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万見
- PDB-2x8q: Cryo-EM 3D model of the icosahedral particle composed of Rous sar... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2x8q
タイトルCryo-EM 3D model of the icosahedral particle composed of Rous sarcoma virus capsid protein pentamers
要素CAPSID PROTEIN P27カプシド
キーワードVIRUS (ウイルス) / CAPSID PROTEIN (カプシド) / VIRAL MATRIX PROTEIN (基質タンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell nucleoplasm / viral procapsid maturation / host cell nucleolus / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / カプシド / structural constituent of virion / nucleic acid binding / aspartic-type endopeptidase activity / host cell plasma membrane / タンパク質分解 ...host cell nucleoplasm / viral procapsid maturation / host cell nucleolus / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; アスパラギン酸プロテアーゼ / カプシド / structural constituent of virion / nucleic acid binding / aspartic-type endopeptidase activity / host cell plasma membrane / タンパク質分解 / zinc ion binding / 生体膜
類似検索 - 分子機能
Retroviral Gag polyprotein, M / Retroviral M domain / gag protein p24 N-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal ...Retroviral Gag polyprotein, M / Retroviral M domain / gag protein p24 N-terminal domain / Retropepsin-like catalytic domain / Matrix protein, lentiviral and alpha-retroviral, N-terminal / Retropepsins / Retroviral aspartyl protease / Aspartyl protease, retroviral-type family profile. / Peptidase A2A, retrovirus, catalytic / Retrovirus capsid, C-terminal / Retroviral matrix protein / Retrovirus capsid, N-terminal / ジンクフィンガー / Zinc knuckle / Zinc finger, CCHC-type superfamily / Zinc finger, CCHC-type / Zinc finger CCHC-type profile. / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種ROUS SARCOMA VIRUS - PRAGUE C (ラウス肉腫ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 18.3 Å
Model type detailsCA ATOMS ONLY, CHAIN A
データ登録者K Hyun, J. / Radjainia, M. / Kingston, R.L. / Mitra, A.K.
引用ジャーナル: J Biol Chem / 年: 2010
タイトル: Proton-driven assembly of the Rous Sarcoma virus capsid protein results in the formation of icosahedral particles.
著者: Jae-Kyung Hyun / Mazdak Radjainia / Richard L Kingston / Alok K Mitra /
要旨: In a mature and infectious retroviral particle, the capsid protein (CA) forms a shell surrounding the genomic RNA and the replicative machinery of the virus. The irregular nature of this capsid shell ...In a mature and infectious retroviral particle, the capsid protein (CA) forms a shell surrounding the genomic RNA and the replicative machinery of the virus. The irregular nature of this capsid shell precludes direct atomic resolution structural analysis. CA hexamers and pentamers are the fundamental building blocks of the capsid, however the pentameric state, in particular, remains poorly characterized. We have developed an efficient in vitro protocol for studying the assembly of Rous sarcoma virus (RSV) CA that involves mild acidification and produces structures modeling the authentic viral capsid. These structures include regular spherical particles with T = 1 icosahedral symmetry, built from CA pentamers alone. These particles were subject to cryoelectron microscopy (cryo-EM) and image processing, and a pseudo-atomic model of the icosahedron was created by docking atomic structures of the constituent CA domains into the cryo-EM-derived three-dimensional density map. The N-terminal domain (NTD) of CA forms pentameric turrets, which decorate the surface of the icosahedron, while the C-terminal domain (CTD) of CA is positioned underneath, linking the pentamers. Biophysical analysis of the icosahedral particle preparation reveals that CA monomers and icosahedra are the only detectable species and that these exist in reversible equilibrium at pH 5. These same acidic conditions are known to promote formation of a RSV CA CTD dimer, present within the icosahedral particle, which facilitates capsid assembly. The results are consistent with a model in which RSV CA assembly is a nucleation-limited process driven by very weak protein-protein interactions.
履歴
登録2010年3月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月30日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: em_3d_fitting / em_software
Item: _em_3d_fitting.target_criteria / _em_software.fitting_id / _em_software.image_processing_id

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
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  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
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  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-1710
  • Jmolによる作画
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  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-1710
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CAPSID PROTEIN P27


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4721
ポリマ－24,4721
非ポリマー00
水0
1
A: CAPSID PROTEIN P27
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,468,33460
ポリマ－1,468,33460
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation60
2


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation1
3
A: CAPSID PROTEIN P27
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 122 kDa, 5 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)122,3615
ポリマ－122,3615
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation5
4
A: CAPSID PROTEIN P27
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 147 kDa, 6 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,8336
ポリマ－146,8336
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
point symmetry operation6
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 CAPSID PROTEIN P27 / カプシド / 座標モデル: Cα原子のみ


分子量: 24472.230 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 240-465 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) ROUS SARCOMA VIRUS - PRAGUE C (ラウス肉腫ウイルス)
解説: RECOMBINANT ROUS SARCOMA VIRUS CAPSID PROTEIN WAS PRODUCED BY HETEROLOGOUS EXPRESSION IN E. COLI AND PURIFIED TO HOMOGENIETY
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 / 参照: UniProt: P03322

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: ICOSAHEDRAL PARTICLES COMPOSED OF ROUS SARCOMA VIRUS CAPSID PROTEIN
タイプ: VIRUS
緩衝液名称: 0.1M CITRIC ACID, 5MM MOPS/KOH, 725MM NACL, 0.25MM NA AZIDE, 0.125MM TCEP-HCL
pH: 5
詳細: 0.1M CITRIC ACID, 5MM MOPS/KOH, 725MM NACL, 0.25MM NA AZIDE, 0.125MM TCEP-HCL
試料濃度: 1.2 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: HOLEY CARBON
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE
詳細: CRYOGEN- ETHANE, HUMIDITY- 90, TEMPERATURE- 85, INSTRUMENT- VITROBOT MARK IV, METHOD- BLOT FOR 5 SECONDS BEFORE PLUNGING,

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電子顕微鏡撮影

顕微鏡モデル: FEI TECNAI 12
電子銃電子線源: LAB6 / 加速電圧: 120 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率（公称値）: 42000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 800 nm / Cs: 2 mm
試料ホルダ温度: 103 K
撮影電子線照射量: 18 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM
画像スキャンデジタル画像の数: 21
放射波長相対比: 1

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1Sculptorモデルフィッティング
2UCSF Chimeraモデルフィッティング
3Bsoft３次元再構成
4EM3DR2３次元再構成
5PFT2３次元再構成
CTF補正詳細: EACH MICROGRAPH
対称性点対称性: I (正20面体型対称)
3次元再構成手法: POLAR FOURIER TRANSFORM / 解像度: 18.3 Å / 粒子像の数: 1310 / ピクセルサイズ（公称値）: 2.5 Å / ピクセルサイズ（実測値）: 2.5 Å
詳細: SUBMISSION BASED ON EXPERIMENTAL DATA FROM EMDB EMD-1710.
対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: RECIPROCAL / Target criteria: Cross-correlation coefficient / 詳細: METHOD--RIGID BODY REFINEMENT PROTOCOL--X-RAY
原子モデル構築
IDPDB-ID 3D fitting-ID
11EM9

1em9

1
23G21

3g21

1
精密化最高解像度: 18.3 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 最高解像度: 18.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数223 0 0 0 223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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