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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8pyv | ||||||
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タイトル | Structure of Human PS-1 GSH-analog complex, solved at wavelength 2.755 A | ||||||
要素 | Prostaglandin E synthase | ||||||
キーワード | IMMUNE SYSTEM (免疫系) / membrane protein (膜タンパク質) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of fever generation / prostaglandin-E synthase / prostaglandin-E synthase activity / prostaglandin-D synthase activity / positive regulation of prostaglandin secretion / glutathione binding / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / glutathione peroxidase activity / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process ...regulation of fever generation / prostaglandin-E synthase / prostaglandin-E synthase activity / prostaglandin-D synthase activity / positive regulation of prostaglandin secretion / glutathione binding / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / glutathione peroxidase activity / prostaglandin biosynthetic process / prostaglandin metabolic process / nuclear envelope lumen / グルタチオン-S-トランスフェラーゼ / glutathione transferase activity / 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ / sensory perception of pain / regulation of inflammatory response / cell population proliferation / negative regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / シグナル伝達 / 生体膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.77 Å | ||||||
データ登録者 | Duman, R. / El Omari, K. / Mykhaylyk, V. / Orr, C. / Wagner, A. / Vogeley, L. / Brown, D.G. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023 タイトル: Experimental phasing opportunities for macromolecular crystallography at very long wavelengths. 著者: El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. / Romano, M. / Reis, R.I. / Vogeley, L. / Vecchia, L. / ...著者: El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. / Romano, M. / Reis, R.I. / Vogeley, L. / Vecchia, L. / Owen, C.D. / Wittmann, S. / Renner, M. / Senda, M. / Matsugaki, N. / Kawano, Y. / Bowden, T.A. / Moraes, I. / Grimes, J.M. / Mancini, E.J. / Walsh, M.A. / Guzzo, C.R. / Owens, R.J. / Jones, E.Y. / Brown, D.G. / Stuart, D.I. / Beis, K. / Wagner, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8pyv.cif.gz | 88.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8pyv.ent.gz | 54.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8pyv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/8pyv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/8pyv | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8pwnC 8px0C 8px1C 8px4C 8px5C 8px7C 8px9C 8pxcC 8pxgC 8pxhC 8pxjC 8pxkC 8pxlC 8pyzC 8pz4C 8pz5C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17123.322 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTGES, MGST1L1, MPGES1, PGES, PIG12 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: O14684, prostaglandin-E synthase, 酸化還元酵素; 過酸化物を電子受容体にする; ペルオキシダーゼ, グルタチオン-S-トランスフェラーゼ | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-48T / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.91 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 100 mM Tris pH 8 , % PEG400, 100 mM NaCl and 1mM TCEP |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 2.7552 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 2.7552 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.77→58.64 Å / Num. obs: 26090 / % possible obs: 97.51 % / 冗長度: 17.5 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 21.23 |
反射 シェル | 解像度: 1.772→1.836 Å / Num. unique obs: 2383 / CC1/2: 0.21 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.77→58.64 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.58 / 位相誤差: 31.1107 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.04 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.77→58.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 10.0136608101 Å / Origin y: -1.2560639099 Å / Origin z: 49.5994006691 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |