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万見
- PDB-8q70: tRNA pseudouridine synthase A homodimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8q70
タイトルtRNA pseudouridine synthase A homodimer
要素tRNA pseudouridine synthase A
キーワードISOMERASE (異性化酵素) / pseudouridine (シュードウリジン) / synthase / homodimer / pyrococcus (ピュロコックス属) / tRNA (転移RNA)
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA pseudouridine38-40 synthase / tRNA pseudouridine synthase activity / tRNA pseudouridine synthesis / RNA binding
類似検索 - 分子機能
Pseudouridine synthase I, TruA / Pseudouridine synthase I, TruA, C-terminal / Pseudouridine synthase I, TruA, alpha/beta domain / tRNA pseudouridine synthase / Pseudouridine synthase TruA/RsuA/RluB/E/F, N-terminal / Pseudouridine synthase, catalytic domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA pseudouridine synthase A
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Pacesa, M. / Correia, B.E. / Levy, E.D.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)European Union
引用ジャーナル: Cell / 年: 2024
タイトル: An atlas of protein homo-oligomerization across domains of life.
著者: Hugo Schweke / Martin Pacesa / Tal Levin / Casper A Goverde / Prasun Kumar / Yoan Duhoo / Lars J Dornfeld / Benjamin Dubreuil / Sandrine Georgeon / Sergey Ovchinnikov / Derek N Woolfson / ...著者: Hugo Schweke / Martin Pacesa / Tal Levin / Casper A Goverde / Prasun Kumar / Yoan Duhoo / Lars J Dornfeld / Benjamin Dubreuil / Sandrine Georgeon / Sergey Ovchinnikov / Derek N Woolfson / Bruno E Correia / Sucharita Dey / Emmanuel D Levy /
要旨: Protein structures are essential to understanding cellular processes in molecular detail. While advances in artificial intelligence revealed the tertiary structure of proteins at scale, their ...Protein structures are essential to understanding cellular processes in molecular detail. While advances in artificial intelligence revealed the tertiary structure of proteins at scale, their quaternary structure remains mostly unknown. We devise a scalable strategy based on AlphaFold2 to predict homo-oligomeric assemblies across four proteomes spanning the tree of life. Our results suggest that approximately 45% of an archaeal proteome and a bacterial proteome and 20% of two eukaryotic proteomes form homomers. Our predictions accurately capture protein homo-oligomerization, recapitulate megadalton complexes, and unveil hundreds of homo-oligomer types, including three confirmed experimentally by structure determination. Integrating these datasets with omics information suggests that a majority of known protein complexes are symmetric. Finally, these datasets provide a structural context for interpreting disease mutations and reveal coiled-coil regions as major enablers of quaternary structure evolution in human. Our strategy is applicable to any organism and provides a comprehensive view of homo-oligomerization in proteomes.
履歴
登録2023年8月15日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年11月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA pseudouridine synthase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2383
ポリマ－32,1781
非ポリマー602
水2,342130
1
A: tRNA pseudouridine synthase A
ヘテロ分子

A: tRNA pseudouridine synthase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4766
ポリマ－64,3562
非ポリマー1204
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/61
Buried area4250 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area23960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.690, 61.690, 275.310
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Space group name HallP652(x,y,z+1/12)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+5/6
#3: y,-x+y,z+1/6
#4: -y,x-y,z+2/3
#5: -x+y,-x,z+1/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+1/3
#8: -x,-y,z+1/2
#9: y,x,-z+2/3
#10: -y,-x,-z+1/6
#11: -x+y,y,-z+1/2
#12: x,x-y,-z+5/6
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

MG

21A-525-

HOH

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要素

#1: タンパク質 tRNA pseudouridine synthase A


分子量: 32178.018 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
遺伝子: truA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8U2C1
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド / 塩化物


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 130 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.66 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris 8.5, 0.2 M MgCl2.6H2O, 10% w/v PEG 8000, 10% w/v PEG 1000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2023年7月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.846→53.43 Å / Num. obs: 27910 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.3 % / Biso Wilson estimate: 35.39 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.175 / Net I/σ(I): 11.7
反射 シェル解像度: 1.846→1.878 Å / 冗長度: 22.5 % / Rmerge(I) obs: 3.114 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 1358 / CC1/2: 0.585 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.21rc1_4985精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.85→53.43 Å / SU ML: 0.1837 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.6148
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 1419 5.08 %
Rwork0.1957 26490 -
obs0.1967 27909 99.99 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 45.28 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→53.43 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2146 0 2 130 2278
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00372199
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.65552965
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0489322
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0048381
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4816837
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.85-1.910.30711410.28582563X-RAY DIFFRACTION100
1.91-1.990.30091420.25172595X-RAY DIFFRACTION100
1.99-2.080.29091290.23222568X-RAY DIFFRACTION100
2.08-2.190.24961640.20592566X-RAY DIFFRACTION100
2.19-2.330.21671380.20132601X-RAY DIFFRACTION100
2.33-2.510.27811410.20722608X-RAY DIFFRACTION100
2.51-2.760.21721320.20992643X-RAY DIFFRACTION100
2.76-3.160.26441410.20822681X-RAY DIFFRACTION99.96
3.16-3.980.1871280.1842736X-RAY DIFFRACTION99.97
3.98-53.430.18281630.17742929X-RAY DIFFRACTION99.94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.14176913284-0.400801053991-0.1126395890511.53288774088-0.1022342350381.82374264409-0.03334963212240.1539358058080.454708820642-0.1274477256070.1021414151140.253451810752-0.0555298075807-0.3340372626444.8755971434E-50.3438553040980.00765747549345-0.03655938681050.376036580443-0.01866729637820.468316423789-1.2193131686738.0633970157-0.399205964965
20.34394535057-0.2625406541480.1995176332820.570684042926-0.2276546580550.297108104019-0.09584933692950.2709010352670.0686927183959-0.186322153817-0.008644208670530.2683665369740.4221711779770.255986057194-4.45253218853E-50.503186136934-0.0262717840132-0.01088851540170.417098143565-0.03111346835950.4234141197564.3343077316331.9569965916-8.54082030943
31.230232322050.7996494272620.2610975725783.587277700860.6905551280072.165713623720.09792764563060.01242961472960.02191681199880.250018488924-0.125627445917-0.01233272490550.213445003765-0.1901982339130.0004724686629550.3440379438040.0009773753335270.007882705737760.270613901861-0.06689718215920.2498142516164.3267338412411.44538717349.21261188479
41.261124899670.069177169977-0.1000105202951.18125289380.3196824354410.944152448308-0.0161417767219-0.007041173402030.163925050002-0.0277187118008-0.128195208204-0.153696693355-0.07456276241580.09292521960146.12026354307E-50.337366202013-0.0284589036701-0.003706248499440.264902856069-0.0750252808620.36439475134510.886103534431.772879872612.517322494
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Auth asym-ID: A / Label asym-ID: A

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 1 through 82 )1 - 821 - 82
22chain 'A' and (resid 83 through 101 )83 - 10183 - 101
33chain 'A' and (resid 102 through 212 )102 - 212102 - 212
44chain 'A' and (resid 213 through 264 )213 - 264213 - 264

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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