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- PDB-1hum: SOLUTION STRUCTURE OF THE CHEMOKINE HMIP-1BETA(SLASH)ACT-2 BY MUL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1hum
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE CHEMOKINE HMIP-1BETA(SLASH)ACT-2 BY MULTI-DIMENSIONAL NMR: A NOVEL CHEMOKINE DIMER
要素HUMAN MACROPHAGE INFLAMMATORY PROTEIN 1 BETA
キーワードCYTOKINE(CHEMOTACTIC)
機能・相同性
機能・相同性情報


CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / CCR5 chemokine receptor binding / CCR chemokine receptor binding / lymphocyte chemotaxis / positive regulation of calcium ion transport / eosinophil chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity ...CCR1 chemokine receptor binding / positive regulation of natural killer cell chemotaxis / CCR5 chemokine receptor binding / CCR chemokine receptor binding / lymphocyte chemotaxis / positive regulation of calcium ion transport / eosinophil chemotaxis / chemokine-mediated signaling pathway / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / establishment or maintenance of cell polarity / Interleukin-10 signaling / monocyte chemotaxis / negative regulation by host of viral transcription / cellular response to interleukin-1 / positive regulation of calcium-mediated signaling / 好中球 / cytokine activity / response to virus / response to toxic substance / cellular response to type II interferon / cell-cell signaling / cellular response to tumor necrosis factor / G alpha (i) signalling events / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / 細胞接着 / 免疫応答 / 炎症 / G protein-coupled receptor signaling pathway / シグナル伝達 / extracellular space / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
CC chemokine, conserved site / Small cytokines (intercrine/chemokine) C-C subfamily signature. / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Βバレル / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR
データ登録者Clore, G.M. / Lodi, P.J. / Garrett, D.S. / Gronenborn, A.M.
引用ジャーナル: Science / 年: 1994
タイトル: High-resolution solution structure of the beta chemokine hMIP-1 beta by multidimensional NMR.
著者: Lodi, P.J. / Garrett, D.S. / Kuszewski, J. / Tsang, M.L. / Weatherbee, J.A. / Leonard, W.J. / Gronenborn, A.M. / Clore, G.M.
履歴
登録1994年1月31日処理サイト: BNL
改定 1.01994年4月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月23日Group: Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HUMAN MACROPHAGE INFLAMMATORY PROTEIN 1 BETA
B: HUMAN MACROPHAGE INFLAMMATORY PROTEIN 1 BETA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,6492
ポリマ－15,6492
非ポリマー00
水724
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 HUMAN MACROPHAGE INFLAMMATORY PROTEIN 1 BETA


分子量: 7824.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P13236
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR

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試料調製

結晶化
*PLUS
手法: その他 / 詳細: NMR

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解析

精密化ソフトェア番号: 1
詳細: RESTRAINED MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE OVER 35 FILES AVE.RMS DIFF. TO MEAN FOR BACKBONE (4-69)= 0.304637 ANGSTROMS AVE.RMS DIFF. TO MEAN FOR ALL ORDERED NON-H-ATOMS (4-69)= 0.45 ANGSTROMS AVE. ...詳細: RESTRAINED MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE OVER 35 FILES AVE.RMS DIFF. TO MEAN FOR BACKBONE (4-69)= 0.304637 ANGSTROMS AVE.RMS DIFF. TO MEAN FOR ALL ORDERED NON-H-ATOMS (4-69)= 0.45 ANGSTROMS AVE.RMS DIFF. TO MEAN FOR ALL NON-H-ATOMS (4-69)= 0.706906 ANGSTROMS THE 3D STRUCTURE OF THE HMIP-1BETA DIMER IN SOLUTION BY NMR IS BASED ON 3586 EXPERIMENTAL RESTRAINTS COMPRISING: 3132 STRUCTURE USEFUL INTERPROTON DISTANCE RESTRAINTS OF WHICH 228 ARE INTERSUBUNIT; 24 RESTRAINTS FOR 12 H-BONDS INVOLVING TIGHTLY BOUND WATER MOLECULES; 108 RESTRAINTS FOR 54 BACKBONE HYDROGEN BONDS INVOLVING SLOWLY EXCHANGING AMIDE PROTONS; 220 TORSION ANGLE RESTRAINTS (122 PHI, 10 PSI, 80 CHI1 AND 8 CHI2); AND 102 HN-HALPHA THREE-BOND COUPLING CONSTANTS. A COMPLETE LIST OF EXPERIMENTAL RESTRAINTS AND 1H, 13C AND 15N ASSIGNMENTS ARE AVAILABLE FROM THE PROTEIN DATA BANK AS A SEPARATE ENTRY. THE STRUCTURES ARE CALCULATED USING THE HYBRID METRIC MATRIX DISTANCE GEOMETRY-DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING METHOD DESCRIBED BY: NILGES, M., CLORE, G.M. & GRONENBORN, A.M. (1988) FEBS LETT 229, 317-324. ALL STRUCTURAL STATISTICS ARE GIVEN IN THE REFERENCE. THIS ENTRY CORRESPONDS TO THE RESTRAINED MINIMIZED AVERAGE STRUCTURE: (SA)R. THIS IS OBTAINED BY FIRST AVERAGING THE COORDINATES OF THE INDIVIDUAL 35 DYNAMICAL SIMULATED ANNEALING SA STRUCTURES BEST FITTED TO RESIDUES A 4 - A 69 (CHAIN A) AND B 4 - B 69 (CHAIN B), AND SUBJECTING THE RESULTING COORDINATES TO RESTRAINED MINIMIZATION. THE FIELD THAT CONTAINS THE B VALUE IN X-RAY STRUCTURES (COLUMNS 61 - 66) GIVES THE AVERAGE RMS DIFFERENCE BETWEEN THE INDIVIDUAL SA STRUCTURES AND THE MEAN STRUCTURE.
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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