Unprecedented chemical detail is observed for both the ribosome-Sec61 interaction and the conformational state of Sec61 upon ribosome binding. Comparison of the maps from idle and translating complexes suggests how conformational changes to the Sec61 channel could facilitate translocation of a secreted polypeptide. The high-resolution structure of the mammalian ribosome-Sec61 complex provides a valuable reference for future functional and structural studies.
履歴
登録2014年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2014年9月3日ID: 3J73, 4W26, 4W27, 4W28
改定 1.02014年9月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
置き換え2014年12月10日ID: 4W26, 4W27, 4W28
改定 1.12014年12月10日Group: Other
改定 1.22014年12月17日Group: Other
改定 1.32015年4月15日Group: Non-polymer description
改定 1.42018年7月18日Group: Advisory / Data collection
カテゴリ: em_image_scans / em_software / pdbx_database_PDB_obs_spr
Item: _em_software.image_processing_id / _em_software.name / _pdbx_database_PDB_obs_spr.replace_pdb_id
改定 2.02019年10月30日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / entity ...atom_site / entity / entity_name_com / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_nat / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / struct_conf / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight ..._atom_site.label_seq_id / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_ec / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_src_nat.common_name / _entity_src_nat.pdbx_beg_seq_num / _entity_src_nat.pdbx_end_seq_num / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _struct_conf.beg_label_seq_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.db_name / _struct_ref.entity_id / _struct_ref.pdbx_align_begin / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_beg / _struct_ref_seq.pdbx_auth_seq_align_end / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq.seq_align_beg / _struct_ref_seq.seq_align_end / _struct_sheet_range.beg_label_seq_id / _struct_sheet_range.end_label_seq_id

-
構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-2644
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
5: 28S ribosomal RNA
7: 5S ribosomal RNA
8: 5.8S ribosomal RNA
A: Ribosomal protein uL2
B: Ribosomal protein uL3
C: Ribosomal protein uL4
D: Ribosomal protein uL18
E: Ribosomal protein eL6
F: Ribosomal protein uL30
G: Ribosomal protein eL8
H: Ribosomal protein uL6
I: Ribosomal protein uL16
J: Ribosomal protein uL5
L: Ribosomal protein eL13
M: Ribosomal protein eL14
N: Ribosomal protein eL15
O: Ribosomal protein uL13
P: Ribosomal protein uL22
Q: Ribosomal protein eL18
R: Ribosomal protein eL19
S: Ribosomal protein eL20
T: Ribosomal protein eL21
U: Ribosomal protein eL22
V: Ribosomal protein uL14
W: Ribosomal protein eL24
X: Ribosomal protein uL23
Y: Ribosomal protein uL24
Z: Ribosomal protein eL27
a: Ribosomal protein uL15
b: Ribosomal protein eL29
c: Ribosomal protein eL30
d: Ribosomal protein eL31
e: Ribosomal protein eL32
f: Ribosomal protein eL33
g: Ribosomal protein eL34
h: Ribosomal protein uL29
i: Ribosomal protein eL36
j: Ribosomal protein eL37
k: Ribosomal protein eL38
l: Ribosomal protein eL39
m: Ribosomal protein eL40
n: Ribosomal protein eL41
o: Ribosomal protein eL42
p: Ribosomal protein eL43
r: Ribosomal protein eL28
z: Ribosomal protein uL1
1: Sec61 alpha subunit
2: Sec61 gamma subunit
3: Sec61 beta subunit
S2: 18S ribosomal RNA
SA: Ribosomal protein uS2
SB: Ribosomal protein eS1
SC: Ribosomal protein uS5
SD: Ribosomal protein uS3
SE: Ribosomal protein eS4
SF: Ribosomal protein uS7
SG: Ribosomal protein eS6
SH: Ribosomal protein eS7
SI: Ribosomal protein eS8
SJ: Ribosomal protein uS4
SK: Ribosomal protein eS10
SL: Ribosomal protein uS17
SM: Ribosomal protein eS12
SN: Ribosomal protein uS15
SO: Ribosomal protein uS11
SP: Ribosomal protein uS19
SQ: Ribosomal protein uS9
SR: Ribosomal protein eS17
SS: Ribosomal protein uS13
ST: Ribosomal protein eS19
SU: Ribosomal protein uS10
SV: Ribosomal protein eS21
SW: Ribosomal protein uS8
SX: Ribosomal protein uS12
SY: Ribosomal protein eS24
SZ: Ribosomal protein es25
Sa: Ribosomal protein eS26
Sb: Ribosomal protein eS27
Sc: Ribosomal protein eS28
Sd: Ribosomal protein uS14
Se: Ribosomal protein eS30
Sf: Ribosomal protein eS31
Sg: Ribosomal protein RACK1
S4: Messenger RNA
S5: A/P tRNA
S6: P/E tRNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)3,421,331256
ポリマ－3,417,03586
非ポリマー4,296170
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1

-
要素

-
RNA鎖 , 7種, 7分子 578S2S4S5S6

#1: RNA鎖 28S ribosomal RNA / 28SリボソームRNA


分子量: 1206101.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#2: RNA鎖 5S ribosomal RNA / 5SリボソームRNA


分子量: 38691.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: GenBank: 371913672
#3: RNA鎖 5.8S ribosomal RNA / 5.8SリボソームRNA


分子量: 50143.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: GenBank: 115552481
#50: RNA鎖 18S ribosomal RNA /


分子量: 561958.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: GenBank: 37956930
#84: RNA鎖 Messenger RNA / 伝令RNA


分子量: 3039.740 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#85: RNA鎖 A/P tRNA


分子量: 23874.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#86: RNA鎖 P/E tRNA


分子量: 24484.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓

+
Ribosomal protein ... , 76種, 76分子 ABCDEFGHIJLMNOPQRSTUVWXYZabcde...

#4: タンパク質 Ribosomal protein uL2 /


分子量: 28088.863 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A480Q387
#5: タンパク質 Ribosomal protein uL3 /


分子量: 44759.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A480L253
#6: タンパク質 Ribosomal protein uL4 /


分子量: 41635.141 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A287AE76, UniProt: F1SJJ5*PLUS
#7: タンパク質 Ribosomal protein uL18 /


分子量: 34417.738 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A287ASD0
#8: タンパク質 Ribosomal protein eL6 /


分子量: 27052.178 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q2YGT9
#9: タンパク質 Ribosomal protein uL30 /


分子量: 26590.725 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A480W0U3
#10: タンパク質 Ribosomal protein eL8 /


分子量: 30166.918 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A4X1W808
#11: タンパク質 Ribosomal protein uL6 /


分子量: 21899.471 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: I3LP78
#12: タンパク質 Ribosomal protein uL16 / / Protein QM homolog / Ribosomal protein L10


分子量: 24465.791 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q29195
#13: タンパク質 Ribosomal protein uL5 /


分子量: 20248.359 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q29205
#14: タンパク質 Ribosomal protein eL13 /


分子量: 24365.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A4X1TBV3
#15: タンパク質 Ribosomal protein eL14 /


分子量: 23383.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A1XQU3
#16: タンパク質 Ribosomal protein eL15 /


分子量: 24207.285 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A286ZL65
#17: タンパク質 Ribosomal protein uL13 /


分子量: 23435.090 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A480L469
#18: タンパク質 Ribosomal protein uL22 /


分子量: 17757.627 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A287B386
#19: タンパク質 Ribosomal protein eL18 /


分子量: 21588.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A4X1W0N5
#20: タンパク質 Ribosomal protein eL19 /


分子量: 23567.260 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A480VXS3
#21: タンパク質 Ribosomal protein eL20 /


分子量: 26103.418 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A287APR1
#22: タンパク質 Ribosomal protein eL21 /


分子量: 18609.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P49666
#23: タンパク質 Ribosomal protein eL22 / / Heparin-binding protein HBp15


分子量: 14784.962 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P67985
#24: タンパク質 Ribosomal protein uL14 /


分子量: 14892.505 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A480VZZ1
#25: タンパク質 Ribosomal protein eL24 /


分子量: 17825.111 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A4X1SH42
#26: タンパク質 Ribosomal protein uL23 /


