PDB-1mt5: CRYSTAL STRUCTURE OF FATTY ACID AMIDE HYDROLASE

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1mt5

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF FATTY ACID AMIDE HYDROLASE

要素

Fatty-acid amide hydrolase

キーワード

HYDROLASE (加水分解酵素) / AMIDASE SIGNATURE

機能・相同性

機能・相同性情報

アラキドン酸 /

fatty acid amide hydrolase /

fatty acid amide hydrolase activity / monoacylglycerol catabolic process /

acylglycerol lipase activity /

amidase activity / fatty acid catabolic process /

加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素 / hydrolase activity, acting on ester bonds / organelle membrane ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Rattus norvegicus (ドブネズミ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Bracey, M.H. / Hanson, M.A. / Masuda, K.R. / Stevens, R.C. / Cravatt, B.F.

引用

ジャーナル: science / 年: 2002
タイトル: Structural Adaptations in a Membrane Enzyme That Terminates Endocannabinoid Signaling
著者: Bracey, M.H. / Hanson, M.A. / Masuda, K.R. / Stevens, R.C. / Cravatt, B.F.

履歴

登録	2002年9月20日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年12月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月28日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1mt5.cif.gz	1.5 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1mt5.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1mt5.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/1mt5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/mt/1mt5	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3qj9-d 3pr0-d 4hbp-d 3ppm-d 3lj6-d 2vya-d 3k83-d 3oj8-d 3k84-d 2wj1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

類似構造データ

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-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Fatty-acid amide hydrolase

B: Fatty-acid amide hydrolase

C: Fatty-acid amide hydrolase

D: Fatty-acid amide hydrolase

E: Fatty-acid amide hydrolase

F: Fatty-acid amide hydrolase

G: Fatty-acid amide hydrolase

H: Fatty-acid amide hydrolase

I: Fatty-acid amide hydrolase

J: Fatty-acid amide hydrolase

K: Fatty-acid amide hydrolase

L: Fatty-acid amide hydrolase

M: Fatty-acid amide hydrolase

N: Fatty-acid amide hydrolase

O: Fatty-acid amide hydrolase

P: Fatty-acid amide hydrolase

ヘテロ分子

949 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Fatty-acid amide hydrolase

B: Fatty-acid amide hydrolase

ヘテロ分子

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119 kDa, 2 ポリマー
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2

C: Fatty-acid amide hydrolase

D: Fatty-acid amide hydrolase

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3

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F: Fatty-acid amide hydrolase

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4

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H: Fatty-acid amide hydrolase

