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-基本情報
登録情報 | データベース: EMDB / ID: EMD-1641 | |||||||||
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タイトル | Helical reconstruction of the bacterial L-type flagella filament | |||||||||
マップデータ | This is a cryo-EM map of L-type flagellin including data up to 4 Angstrom resolution. | |||||||||
試料 |
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キーワード | bacterial flagellum | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 TLR5 cascade / MyD88 cascade initiated on plasma membrane / NFkB and MAPK activation mediated by TRAF6 / The IPAF inflammasome / bacterial-type flagellum / structural molecule activity / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) | |||||||||
手法 | らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.0 Å | |||||||||
データ登録者 | Maki-Yonekura S / Yonekura K / Namba K | |||||||||
引用 | ジャーナル: Nat Struct Mol Biol / 年: 2010 タイトル: Conformational change of flagellin for polymorphic supercoiling of the flagellar filament. 著者: Saori Maki-Yonekura / Koji Yonekura / Keiichi Namba / 要旨: The bacterial flagellar filament is a helical propeller rotated by the flagellar motor for bacterial locomotion. The filament is a supercoiled assembly of a single protein, flagellin, and is formed ...The bacterial flagellar filament is a helical propeller rotated by the flagellar motor for bacterial locomotion. The filament is a supercoiled assembly of a single protein, flagellin, and is formed by 11 protofilaments. For bacterial taxis, the reversal of motor rotation switches the supercoil between left- and right-handed, both of which arise from combinations of two distinct conformations and packing interactions of the L-type and R-type protofilaments. Here we report an atomic model of the L-type straight filament by electron cryomicroscopy and helical image analysis. Comparison with the R-type structure shows interesting features: an orientation change of the outer core domains (D1) against the inner core domains (D0) showing almost invariant orientation and packing, a conformational switching within domain D1, and the conformational flexibility of domains D0 and D1 with their spoke-like connection for tight molecular packing. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | EMマップ: SurfViewMolmilJmol/JSmol |
添付画像 |
-ダウンロードとリンク
-EMDBアーカイブ
マップデータ | emd_1641.map.gz | 454.8 KB | EMDBマップデータ形式 | |
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ヘッダ (付随情報) | emd-1641-v30.xml emd-1641.xml | 7.7 KB 7.7 KB | 表示 表示 | EMDBヘッダ |
画像 | em-1641.png | 170.6 KB | ||
アーカイブディレクトリ | http://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1641 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/structures/EMD-1641 | HTTPS FTP |
-検証レポート
文書・要旨 | emd_1641_validation.pdf.gz | 259.7 KB | 表示 | EMDB検証レポート |
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文書・詳細版 | emd_1641_full_validation.pdf.gz | 259.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | emd_1641_validation.xml.gz | 4.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1641 ftp://ftp.pdbj.org/pub/emdb/validation_reports/EMD-1641 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
EMDBのページ | EMDB (EBI/PDBe) / EMDataResource |
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「今月の分子」の関連する項目 |
-マップ
ファイル | ダウンロード / ファイル: emd_1641.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 32 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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注釈 | This is a cryo-EM map of L-type flagellin including data up to 4 Angstrom resolution. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ボクセルのサイズ | X=Y=Z: 1 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
密度 |
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対称性 | 空間群: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
詳細 | EMDB XML:
CCP4マップ ヘッダ情報:
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-添付データ
-試料の構成要素
-全体 : S. enterica serovar Typhimurium L-type flagella filament
全体 | 名称: S. enterica serovar Typhimurium L-type flagella filament |
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要素 |
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-超分子 #1000: S. enterica serovar Typhimurium L-type flagella filament
超分子 | 名称: S. enterica serovar Typhimurium L-type flagella filament タイプ: sample / ID: 1000 / Number unique components: 1 |
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-分子 #1: Flagella filament
分子 | 名称: Flagella filament / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / Name.synonym: Flagella filament / 集合状態: Helical assembly / 組換発現: No / データベース: NCBI |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 株: SJW1660 別称: Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium 細胞中の位置: Outside cell |
-実験情報
-構造解析
手法 | クライオ電子顕微鏡法 |
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解析 | らせん対称体再構成法 |
試料の集合状態 | filament |
-試料調製
凍結 | 凍結剤: ETHANE / 装置: OTHER |
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-電子顕微鏡法
顕微鏡 | JEOL 3000SFF |
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温度 | 平均: 4 K |
撮影 | カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: OTHER / デジタル化 - サンプリング間隔: 5 µm |
電子線 | 加速電圧: 300 kV / 電子線源: FIELD EMISSION GUN |
電子光学系 | 照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELD |
試料ステージ | 試料ホルダー: Top entry / 試料ホルダーモデル: JEOL |
-画像解析
最終 再構成 | アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 4.0 Å / 解像度の算出法: OTHER / ソフトウェア - 名称: Handmade |
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CTF補正 | 詳細: Each filament |