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- EMDB-1074: Three-dimensional structure of I(to); Kv4.2-KChIP2 ion channels b... -

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基本情報

登録情報
データベース: EMDB / ID: EMD-1074
タイトルThree-dimensional structure of I(to); Kv4.2-KChIP2 ion channels by electron microscopy at 21 Angstrom resolution.
マップデータThis is the 3D map of the Kv4.2-KChIP complex
試料
  • 試料: Human Kv4.2-KChIP2 Ion Channel Complex
  • タンパク質・ペプチド: Kv4.2
  • リガンド: KChIP2
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法単粒子再構成法 / ネガティブ染色法 / 解像度: 21.0 Å
データ登録者Kim LA / Furst J / Gutierrez D / Butler MH / Xu S / Goldstein SAN / Grigorieff N
引用ジャーナル: Neuron / 年: 2004
タイトル: Three-dimensional structure of I(to); Kv4.2-KChIP2 ion channels by electron microscopy at 21 Angstrom resolution.
著者: Leo A Kim / Johannes Furst / David Gutierrez / Margaret H Butler / Shuhua Xu / Steve A N Goldstein / Nikolaus Grigorieff /
要旨: Regulatory KChIP2 subunits assemble with pore-forming Kv4.2 subunits in 4:4 complexes to produce native voltage-gated potassium (Kv) channels like cardiac I(to) and neuronal I(A) subtypes. Here, ...Regulatory KChIP2 subunits assemble with pore-forming Kv4.2 subunits in 4:4 complexes to produce native voltage-gated potassium (Kv) channels like cardiac I(to) and neuronal I(A) subtypes. Here, negative stain electron microscopy (EM) and single particle averaging reveal KChIP2 to create a novel approximately 35 x 115 x 115 Angstrom, intracellular fenestrated rotunda: four peripheral columns that extend down from the membrane-embedded portion of the channel to enclose the Kv4.2 "hanging gondola" (a platform held beneath the transmembrane conduction pore by four internal columns). To reach the pore from the cytosol, ions traverse one of four external fenestrae to enter the rotundal vestibule and then cross one of four internal windows in the gondola.
履歴
登録2004年3月23日-
ヘッダ(付随情報) 公開2004年3月23日-
マップ公開2004年3月23日-
更新2011年5月26日-
現状2011年5月26日処理サイト: PDBe / 状態: 公開

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構造の表示

ムービー
  • 表面図（断面を密度値に従い着色）
  • 表面レベル: 1.746453
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
  • 表面図（円筒半径に従い着色）
  • 表面レベル: 1.746453
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューアEMマップ:
SurfViewMolmilJmol/JSmol
添付画像

1074.gif

ダウンロードとリンク

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マップ

ファイルダウンロード / ファイル: emd_1074.map.gz / 形式: CCP4 / 大きさ: 2.7 MB / タイプ: IMAGE STORED AS FLOATING POINT NUMBER (4 BYTES)
注釈This is the 3D map of the Kv4.2-KChIP complex
ボクセルのサイズX=Y=Z: 4.67 Å
密度
表面レベル1: 0.244 / ムービー #1: 1.746453
最小 - 最大-0.928056 - 2.72242
平均 (標準偏差)0.0213089 (±0.222702)
対称性空間群: 1
詳細

EMDB XML:

マップ形状
Axis orderXYZ
Origin000
サイズ909090
Spacing909090
セルA=B=C: 420.3 Å
α=β=γ: 90 °

CCP4マップ ヘッダ情報:

modeImage stored as Reals
Å/pix. X/Y/Z4.674.674.67
M x/y/z909090
origin x/y/z0.0000.0000.000
length x/y/z420.300420.300420.300
α/β/γ90.00090.00090.000
start NX/NY/NZ000
NX/NY/NZ128128128
MAP C/R/S123
start NC/NR/NS000
NC/NR/NS909090
D min/max/mean-0.9282.7220.021

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添付データ

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試料の構成要素

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全体 : Human Kv4.2-KChIP2 Ion Channel Complex

