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- PDB-8fs1: CamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 8fs1
タイトルCamA Adenine Methyltransferase Complexed to Cognate Substrate DNA and Inhibitor 11a (YD905)
要素
  • (DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)- ...) x 2
  • Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)DNAメチルトランスフェラーゼ
キーワードTRANSFERASE/DNA/INHIBITOR / DNA Adenine Methylation (DNAメチル化) / PROTEIN-DNA COMPLEX (デオキシリボ核酸) / TRANSFERASE (転移酵素) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / TRANSFERASE-DNA-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


N-methyltransferase activity / Damメチラーゼ / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / hydrolase activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
TaqI-like C-terminal specificity domain / TaqI-like C-terminal specificity domain / N-6 DNA Methylase / DNA methylase, adenine-specific / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chem-YB0 / デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / Damメチラーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.74 Å
データ登録者Zhou, J. / Horton, J.R. / Cheng, X.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM049245-23 米国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2023
タイトル: Comparative Study of Adenosine Analogs as Inhibitors of Protein Arginine Methyltransferases and a Clostridioides difficile- Specific DNA Adenine Methyltransferase.
著者: Zhou, J. / Deng, Y. / Iyamu, I.D. / Horton, J.R. / Yu, D. / Hajian, T. / Vedadi, M. / Rotili, D. / Mai, A. / Blumenthal, R.M. / Zhang, X. / Huang, R. / Cheng, X.
履歴
登録2023年1月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02023年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月17日Group: Refinement description / カテゴリ: struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
B: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
C: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
E: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')
G: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')
H: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')
I: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,45828
ポリマ－231,9239
非ポリマー2,53519
水8,647480
1
A: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
E: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')
D: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,0708
ポリマ－77,3083
非ポリマー7625
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
F: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')
G: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,41914
ポリマ－77,3083
非ポリマー1,11211
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
H: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')
I: DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,9696
ポリマ－77,3083
非ポリマー6613
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)80.914, 160.725, 229.624
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and ((resid 31 and (name N or name...
d_2ens_1(chain "B" and ((resid 31 and (name N or name...
d_3ens_1(chain "C" and (resid 31 through 81 or (resid 82...
d_1ens_2chain "D"
d_2ens_2chain "F"
d_3ens_2chain "H"
d_1ens_3chain "E"
d_2ens_3chain "G"
d_3ens_3chain "I"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1TYRTYRLYSLYSAA31 - 13031 - 130
d_12ens_1ILEILEILEILEAA141 - 577141 - 577
d_21ens_1TYRTYRLYSLYSBB31 - 13031 - 130
d_22ens_1ILEILEILEILEBB141 - 577141 - 577
d_31ens_1TYRTYRILEILECC31 - 57731 - 577
d_11ens_2DTDTDADADE1 - 141 - 14
d_21ens_2DTDTDADAFF1 - 141 - 14
d_31ens_2DTDTDADAHH1 - 141 - 14
d_11ens_3DADADADAED1 - 141 - 14
d_21ens_3DADADADAGG1 - 141 - 14
d_31ens_3DADADADAII1 - 141 - 14

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2
ens_3

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.609488710278, -0.782953338695, -0.124529440171), (-0.776377141306, 0.621258845654, -0.106188422884), (0.160505596479, 0.0319611658586, -0.986517327459)-26.6434482156, -12.181482189, -18.5700080841
2given(-0.888915770292, 0.0281248728375, -0.457206457582), (-0.434488757171, -0.367891031305, 0.82211660303), (-0.145080230281, 0.929443478977, 0.339244080521)7.65831186046, 12.2593321985, -27.9023445635
3given(-0.613240106115, -0.782806836974, -0.105593694124), (-0.773867415305, 0.622197401172, -0.118319979311), (0.158321810819, 0.00915696247645, -0.987345103931)-26.7955152324, -12.2681907494, -18.7681935761
4given(-0.902436543603, 0.0581845963112, -0.426875669865), (-0.421459290118, -0.324683509696, 0.846730586021), (-0.0893328133637, 0.944031340202, 0.317528702912)7.76036307845, 12.9171237395, -26.7236510655
5given(-0.605284811192, -0.789114534848, -0.104539696922), (-0.786261560098, 0.613184002031, -0.0761455104737), (0.124189598808, 0.0361058242641, -0.991601388161)-26.8170335337, -12.6054052661, -19.5118439618
6given(-0.942693721647, 0.142169937166, -0.30185469374), (-0.333658218677, -0.39934109615, 0.85393142701), (0.00086039304595, 0.905712094372, 0.42389251212)8.20135478098, 14.2408925736, -24.6045862879

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要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / DNAメチルトランスフェラーゼ


分子量: 68749.023 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル)
遺伝子: BN1095_20232, BN1096_690041, BN1097_700039, E5F26_07025, E5F27_14470, E5F28_16275, E5F29_09620, E5F30_09400, E5F31_14185, E5F32_03810, E5F33_08870, E5F36_00990, E5F37_03060, E5F38_04245, ...遺伝子: BN1095_20232, BN1096_690041, BN1097_700039, E5F26_07025, E5F27_14470, E5F28_16275, E5F29_09620, E5F30_09400, E5F31_14185, E5F32_03810, E5F33_08870, E5F36_00990, E5F37_03060, E5F38_04245, E5F39_00835, E5F40_02785, E5F41_17405, E5F42_11180, E5F43_12285, E5F44_14865, E5F45_19095
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A031WG99, Damメチラーゼ

