+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8gp3 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of beta-arrestin1 in complex with a phosphopeptide corresponding to the human C-X-C chemokine receptor type 4, CXCR4 | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / GPCR (Gタンパク質共役受容体) / Arrestin (アレスチン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 V2 vasopressin receptor binding / alpha-1A adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone receptor binding / Activation of SMO / sensory perception of touch / C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / regulation of viral process / G alpha (s) signalling events / alpha-1B adrenergic receptor binding / positive regulation of vascular wound healing ...V2 vasopressin receptor binding / alpha-1A adrenergic receptor binding / follicle-stimulating hormone receptor binding / Activation of SMO / sensory perception of touch / C-X-C motif chemokine 12 receptor activity / regulation of viral process / G alpha (s) signalling events / alpha-1B adrenergic receptor binding / positive regulation of vascular wound healing / positive regulation of macrophage migration inhibitory factor signaling pathway / follicle-stimulating hormone signaling pathway / protein phosphorylated amino acid binding / positive regulation of mesenchymal stem cell migration / angiotensin receptor binding / neuron recognition / response to ultrasound / response to tacrolimus / telencephalon cell migration / C-X-C chemokine receptor activity / Specification of primordial germ cells / CXCL12-activated CXCR4 signaling pathway / Lysosome Vesicle Biogenesis / AP-2 adaptor complex binding / myosin light chain binding / Golgi Associated Vesicle Biogenesis / MAP2K and MAPK activation / Ub-specific processing proteases / myelin maintenance / positive regulation of vasculature development / regulation of programmed cell death / positive regulation of smooth muscle cell apoptotic process / C-C chemokine receptor activity / endothelial tube morphogenesis / endothelial cell differentiation / negative regulation of interleukin-8 production / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / C-C chemokine binding / Signaling by ROBO receptors / Clathrin-mediated endocytosis / clathrin adaptor activity / regulation of chemotaxis / cellular response to organonitrogen compound / positive regulation of chemotaxis / Formation of definitive endoderm / positive regulation of dendrite extension / regulation of G protein-coupled receptor signaling pathway / arrestin family protein binding / G protein-coupled receptor internalization / anchoring junction / Chemokine receptors bind chemokines / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / dendritic cell chemotaxis / mitogen-activated protein kinase kinase binding / positive regulation of Rho protein signal transduction / clathrin binding / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / stress fiber assembly / negative regulation of Notch signaling pathway / epithelial cell development / cell leading edge / 仮足 / cellular response to cytokine stimulus / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / small molecule binding / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / detection of temperature stimulus involved in sensory perception of pain / regulation of calcium ion transport / negative regulation of interleukin-6 production / positive regulation of receptor internalization / phototransduction / Binding and entry of HIV virion / coreceptor activity / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / regulation of cell adhesion / クラスリン / cardiac muscle contraction / negative regulation of protein ubiquitination / insulin-like growth factor receptor binding / 視覚 / 神経発生 / GTPase activator activity / cell chemotaxis / negative regulation of protein phosphorylation / response to activity / ubiquitin binding / positive regulation of protein ubiquitination / G protein-coupled receptor binding / G protein-coupled receptor activity / calcium-mediated signaling / nuclear estrogen receptor binding / phosphoprotein binding / brain development / neuron migration / response to virus / adenylate cyclase-modulating G protein-coupled receptor signaling pathway / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / エンドサイトーシス / cellular response to xenobiotic stimulus / late endosome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Rattus norvegicus (ドブネズミ) Mus musculus (ハツカネズミ) Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.8 Å | ||||||
データ登録者 | Maharana, J. / Sarma, P. / Yadav, M.K. / Banerjee, R. / Shukla, A.K. | ||||||
資金援助 | インド, 1件
| ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2023 タイトル: Structure of beta-arrestin in complex with a phosphopeptide 著者: Maharana, J. / Sarma, P. / Yadav, M.K. / Banerjee, R. / Shukla, A.K. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8gp3.cif.gz | 263.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb8gp3.ent.gz | 214.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8gp3.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/8gp3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gp/8gp3 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | 34188MC 8go8C 8gocC 8gooC 8i0nC 8i0qC 8i0zC 8i10C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
|
---|---|
1 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47088.508 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Arrb1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29066 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2380.530 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P61073 #3: 抗体 | 分子量: 25512.354 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #4: 抗体 | 分子量: 23435.064 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
---|---|
EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
分子量 | 値: 0.19 MDa / 実験値: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(天然) |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.4 | ||||||||||||||||||||||||||||||
緩衝液成分 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2 | ||||||||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 装置: LEICA EM GP / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 90 % / 凍結前の試料温度: 283.15 K / 詳細: Blotted for 3 seconds before plunging. |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: TFS GLACIOS |
---|---|
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy / 倍率(公称値): 46000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2500 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 500 nm / Cs: 2.7 mm / アライメント法: COMA FREE |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN |
撮影 | 電子線照射量: 49.3 e/Å2 / 検出モード: COUNTING / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) / 実像数: 5637 |
画像スキャン | 動画フレーム数/画像: 40 |
-解析
EMソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 3236193 | ||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C2 (2回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.8 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 53387 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: FLEXIBLE FIT / 空間: REAL | ||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 8GO8 |