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5

I: Fatty-acid amide hydrolase

J: Fatty-acid amide hydrolase

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6

K: Fatty-acid amide hydrolase

L: Fatty-acid amide hydrolase

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7

M: Fatty-acid amide hydrolase

N: Fatty-acid amide hydrolase

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8

O: Fatty-acid amide hydrolase

P: Fatty-acid amide hydrolase

ヘテロ分子

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単位格子

Length a, b, c (Å)	147.107, 272.019, 147.216
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 115.21, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	THR	THR	5	A	A	37 - 573	1 - 537
2	1	ALA	ALA	THR	THR	5	B	B	37 - 573	1 - 537
3	1	ALA	ALA	THR	THR	5	C	C	37 - 573	1 - 537
4	1	ALA	ALA	THR	THR	5	D	D	37 - 573	1 - 537
5	1	ALA	ALA	THR	THR	5	E	E	37 - 573	1 - 537
6	1	ALA	ALA	THR	THR	5	F	F	37 - 573	1 - 537
7	1	ALA	ALA	THR	THR	5	G	G	37 - 573	1 - 537
8	1	ALA	ALA	THR	THR	5	H	H	37 - 573	1 - 537
9	1	ALA	ALA	THR	THR	5	I	I	37 - 573	1 - 537
10	1	ALA	ALA	THR	THR	5	J	J	37 - 573	1 - 537
11	1	ALA	ALA	THR	THR	5	K	K	37 - 573	1 - 537
12	1	ALA	ALA	THR	THR	5	L	L	37 - 573	1 - 537
13	1	ALA	ALA	THR	THR	5	M	M	37 - 573	1 - 537
14	1	ALA	ALA	THR	THR	5	N	N	37 - 573	1 - 537
15	1	ALA	ALA	THR	THR	5	O	O	37 - 573	1 - 537
16	1	ALA	ALA	THR	THR	5	P	P	37 - 573	1 - 537
17	2	MAY	MAY	MAY	MAY	1	A	Q	600
18	2	MAY	MAY	MAY	MAY	1	B	R	600
19	2	MAY	MAY	MAY	MAY	1	C	S	600
20	2	MAY	MAY	MAY	MAY	1	D	T	600
21	2	MAY	MAY	MAY	MAY	1	E	U	600
22	2	MAY	MAY	MAY	MAY	1	F	V	600
23	2	MAY	MAY	MAY	MAY	1	G	W	600
24	2	MAY	MAY	MAY	MAY	1	H	X	600
25	2	MAY	MAY	MAY	MAY	1	I	Y	600
26	2	MAY	MAY	MAY	MAY	1	J	Z	600
27	2	MAY	MAY	MAY	MAY	1	K	AA	600
28	2	MAY	MAY	MAY	MAY	1	L	BA	600
29	2	MAY	MAY	MAY	MAY	1	M	CA	600
30	2	MAY	MAY	MAY	MAY	1	N	DA	600
31	2	MAY	MAY	MAY	MAY	1	O	EA	600
32	2	MAY	MAY	MAY	MAY	1	P	FA	600

#1: タンパク質	Fatty-acid amide hydrolase / Oleamide hydrolase / Anandamide amidohydrolase 分子量: 58943.031 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: FAAH / プラスミド: pTrcHis / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 参照: UniProt: P97612, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物	ChemComp-MAY / METHYL ARACHIDONYL FLUOROPHOSPHONATE / MAFP / Methoxy arachidonyl fluorophosphonate 分子量: 370.482 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆FO₂P / コメント: 阻害剤*YM

#1: タンパク質

Fatty-acid amide hydrolase / Oleamide hydrolase / Anandamide amidohydrolase

分子量: 58943.031 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: FAAH / プラスミド: pTrcHis / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主:

Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P97612,

加水分解酵素; エステル加水分解酵素

#2: 化合物

ChemComp-MAY / METHYL ARACHIDONYL FLUOROPHOSPHONATE / MAFP /

Methoxy arachidonyl fluorophosphonate

分子量: 370.482 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆FO₂P / コメント: 阻害剤*YM

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.44 %

結晶化

温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG 6000, 2,4-methyl pentanediol, sodium citrate, lithium sulphate, pH 5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

結晶化

*PLUS

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細
1	8 mg/ml	protein	1	drop
2	100 mM	sodium citrate	1	reservoir	pH5.
3	100 mM	lithium sulfate	1	reservoir
4	7 %(w/v)	PEG6000	1	reservoir
5	5 %(v/v)	MPD	1	reservoir
6	0-20 mM	dithiothreitol	1	reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 0.9791 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2001年8月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→50 Å / Num. all: 243192 / Num. obs: 173615 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / R_sym value: 0.104 / Net I/σ(I): 4.4
反射	PLUS 最低解像度: 50 Å / % possible obs: 76 % / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs*: 0.104
反射シェル	PLUS % possible obs: 79 % / R_merge(I) obs: 0.264 / Mean I/σ(I) obs*: 2.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定
REFMAC	5.1.19	精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: FAAH structure in an alternate spacegroup. Solved by MAD/MIRAS phasing.

解像度: 2.8→141.42 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.925 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.887 / SU B: 19.283 / SU ML: 0.379 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.51
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: Refinemant carried out while the manuscript was in press resulted in improved geometry at the cost of slightly higher R values. Atoms for which no density was observed were not included in ...