-
DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)- ... , 2種, 6分子 EGIDFH

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')


分子量: 4325.825 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*GP*GP*GP*AP*CP*TP*TP*TP*TP*TP*GP*A)-3')


分子量: 4232.795 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Clostridioides difficile (クロストリディオイデス・ディフィシル)

-
非ポリマー , 4種, 499分子

#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル / エチレングリコール


分子量: 62.068 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 化合物 ChemComp-YB0 / 5'-S-{2-[N'-(cyclohexylmethyl)carbamimidamido]ethyl}-N-(3-phenylpropyl)-5'-thioadenosine


分子量: 582.761 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C29H42N8O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 480 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.64 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 21-24% PEG 3350, 0.1 M Tris-HCl pH 7-7.5, 0.28M Potassium Citrate
PH範囲: 7-7.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年12月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.74→48.55 Å / Num. obs: 79090 / % possible obs: 99.58 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 48.55 Å2 / CC1/2: 0.961 / Net I/σ(I): 6.35
反射 シェル解像度: 2.75→2.85 Å / Num. unique obs: 7611 / CC1/2: 0.417 / % possible all: 97.35

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 2.74→48.55 Å / SU ML: 0.3449 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.7532
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 2000 2.53 %
Rwork0.1713 77068 -
obs0.1725 79068 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 54.72 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.74→48.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13309 1704 160 480 15653
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005915646
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.838521444
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05192354
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00512414
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.48995982
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2BX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.716400776669
ens_1d_3CX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.902872529774
ens_2d_2FX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.91887858079
ens_2d_3HX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.38653406627
ens_3d_2GX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.0469940504
ens_3d_3IX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS1.29077341636
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.74-2.810.38031370.32855273X-RAY DIFFRACTION96.42
2.81-2.890.3381400.29455405X-RAY DIFFRACTION99.09
2.89-2.970.30291410.24615429X-RAY DIFFRACTION99.86
2.97-3.070.29251410.23325442X-RAY DIFFRACTION100
3.07-3.180.28461430.22645488X-RAY DIFFRACTION100
3.18-3.30.22711420.19665466X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.450.2391420.16425493X-RAY DIFFRACTION99.98
3.45-3.640.18051420.15355491X-RAY DIFFRACTION100
3.64-3.860.2131430.15145506X-RAY DIFFRACTION100
3.86-4.160.20481440.13545519X-RAY DIFFRACTION99.96
4.16-4.580.15341430.12275530X-RAY DIFFRACTION99.84
4.58-5.240.17851440.12655570X-RAY DIFFRACTION100
5.24-6.60.19051460.16025624X-RAY DIFFRACTION99.83
6.6-48.550.21161520.17835832X-RAY DIFFRACTION99.53
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.24277521893-1.54955129072-1.555199522842.985666259540.0440293290185.33719683953-0.134727779213-0.8497177991880.885839828222-0.0779490873256-0.302495817236-0.493015364612-0.5073763487080.8748279758840.1220330337330.413169927931-0.0637086663396-0.1351865822620.4403456667430.04906328703580.82862446431334.553147506136.7571375422-41.3297608798
21.72354599806-0.27631895733-0.04897884591172.27575747871.270375452284.42506925075-0.055551211220.07060107330870.113653988440.284061472485-0.08807054963670.27764690441-0.569244280968-0.4126047396530.1744158554760.5411112479470.0534331957560.08447657739180.360865624175-0.03858965735060.341199047014-34.06832403895.101056387734.540575963
31.50961238012-0.698568485937-0.4317486025543.745743109971.468761343233.360741731840.1446800859040.0140410064710.207010522455-0.117482992957-0.0195301811996-0.122368323876-0.4843574628150.0186982745412-0.1090139520990.367772734968-0.03622034742230.09332144761480.332091775948-0.04481579748050.283085666182-22.6693627668-3.3496027789818.8966930048
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131.64918840662-0.06366148619831.091693326743.12031162973-0.4364057418020.825055885563-0.2314422915260.398204110409-0.399669828841-0.0380862054959-0.07087856746550.6872710503230.230824988523-1.144250620560.1596029966930.291008691981-0.1449103697040.01257679177630.616458517431-0.1197958257810.464694791321-28.4378022942-19.24318863992.03235171678
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精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'I' and (resid 1 through 14 )IQ1 - 14
22chain 'A' and (resid 30 through 130 )AA30 - 1301 - 101
33chain 'A' and (resid 131 through 273 )AA131 - 273102 - 240
44chain 'A' and (resid 274 through 359 )AA274 - 359241 - 326
55chain 'A' and (resid 360 through 428 )AA360 - 428327 - 395
66chain 'A' and (resid 429 through 577 )AA429 - 577396 - 544
77chain 'B' and (resid 27 through 130 )BD27 - 1301 - 104
88chain 'B' and (resid 131 through 311 )BD131 - 311105 - 285
99chain 'B' and (resid 312 through 577 )BD312 - 577286 - 551
1010chain 'C' and (resid 31 through 311 )CJ31 - 3111 - 271
1111chain 'C' and (resid 312 through 577 )CJ312 - 577272 - 537
1212chain 'E' and (resid 1 through 14 )EL1 - 14
1313chain 'D' and (resid 1 through 14 )DM1 - 14
1414chain 'F' and (resid 1 through 14 )FN1 - 14
1515chain 'G' and (resid 1 through 14 )GO1 - 14
1616chain 'H' and (resid 1 through 14 )HP1 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る