分子量: 17740.193 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A480KZ98
#27: タンパク質 Ribosomal protein uL24 /


分子量: 17303.363 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A4X1V977
#28: タンパク質 Ribosomal protein eL27 /


分子量: 15835.831 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A1XQU5
#29: タンパク質 Ribosomal protein uL15 /


分子量: 16631.520 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A4X1SN08
#30: タンパク質 Ribosomal protein eL29 /


分子量: 17545.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q95281
#31: タンパク質 Ribosomal protein eL30 /


分子量: 12805.092 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A4X1TXJ8
#32: タンパク質 Ribosomal protein eL31 /


分子量: 14494.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P62901
#33: タンパク質 Ribosomal protein eL32 /


分子量: 15898.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q6QAT0
#34: タンパク質 Ribosomal protein eL33 /


分子量: 12564.743 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A480KUB2
#35: タンパク質 Ribosomal protein eL34 /


分子量: 13326.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q29223
#36: タンパク質 Ribosomal protein uL29 /


分子量: 14591.649 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q29361
#37: タンパク質 Ribosomal protein eL36 /


分子量: 12290.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A480QBP0
#38: タンパク質 Ribosomal protein eL37 /


分子量: 10102.944 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A480UVT3
#39: タンパク質 Ribosomal protein eL38 /


分子量: 8238.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: F2Z568
#40: タンパク質 Ribosomal protein eL39 /


分子量: 6426.759 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A4X1VIM4
#41: タンパク質 Ribosomal protein eL40 / / CEP52 / Ubiquitin A-52 residue ribosomal protein fusion product 1


分子量: 14758.394 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P63053
#42: タンパク質・ペプチド Ribosomal protein eL41 /


分子量: 3473.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#43: タンパク質 Ribosomal protein eL42 /


分子量: 12476.973 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A480LCM6
#44: タンパク質 Ribosomal protein eL43 /


分子量: 10168.153 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A480WPS5
#45: タンパク質 Ribosomal protein eL28 /


分子量: 14301.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A480YX24
#46: タンパク質 Ribosomal protein uL1 /


分子量: 24879.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A480NYW2
#51: タンパク質 Ribosomal protein uS2 / / 37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin ...37 kDa laminin receptor precursor / 37LRP / 37/67 kDa laminin receptor / LRP/LR / 67 kDa laminin receptor / 67LR / Laminin receptor 1 / LamR / Laminin-binding protein precursor p40 / LBP/p40


分子量: 32958.012 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q4GWZ2
#52: タンパク質 Ribosomal protein eS1 /


分子量: 29931.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: B6V8C8
#53: タンパク質 Ribosomal protein uS5 /


分子量: 24091.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: I3LJ87
#54: タンパク質 Ribosomal protein uS3 /


分子量: 26729.369 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
参照: UniProt: Q0Z8U2, DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase
#55: タンパク質 Ribosomal protein eS4 /


分子量: 29654.869 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A4X1W0I3
#56: タンパク質 Ribosomal protein uS7 /


分子量: 22913.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: F2Z5E6
#57: タンパク質 Ribosomal protein eS6 /


分子量: 28751.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A480E3J4
#58: タンパク質 Ribosomal protein eS7 /


分子量: 22168.914 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A287A9Y6
#59: タンパク質 Ribosomal protein eS8 /


分子量: 24263.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A480YST6
#60: タンパク質 Ribosomal protein uS4 /


分子量: 22641.564 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A480Q6G1
#61: タンパク質 Ribosomal protein eS10 /


分子量: 18967.861 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A480EHW2
#62: タンパク質 Ribosomal protein uS17 /


分子量: 18468.826 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A480QMH2
#63: タンパク質 Ribosomal protein eS12 /


分子量: 13776.030 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P46405
#64: タンパク質 Ribosomal protein uS15 /


分子量: 17259.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: F6Q5P0
#65: タンパク質 Ribosomal protein uS11 /


分子量: 16302.772 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓
#66: タンパク質 Ribosomal protein uS19 / / RIG protein


分子量: 17076.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P62844
#67: タンパク質 Ribosomal protein uS9 /


