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万見
- SASDD76: Phox Homologue (PX) - C2 domains of human phosphatidylinositol 4-... -

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基本情報

登録情報
データベース: SASBDB / ID: SASDD76
試料Phox Homologue (PX) - C2 domains of human phosphatidylinositol 4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing subunit alpha (PI3KC2α) in complex with inositol-hexaphosphate (IP6)
  • Phox Homology (PX) - C2 domains of human Phosphatidylinositol 4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing subunit alpha (protein), PI3KC2α, Homo sapiens
機能・相同性
機能・相同性情報


vascular associated smooth muscle contraction / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / clathrin coat assembly / membrane organization / phosphatidylinositol biosynthetic process / phosphatidylinositol 3-kinase complex / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity ...vascular associated smooth muscle contraction / Synthesis of PIPs at the late endosome membrane / Synthesis of PIPs at the early endosome membrane / Synthesis of PIPs at the Golgi membrane / phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase / clathrin coat assembly / membrane organization / phosphatidylinositol biosynthetic process / phosphatidylinositol 3-kinase complex / 1-phosphatidylinositol-4-phosphate 3-kinase activity / 1-phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase activity / phosphatidylinositol-4,5-bisphosphate 3-kinase / PI3キナーゼ / クラスリン / phosphatidylinositol-3-phosphate biosynthetic process / 1-phosphatidylinositol-3-kinase activity / clathrin binding / positive regulation of cell migration involved in sprouting angiogenesis / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / エキソサイトーシス / Synthesis of PIPs at the plasma membrane / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / positive regulation of autophagy / phosphatidylinositol binding / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / epidermal growth factor receptor signaling pathway / ゴルジ体 / エンドサイトーシス / insulin receptor signaling pathway / Clathrin-mediated endocytosis / vesicle / リン酸化 / intracellular membrane-bounded organelle / extracellular exosome / 核質 / ATP binding / 生体膜 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
PI3K-C2-alpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing subunit alpha, PX domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain ...PI3K-C2-alpha, catalytic domain / Phosphatidylinositol 4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing subunit alpha, PX domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / PI3-kinase family, Ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain / PI3-kinase family, ras-binding domain / Phosphatidylinositol 3-kinase Ras-binding (PI3K RBD) domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase C2 / Phosphoinositide 3-kinase, region postulated to contain C2 domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase-type domain / C2 phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K)-type domain profile. / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase family, accessory domain (PIK domain) / Phosphoinositide 3-kinase, accessory (PIK) domain / Phosphatidylinositol kinase / PIK helical domain profile. / C2ドメイン / Protein kinase C conserved region 2 (CalB) / C2ドメイン / C2 domain profile. / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 1. / Phosphatidylinositol 3/4-kinase, conserved site / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases signature 2. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain superfamily / Phosphoinositide 3-kinase, catalytic domain / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinase / Phosphatidylinositol 3- and 4-kinases catalytic domain profile. / Phosphatidylinositol 3-/4-kinase, catalytic domain / C2 domain superfamily / Armadillo-type fold / Ubiquitin-like domain superfamily / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Phosphatidylinositol 4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Molecular Basis for Membrane Recruitment by the PX and C2 Domains of Class II Phosphoinositide 3-Kinase-C2α.
著者: Kai-En Chen / Vikas A Tillu / Mintu Chandra / Brett M Collins /
要旨: Phosphorylation of phosphoinositides by the class II phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K) PI3K-C2α is essential for many processes, including neuroexocytosis and formation of clathrin-coated ...Phosphorylation of phosphoinositides by the class II phosphatidylinositol 3-kinase (PI3K) PI3K-C2α is essential for many processes, including neuroexocytosis and formation of clathrin-coated vesicles. A defining feature of the class II PI3Ks is a C-terminal module composed of phox-homology (PX) and C2 membrane interacting domains; however, the mechanisms that control their specific cellular localization remain poorly understood. Here we report the crystal structure of the C2 domain of PI3K-C2α in complex with the phosphoinositide head-group mimic inositol hexaphosphate, revealing two distinct pockets for membrane binding. The C2 domain preferentially binds to phosphatidylinositol 4,5-bisphosphate and phosphatidylinositol (3,4,5)-trisphosphate, and low-resolution structures of the combined PX-C2 module by small-angle X-ray scattering reveal a compact conformation in which cooperative lipid binding by each domain binding can occur. Finally, we demonstrate an unexpected role for calcium in perturbing the membrane interactions of the PX-C2 module, which we speculate may be important for regulating the activity of PI3K-C2α.
登録者
  • Kai-En Chen (The University of Queensland)

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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モデル

モデル #1923
タイプ: dummy / ソフトウェア: (5.0) / ダミー原子の半径: 2.25 A / カイ2乗値: 0.204
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モデル #1958
タイプ: dummy / ダミー原子の半径: 2.40 A / カイ2乗値: 0.204
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)
モデル #1924
タイプ: mix / ソフトウェア: (5) / ダミー原子の半径: 2.00 A
コメント: PDB code of PX domain (6BUB) and C2 domain - IP6 complex (6BU0)
カイ2乗値: 0.17
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試料

試料名称: Phox Homologue (PX) - C2 domains of human phosphatidylinositol 4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing subunit alpha (PI3KC2α) in complex with inositol-hexaphosphate (IP6)
試料濃度: 10.5 mg/ml
バッファ名称: 25 mM Tris 200 mM NaCl 5% Glycerol 0.5 mM TCEP 4 mM InsP6
pH: 8.5
コメント: 4 mM InsP6 (10 molar excess) was added to the protein sample a day before the data collection
要素 #1041名称: PI3KC2α / タイプ: protein
記述: Phox Homology (PX) - C2 domains of human Phosphatidylinositol 4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing subunit alpha
分子量: 32.663 / 分子数: 1 / 由来: Homo sapiens / 参照: UniProt: O00443
配列: SNADEPILSF SPKTYSFRQD GRIKEVSVFT YHKKYNPDKH YIYVVRILRE GQIEPSFVFR TFDEFQELHN KLSIIFPLWK LPGFPNRMVL GRTHAKDVAA KRKIELNSYL QSLMNASTDV AECDLVCTFF HPLLRDEKAE GIARSADAGS FSPTPGQIGG AVKLSISYRN ...配列:
SNADEPILSF SPKTYSFRQD GRIKEVSVFT YHKKYNPDKH YIYVVRILRE GQIEPSFVFR TFDEFQELHN KLSIIFPLWK LPGFPNRMVL GRTHAKDVAA KRKIELNSYL QSLMNASTDV AECDLVCTFF HPLLRDEKAE GIARSADAGS FSPTPGQIGG AVKLSISYRN GTLFIMVMHI KDLVTEDGAD PNPYVKTYLL PDNHKTSKRK TKISRKTRNP TFNEMLVYSG YSKETLRQRE LQLSVLSAES LRENFFLGGV TLPLKDFNLS KETVKWYQLT AATYL

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実験情報

ビーム設備名称: Australian Synchrotron SAXS/WAXS / 地域: Melbourne / 国: Australia / 形状: Point / 線源: X-ray synchrotronシンクロトロン / 波長: 0.10332 Å
検出器名称: Pilatus 1M / タイプ: Dectris / Pixsize x: 172 mm
スキャン
タイトル: Phox Homology (PX) - C2 domains of human phosphatidylinositol 4-phosphate 3-kinase C2 domain-containing subunit alpha (PI3KC2α) n complex with inositol-6-phosphate
測定日: 2017年10月20日 / セル温度: 10 °C / 照射時間: 1 sec. / フレーム数: 15 / 単位: 1/A /
MinMax
Q0.011 0.3509
距離分布関数 P(R)
ソフトウェア P(R): GNOM 5.0 / ポイント数: 179 /
MinMax
Q0.0124696 0.273391
P(R) point1 179
R0 93.43
結果
カーブのタイプ: sec
コメント: SEC-SAXS details: Column type: S200 5/150 GL column; Flow rate: 0.45 ml/min; Sample temperature, 10°C; Sample injection concentration: 10.5 mg/ml. The ab initio models represent the ...コメント: SEC-SAXS details: Column type: S200 5/150 GL column; Flow rate: 0.45 ml/min; Sample temperature, 10°C; Sample injection concentration: 10.5 mg/ml. The ab initio models represent the spatially aligned and volume occupancy corrected (averaged) representation of the protein obtained from 20 individual reconstructions (top, DAMFILT model: NSD = 0.66 +/- 0.02; resolution estimate = 3.3 nm) and the best-fit individual DAMMIN reconstruction (bottom) displayed with the corresponding individual model fit to the SAXS data.
実験値Porod
分子量37.27 kDa28 kDa
体積-47.61 nm3

P(R)GuinierGuinier error
前方散乱 I00.01979 0.0195 9.9E-5
慣性半径, Rg 2.69 nm2.57 nm-

MinMax
D-9.34
Guinier point6 28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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