+
Open data
-
Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8ssp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | AurA bound to danusertib and activating monobody Mb1 | ||||||
![]() |
| ||||||
![]() | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
Function / homology | ![]() Interaction between PHLDA1 and AURKA / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ludewig, H. / Kim, C. / Kern, D. | ||||||
Funding support | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() Title: A biophysical framework for double-drugging kinases. Authors: Kim, C. / Ludewig, H. / Hadzipasic, A. / Kutter, S. / Nguyen, V. / Kern, D. | ||||||
History |
|
-
Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
---|
-
Downloads & links
-
Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 198.7 KB | Display | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB format | ![]() | 131.1 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-Related structure data
Related structure data | ![]() 8ssnC ![]() 8ssoC C: citing same article ( |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
-
Links
-
Assembly
Deposited unit | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||||||
Unit cell |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
Components
-Protein , 2 types, 2 molecules AB
#1: Protein | ![]() Mass: 32903.676 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: AURKA, AIK, AIRK1, ARK1, AURA, AYK1, BTAK, IAK1, STK15, STK6 Production host: ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O14965, ![]() |
---|---|
#2: Protein | Mass: 10577.592 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 7 types, 123 molecules ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/PDO.gif)
![](data/chem/img/627.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/MES.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/PDO.gif)
![](data/chem/img/627.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-EDO / ![]() #4: Chemical | ![]() #5: Chemical | ChemComp-MES / | ![]() #6: Chemical | ChemComp-PO4 / | ![]() #7: Chemical | ChemComp-PDO / | ![]() #8: Chemical | ChemComp-627 / | #9: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
---|
-Details
Has ligand of interest | Y |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
---|
-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.82 Å3/Da / Density % sol: 56.41 % |
---|---|
Crystal grow![]() | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 6.5 Details: Crystals of AurA in complex with Mb1 and danusertib were obtained by combining 2 uL of 300 uM (10 mg/mL) AurA + 315 uM (4 mg/mL) Mb1 + 2 mM AMPPCP + 4 mM MgCl2 with 2 ul reservoir of 0.1 M ...Details: Crystals of AurA in complex with Mb1 and danusertib were obtained by combining 2 uL of 300 uM (10 mg/mL) AurA + 315 uM (4 mg/mL) Mb1 + 2 mM AMPPCP + 4 mM MgCl2 with 2 ul reservoir of 0.1 M MES pH 6.5 + 0.2 M Ammonium sulfate + 4% (v/v) 1,3-propanediol + 15-18% PEG 8000. Streak seeding was used to obtain bigger crystals. Crystals were grown at 18 degC by hanging drop |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 315r / Detector: CCD / Date: Mar 16, 2017 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 2.6→45.4 Å / Num. obs: 15516 / % possible obs: 99.75 % / Redundancy: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 39.56 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.1933 / Net I/σ(I): 8.74 |
Reflection shell | Resolution: 2.6→2.693 Å / Rmerge(I) obs: 1.341 / Mean I/σ(I) obs: 1.97 / Num. unique obs: 1519 / CC1/2: 0.871 |
-
Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 51.63 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.6→45.4 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine LS restraints |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
|