全体名称: Human Kv4.2-KChIP2 Ion Channel Complex
要素
  • 試料: Human Kv4.2-KChIP2 Ion Channel Complex
  • タンパク質・ペプチド: Kv4.2
  • リガンド: KChIP2

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超分子 #1000: Human Kv4.2-KChIP2 Ion Channel Complex

超分子名称: Human Kv4.2-KChIP2 Ion Channel Complex / タイプ: sample / ID: 1000
詳細: The sample was solubilised in 0.7% CHAPS and was monodisperse
集合状態: 4 Kv4.2 subunits bind to 4 KChIP2 subunits / Number unique components: 2
分子量実験値: 440 KDa / 理論値: 400 KDa / 手法: SDS-PAGE

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分子 #1: Kv4.2

分子名称: Kv4.2 / タイプ: protein_or_peptide / ID: 1 / 詳細: 4 monomers form a membrane-embedded channel / コピー数: 4 / 集合状態: tetramer / 組換発現: Yes
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト) / 別称: Human / 細胞中の位置: Cell membrane
分子量実験値: 72 MDa / 理論値: 75 MDa
組換発現生物種: COS7 / 組換プラスミド: pRAT

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分子 #2: KChIP2

分子名称: KChIP2 / タイプ: ligand / ID: 2
詳細: 4 monomers bind on the cytoplasmic side of the channel
コピー数: 4 / 集合状態: Monomer / 組換発現: Yes
分子量実験値: 28 MDa / 理論値: 35 MDa
組換発現生物種: COS7 / 組換プラスミド: pRAT

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実験情報

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構造解析

手法ネガティブ染色法
解析単粒子再構成法
試料の集合状態particle

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試料調製

濃度0.1 mg/mL
緩衝液pH: 7.4
詳細: 0.7% CHAPS, 100 mM NaCl, 40 mM KCl, 0.01 mM leupeptin/pepstatin, 1 mM EDTA, 20 mM HEPES-KOH (pH 7.4)
染色タイプ: NEGATIVE
詳細: Grids with adsorbed protein were washed 3 times in detergent-free buffer and then floated on 1% uranyl acetate for 10 seconds
グリッド詳細: 400 mesh copper grid
凍結凍結剤: NONE

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電子顕微鏡法

顕微鏡FEI/PHILIPS CM120T
電子線加速電圧: 120 kV / 電子線源: LAB6
電子光学系照射モード: FLOOD BEAM / 撮影モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / Cs: 2.0 mm / 最大 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1.5 µm / 倍率（公称値）: 60000
試料ステージ試料ホルダー: Eucentric, room temperature / 試料ホルダーモデル: OTHER
温度平均: 300 K
アライメント法Legacy - 非点収差: carbon film grain
日付2003年6月1日
撮影カテゴリ: FILM / フィルム・検出器のモデル: KODAK SO-163 FILM / デジタル化 - スキャナー: ZEISS SCAI / デジタル化 - サンプリング間隔: 4.67 µm / 実像数: 63 / 平均電子線量: 10 e/Å2
詳細: Images were scanned at 7 microns resolution and 4 x 4 pixels were averaged
Od range: 1.4 / ビット/ピクセル: 8
Tilt angle min0
Tilt angle max0

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画像解析

CTF補正詳細: Each particle
最終 角度割当詳細: theta 90 degrees, phi 90 degrees
最終 再構成想定した対称性 - 点群: C4 (4回回転対称) / アルゴリズム: OTHER / 解像度のタイプ: BY AUTHOR / 解像度: 21.0 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / ソフトウェア - 名称: IMAGIC, FREALIGN / 詳細: FREALIGN reconstruction in Fourier space / 使用した粒子像数: 8164
詳細particles were selected manually

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原子モデル構築 1

初期モデル(PDB ID:

1g8i

,

1orq

,

1exb

)
ソフトウェア名称: SITUS
詳細Protocol: Rigid body. Automated fitting by SITUS, manual fitting using CHIMERA
精密化空間: REAL / プロトコル: RIGID BODY FIT / 当てはまり具合の基準: Correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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