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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8px9 | ||||||
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タイトル | Structure of the antibacterial peptide ABC transporter McjD, solved at wavelength 2.75 A | ||||||
要素 | Microcin-J25 export ATP-binding/permease protein McjD | ||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN (膜タンパク質) / ABC transporter | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacteriocin transport / bacteriocin immunity / ABC-type transporter activity / protein transport / ATP hydrolysis activity / ATP binding / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C. / Bountra, K. / Beis, K. / Wagner, A. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Chem / 年: 2023 タイトル: Experimental phasing opportunities for macromolecular crystallography at very long wavelengths. 著者: El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. / Romano, M. / Reis, R.I. / Vogeley, L. / Vecchia, L. / ...著者: El Omari, K. / Duman, R. / Mykhaylyk, V. / Orr, C.M. / Latimer-Smith, M. / Winter, G. / Grama, V. / Qu, F. / Bountra, K. / Kwong, H.S. / Romano, M. / Reis, R.I. / Vogeley, L. / Vecchia, L. / Owen, C.D. / Wittmann, S. / Renner, M. / Senda, M. / Matsugaki, N. / Kawano, Y. / Bowden, T.A. / Moraes, I. / Grimes, J.M. / Mancini, E.J. / Walsh, M.A. / Guzzo, C.R. / Owens, R.J. / Jones, E.Y. / Brown, D.G. / Stuart, D.I. / Beis, K. / Wagner, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8px9.cif.gz | 464.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8px9.ent.gz | 384 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8px9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/8px9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/px/8px9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 8pwnC 8px0C 8px1C 8px4C 8px5C 8px7C 8pxcC 8pxgC 8pxhC 8pxjC 8pxkC 8pxlC 8pyvC 8pyzC 8pz4C 8pz5C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 65482.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: mcjD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X2W0 #2: 化合物 | #3: 化合物 | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.89 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 10% PEG 4000, 0.1 M ammonium sulphate, 100 mM HEPES pH 7.5 and 22% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I23 / 波長: 2.7552 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 12M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 2.7552 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→54.67 Å / Num. obs: 51873 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 54.6 % / Biso Wilson estimate: 83.08 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.2146 / Rpim(I) all: 0.02965 / Rrim(I) all: 0.2167 / Net I/σ(I): 12.48 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.9 Å / Mean I/σ(I) obs: 0.27 / Num. unique obs: 5092 / CC1/2: 0.675 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→54.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.873 / SU B: 103.209 / SU ML: 0.708 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.693 / ESU R Free: 0.403 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 163.335 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.8→54.67 Å
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拘束条件 |
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