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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 8sso | ||||||
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Title | AurA bound to danusertib and inhibiting monobody Mb2 | ||||||
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Function / homology | ![]() Interaction between PHLDA1 and AURKA / ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() ![]() Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ludewig, H. / Kim, C. / Kern, D. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: A biophysical framework for double-drugging kinases. Authors: Kim, C. / Ludewig, H. / Hadzipasic, A. / Kutter, S. / Nguyen, V. / Kern, D. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 371.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 250.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 8ssnC ![]() 8sspC C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 2 types, 4 molecules ADBE
#1: Protein | ![]() Mass: 32990.754 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Gene: AURKA, AIK, AIRK1, ARK1, AURA, AYK1, BTAK, IAK1, STK15, STK6 Production host: ![]() ![]() ![]() References: UniProt: O14965, ![]() #2: Protein | Mass: 9853.987 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) synthetic construct (others) / Production host: ![]() ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 4 types, 541 molecules ![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/627.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/627.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#3: Chemical | ChemComp-EDO / ![]() | ||||
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#4: Chemical | ![]() #5: Chemical | #6: Water | ChemComp-HOH / | ![]() |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.52 Å3/Da / Density % sol: 51.09 % |
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Crystal grow![]() | Temperature: 291.15 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 5.5 Details: Crystals of AurA in complex with Mb2 and danusertib were obtained by combining 0.5 ul of 300 uM (10 mg/mL) AurA + 315 uM (4 mg/mL) Mb2 + 1 mM danusertib with 0.5 ul of 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 ...Details: Crystals of AurA in complex with Mb2 and danusertib were obtained by combining 0.5 ul of 300 uM (10 mg/mL) AurA + 315 uM (4 mg/mL) Mb2 + 1 mM danusertib with 0.5 ul of 0.1 M BIS-TRIS pH 5.5 + 0.2 M Ammonium acetate + 25 percent PEG3350. Crystals were grown at 18 degC by sitting drop. Crystals were harvested and subsequently flash frozen |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 2M / Detector: PIXEL / Date: Dec 18, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength![]() |
Reflection | Resolution: 1.97→44.19 Å / Num. obs: 59706 / % possible obs: 95.64 % / Redundancy: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 31.72 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.0803 / Net I/σ(I): 20.24 |
Reflection shell | Resolution: 1.97→2.044 Å / Rmerge(I) obs: 1.118 / Mean I/σ(I) obs: 2.07 / Num. unique obs: 6010 / CC1/2: 0.731 |
-
Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure![]() ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 49.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.97→44.19 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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