PDB-8ffa: Crystal structure of Apo Dps protein (PA0962) from Pseudomonas ae...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 8ffa

タイトル

Crystal structure of Apo Dps protein (PA0962) from Pseudomonas aeruginosa (cubic form)

要素

Probable dna-binding stress protein

キーワード

METAL BINDING PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

oxidoreductase activity, acting on metal ions /

ferric iron binding /

DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Lovell, S. / Kashipathy, M.M. / Battaile, K.P. / Rivera, M.

資金援助

米国, 2件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)	R01AI169344	米国
National Institutes of Health/Office of the Director	S10OD030394	米国

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2023
タイトル: Pseudomonas aeruginosa Dps (PA0962) Functions in H 2 O 2 Mediated Oxidative Stress Defense and Exhibits In Vitro DNA Cleaving Activity.
著者: Rajapaksha, N. / Soldano, A. / Yao, H. / Donnarumma, F. / Kashipathy, M.M. / Seibold, S. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Rivera, M.

履歴

登録	2022年12月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2023年3月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年3月22日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	8ffa.cif.gz	487.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb8ffa.ent.gz	404.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	8ffa.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/8ffa ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ff/8ffa	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	8ff9C 8ffbC 8ffcC 8ffdC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#35 - 2002年11月フェリチンとトランスフェリン (Ferritin and Transferrin) 類似性 (3) #114 - 2009年6月ヴォールト (Vaults) 類似性 (1) #57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Probable dna-binding stress protein

B: Probable dna-binding stress protein

C: Probable dna-binding stress protein

D: Probable dna-binding stress protein

E: Probable dna-binding stress protein

F: Probable dna-binding stress protein

G: Probable dna-binding stress protein

H: Probable dna-binding stress protein

I: Probable dna-binding stress protein

J: Probable dna-binding stress protein

K: Probable dna-binding stress protein

L: Probable dna-binding stress protein

M: Probable dna-binding stress protein

N: Probable dna-binding stress protein

O: Probable dna-binding stress protein

P: Probable dna-binding stress protein

280 kDa, 16 ポリマー
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1

A: Probable dna-binding stress protein

B: Probable dna-binding stress protein

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D: Probable dna-binding stress protein

E: Probable dna-binding stress protein

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G: Probable dna-binding stress protein

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I: Probable dna-binding stress protein

J: Probable dna-binding stress protein

K: Probable dna-binding stress protein

L: Probable dna-binding stress protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
210 kDa, 12 ポリマー
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2

M: Probable dna-binding stress protein

N: Probable dna-binding stress protein

O: Probable dna-binding stress protein

P: Probable dna-binding stress protein

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P: Probable dna-binding stress protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
210 kDa, 12 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	223.465, 223.465, 223.465
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	M-275- HOH

#1: タンパク質	Probable dna-binding stress protein 分子量: 17510.916 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌) 遺伝子: PA0962 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q9I4Z7
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 1163 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.94 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 1.1 M sodium malonate, 100 mM Hepes, 0.5% (v/v) Jeffamine ED-2001

-
データ収集

回折	平均測定温度: 291 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月1日
放射	モノクロメーター: Double Crystal Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→49.97 Å / Num. obs: 200207 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 20.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.202 / R_pim(I) all: 0.045 / R_rim(I) all: 0.207 / Χ²: 1 / Net I/σ(I): 12.5 / Num. measured all: 4163876
反射シェル	解像度: 2.15→2.19 Å / % possible obs: 100 % / 冗長度: 21.4 % / R_merge(I) obs: 2.343 / Num. measured all: 210869 / Num. unique obs: 9858 / CC_1/2: 0.612 / R_pim(I) all: 0.518 / R_rim(I) all: 2.4 / Χ²: 0.99 / Net I/σ(I) obs: 1.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.19rc5_4043	精密化
Aimless		データスケーリング
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.15→49.97 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.04 / 位相誤差: 24.85 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2272	10047	5.02 %
R_work	0.1829	-	-
obs	0.1852	200109	99.97 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→49.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19175	0	0	1163	20338

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	19543
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.05	26573
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.785	7057
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	3088
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.012	3430

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.17	0.2958	309	0.2537	6351	X-RAY DIFFRACTION	100
2.17-2.2	0.312	332	0.2537	6235	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2-2.23	0.2963	335	0.2433	6275	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.25	0.295	296	0.2357	6326	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.28	0.283	321	0.2287	6351	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.32	0.2784	346	0.2255	6243	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.35	0.2864	277	0.2184	6436	X-RAY DIFFRACTION	100
2.35-2.38	0.248	333	0.2164	6257	X-RAY DIFFRACTION	100
2.38-2.42	0.2516	325	0.2042	6302	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.46	0.2664	378	0.2105	6299	X-RAY DIFFRACTION	100
2.46-2.5	0.2763	318	0.2142	6284	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5-2.55	0.271	376	0.2107	6338	X-RAY DIFFRACTION	100
2.55-2.6	0.2705	336	0.2097	6256	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6-2.65	0.2606	285	0.2063	6351	X-RAY DIFFRACTION	100
2.65-2.71	0.2825	357	0.2306	6281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.71-2.77	0.2687	360	0.2168	6307	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.84	0.2556	373	0.2076	6245	X-RAY DIFFRACTION	100
2.84-2.92	0.2656	375	0.203	6304	X-RAY DIFFRACTION	100
2.92-3	0.2604	317	0.2077	6319	X-RAY DIFFRACTION	100
3-3.1	0.2516	321	0.2086	6391	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1-3.21	0.2706	310	0.2043	6328	X-RAY DIFFRACTION	100
3.21-3.34	0.2553	351	0.2047	6327	X-RAY DIFFRACTION	100
3.34-3.49	0.2328	328	0.183	6355	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.68	0.214	377	0.1698	6327	X-RAY DIFFRACTION	100
3.68-3.91	0.1905	305	0.156	6402	X-RAY DIFFRACTION	100
3.91-4.21	0.174	348	0.1365	6357	X-RAY DIFFRACTION	100
4.21-4.63	0.1688	327	0.1321	6398	X-RAY DIFFRACTION	100
4.63-5.3	0.1821	316	0.1384	6426	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3-6.67	0.2215	365	0.186	6423	X-RAY DIFFRACTION	100
6.68-49.97	0.1861	350	0.1673	6568	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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