分子量: 16477.377 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q29201
#68: タンパク質 Ribosomal protein eS17 /


分子量: 15552.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q6QAP7
#69: タンパク質 Ribosomal protein uS13 /


分子量: 17759.777 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P62272
#70: タンパク質 Ribosomal protein eS19 /


分子量: 16091.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A4X1SDD8
#71: タンパク質 Ribosomal protein uS10 /


分子量: 13357.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A1XQU9
#72: タンパク質 Ribosomal protein eS21 /


分子量: 9124.389 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P63221
#73: タンパク質 Ribosomal protein uS8 /


分子量: 14865.555 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A480KS86
#74: タンパク質 Ribosomal protein uS12 /


分子量: 15854.684 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q6SA96
#75: タンパク質 Ribosomal protein eS24 /


分子量: 15366.284 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A4X1SJK8
#76: タンパク質 Ribosomal protein es25 /


分子量: 13776.224 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A480V055
#77: タンパク質 Ribosomal protein eS26 /


分子量: 13047.532 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P49171
#78: タンパク質 Ribosomal protein eS27 /


分子量: 9480.186 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A287BF06
#79: タンパク質 Ribosomal protein eS28 /


分子量: 7855.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q6QAT1
#80: タンパク質 Ribosomal protein uS14 /


分子量: 6612.728 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: Q6QAP6
#81: タンパク質 Ribosomal protein eS30 /


分子量: 14411.733 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A480W155
#82: タンパク質 Ribosomal protein eS31 /


分子量: 18004.041 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A4X1W6H9
#83: タンパク質 Ribosomal protein RACK1 / / Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 / Receptor for activated C kinase / ...Guanine nucleotide-binding protein subunit beta-2-like 1 / Receptor for activated C kinase / Receptor of activated protein kinase C 1


分子量: 35115.652 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: P63246

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タンパク質 , 2種, 2分子 12

#47: タンパク質 Sec61 alpha subunit


分子量: 43496.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A4X1TV07
#48: タンパク質 Sec61 gamma subunit


分子量: 7752.325 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓 / 参照: UniProt: A0A480WFL1

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タンパク質・ペプチド , 1種, 1分子 3

#49: タンパク質・ペプチド Sec61 beta subunit


分子量: 3081.790 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Sus scrofa (ブタ) / 器官: pancreas膵臓

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非ポリマー , 2種, 170分子

#87: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#88: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The 80S-Sec61 complex purified from porcine pancreas
タイプ: RIBOSOME
緩衝液名称: 50 mM HEPES, 200 mM potassium acetate, 15 mM magnesium acetate, 1 mM DTT, 0.25% Digitonin
pH: 7.5
詳細: 50 mM HEPES, 200 mM potassium acetate, 15 mM magnesium acetate, 1 mM DTT, 0.25% Digitonin
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: Quantifoil R2/2 400 mesh copper grids
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / Temp: 120 K
詳細: 3 uL sample was incubated on the grid for 30 seconds and blotted for 9 seconds before being plunged into liquid ethane (FEI VITROBOT MARK IV).

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 日付: 2014年4月7日
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 59000 X / 倍率（補正後）: 104478 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / Cs: 2.7 mm
試料ホルダ資料ホルダタイプ: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER / 温度: 70 K / 傾斜角・最大: 0 ° / 傾斜角・最小: 0 °
撮影電子線照射量: 27 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)
詳細: Back-thinned
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称カテゴリ
1REFMACモデルフィッティング
2RELION３次元再構成
CTF補正詳細: Each particle
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成手法: Single particle単粒子解析法 / 解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 14723 / ピクセルサイズ（公称値）: 1.34 Å / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築B value: 37 / プロトコル: OTHER / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: R-factor and FSC / 詳細: METHOD--Maximum likelihood
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
13J3A

3j3a
PDB 未公開エントリ

1
23J3B

3j3b
PDB 未公開エントリ

1
33J3D

3j3d
PDB 未公開エントリ

1
43J3F

3j3f
PDB 未公開エントリ

1
精密化ステップサイクル: LAST
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数96256 125910 170 0 222336

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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