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26228	9297	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2184	-	-	-
obs	0.22062	173616	71.37 %	-
all	-	243192	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 54.594 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.23 Å²	0 Å²	-0.94 Å²
2-	-	4.38 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.96 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→141.42 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	64140	0	384	0	64524

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.022	0.022	65996
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.587	1.984	89778
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	9.736	5	8576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.121	0.2	10320
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	49656
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.126	0.3	31512
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.5	2787
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.095	0.3	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.143	0.5	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.952	2	42832
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.671	3	68512
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.911	2	23164
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.422	3	21266
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	24	tight positional	0.04	0.05
2	B	24	tight positional	0.06	0.05
3	C	24	tight positional	0.04	0.05
4	D	24	tight positional	0.07	0.05
5	E	24	tight positional	0.06	0.05
6	F	24	tight positional	0.06	0.05
7	G	24	tight positional	0.05	0.05
8	H	24	tight positional	0.06	0.05
9	I	24	tight positional	0.05	0.05
10	J	24	tight positional	0.05	0.05
11	K	24	tight positional	0.05	0.05
12	L	24	tight positional	0.05	0.05
13	M	24	tight positional	0.06	0.05
14	N	24	tight positional	0.05	0.05
15	O	24	tight positional	0.05	0.05
16	P	24	tight positional	0.06	0.05
1	A	4008	medium positional	0.3	0.5
2	B	4008	medium positional	0.3	0.5
3	C	4008	medium positional	0.29	0.5
4	D	4008	medium positional	0.28	0.5
5	E	4008	medium positional	0.32	0.5
6	F	4008	medium positional	0.31	0.5
7	G	4008	medium positional	0.29	0.5
8	H	4008	medium positional	0.3	0.5
9	I	4008	medium positional	0.28	0.5
10	J	4008	medium positional	0.3	0.5
11	K	4008	medium positional	0.3	0.5
12	L	4008	medium positional	0.3	0.5
13	M	4008	medium positional	0.46	0.5
14	N	4008	medium positional	0.34	0.5
15	O	4008	medium positional	0.29	0.5
16	P	4008	medium positional	0.31	0.5
1	A	24	tight thermal	0.08	0.5
2	B	24	tight thermal	0.08	0.5
3	C	24	tight thermal	0.09	0.5
4	D	24	tight thermal	0.07	0.5
5	E	24	tight thermal	0.08	0.5
6	F	24	tight thermal	0.07	0.5
7	G	24	tight thermal	0.07	0.5
8	H	24	tight thermal	0.1	0.5
9	I	24	tight thermal	0.1	0.5
10	J	24	tight thermal	0.07	0.5
11	K	24	tight thermal	0.11	0.5
12	L	24	tight thermal	0.09	0.5
13	M	24	tight thermal	0.17	0.5
14	N	24	tight thermal	0.18	0.5
15	O	24	tight thermal	0.09	0.5
16	P	24	tight thermal	0.07	0.5
1	A	4008	medium thermal	0.84	2
2	B	4008	medium thermal	0.67	2
3	C	4008	medium thermal	0.92	2
4	D	4008	medium thermal	0.92	2
5	E	4008	medium thermal	0.66	2
6	F	4008	medium thermal	0.78	2
7	G	4008	medium thermal	0.72	2
8	H	4008	medium thermal	0.89	2
9	I	4008	medium thermal	0.65	2
10	J	4008	medium thermal	0.67	2
11	K	4008	medium thermal	0.63	2
12	L	4008	medium thermal	0.69	2
13	M	4008	medium thermal	1.42	2
14	N	4008	medium thermal	1.22	2
15	O	4008	medium thermal	0.62	2
16	P	4008	medium thermal	0.75	2

LS精密化シェル

解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.35	728
R_work	0.279	12811

精密化

*PLUS

最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 50 Å / Num. reflection obs: 173615 / R_factor R_free: 0.237 / R_factor R_work: 0.2

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_d	0.029
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_deg	1.041

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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万見 (Yorodumi)