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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 8ffb | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of iron bound Dps protein (PA0962) from Pseudomonas aeruginosa (orthorhombic form) | |||||||||
要素 | Probable dna-binding stress protein | |||||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å | |||||||||
データ登録者 | Lovell, S. / Kashipathy, M.M. / Battaile, K.P. / Rivera, M. | |||||||||
資金援助 | 米国, 2件
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引用 | ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023 タイトル: Pseudomonas aeruginosa Dps (PA0962) Functions in H 2 O 2 Mediated Oxidative Stress Defense and Exhibits In Vitro DNA Cleaving Activity. 著者: Rajapaksha, N. / Soldano, A. / Yao, H. / Donnarumma, F. / Kashipathy, M.M. / Seibold, S. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Rivera, M. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 8ffb.cif.gz | 372.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb8ffb.ent.gz | 304.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 8ffb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/8ffb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/8ffb | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17510.916 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: PA0962 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q9I4Z7 #2: 化合物 | ChemComp-FE2 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.24 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.09 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1 M (NH4)2SO4, 1M KCl, 100 mM HEPES. Soaking: crystals were transferred to a solution containing 80% crystallant, 20% glycerol and 50 mM FeCl2 and soaked for 10 minutes. Samples were ...詳細: 1 M (NH4)2SO4, 1M KCl, 100 mM HEPES. Soaking: crystals were transferred to a solution containing 80% crystallant, 20% glycerol and 50 mM FeCl2 and soaked for 10 minutes. Samples were harvested directly from the soaking solution. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS-II / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月15日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.25→48.86 Å / Num. obs: 129943 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.128 / Rpim(I) all: 0.053 / Rrim(I) all: 0.139 / Χ2: 1.02 / Net I/σ(I): 11.2 / Num. measured all: 866553 |
反射 シェル | 解像度: 2.25→2.29 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 1.245 / Num. measured all: 41723 / Num. unique obs: 6378 / CC1/2: 0.625 / Rpim(I) all: 0.526 / Rrim(I) all: 1.353 / Χ2: 1.06 / Net I/σ(I) obs: 1.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→48.86 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 24.49 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.25→48.86 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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